康熙二十九年1690年),噶爾丹又率大軍進攻漠北喀爾喀蒙古,這一下可逼得康熙不得不出手還擊了。
這時的清朝,已經從被三藩之亂折騰得半死中逐漸恢復了元氣,又透過兩次雅克薩之戰,於康熙二十八年與沙俄簽訂了中俄《尼布楚條約》,劃定了中俄東段邊界。
暫時平息了與羅剎國的紛爭,終於可以騰出手來對付噶爾丹了,於是就有了自康熙二十九年開始的三次親征漠北。
這仗斷斷續續,前後打了近七年,前兩次大戰沉重的打擊了噶爾丹的統治地位,康熙三十六年1697年)二月,康熙第三次帶兵渡過黃河親征。
這時,噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦趁著後方空虛,佔領了噶爾丹的根據地伊犁,並且奪取了他控制下的哈密,切斷了他的退路。
訊息傳到了前線,噶爾丹軍中人心大亂,部屬們紛紛投降,噶爾丹眾叛親離,兵敗流竄一年後,在走投無路之下服毒自盡。
康熙三次親征噶爾丹,並沒有清朝自己宣揚的那麼輝煌,充其量只是打了幾次自衛反擊戰,成功阻止了準噶爾的東進,將被奪走的喀爾喀蒙古重新併入了版圖,沒有攻佔漠西衛拉特蒙古的一寸土地。
康熙三十七年九月,策妄阿拉布坦遣使清朝,獻上噶爾丹的屍體並向清朝臣服,繼任了準噶爾部的臺吉。
康熙五十六年1717年),策妄阿拉布坦在伊犁河北岸建固勒扎都綱金頂寺),所以後來清朝稱這個地方為固勒扎今新疆伊犁自治州首府伊寧市)。
在策妄阿拉布坦的統治下,準噶爾部又逐漸的強大起來,再一次走上了反叛的道路。
康熙五十六年準噶爾出兵西藏,攻佔了拉薩,康熙五十七年清廷出兵自青海入藏平叛,這一對老冤家又開始了斷斷續續,曠日持久的戰爭。
雍正五年1727年),策妄阿拉布坦死,其子噶爾丹策零即位。
自雍正七年開始,清朝又數次派軍征討準噶爾,前後又打了幾年,雙方互有勝負。
雍正十二年1734年),噶爾丹策零向清廷請和,雍正也屬實是有些打不動了,於是雙方罷兵議和。
雍正十三年清朝與準噶爾汗國簽訂和約,約定以漠北杭愛山為界,以東屬大清,以西屬準噶爾。
雍正與他爹康熙一樣,也只不過是打了數年的自衛還擊戰,最後在一份沒有取得勝利的和約上籤了字。
與清朝簽約停戰後,準噶爾並沒有停止擴張的步伐,又向西部、北部開疆拓土,不斷發展壯大。
至今已經擁有人口五百餘萬,軍隊三十萬,控制著南疆、北疆、蒙古高原西部、哈薩克汗國今哈薩克)、浩罕汗國今烏茲別克)等大片疆域。
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