主角分離出刃王劍的力量，說服了斯特利烏斯，改變了劇本，亞克一成為新的boss。
千年前的分身之戰演變成本體作戰，主角擊敗亞克一，通關副本，熔鍊了16個副本，獲得了王者戒指，晉升v.9。
主角進入《時王》時空，時間線是重啟的新時空，主角剛確定時間線是《時王》劇場版，結果又發現時空波動，《01》世界捲入，近藤勇出現。
主角跟近藤勇去人類基地，隨後變身01，和前來抓捕叛徒的修瑪吉亞軍團戰鬥，通關了《01》副本。
主角見到了美菲拉斯星人，隨後自己的分身被誤認為是還留在地球的奧特曼，隨後外星人進入副本。
斯沃魯茲對主角出手，接著被消滅，隨後外星精神體出現，控制了老年時王，和主角開戰。
主角不敵黑化時王，隨後眾騎士為了守護世界，挺身而出，主角收集了所有騎士卡片，變身全新的帝騎。
主角擊敗黑化時王，拿到時王卡，隨後精神寄生獸比佐姆出現，主角變成閃耀帝騎，將其擊敗。
主角生命層次達到b級，體質達到v.10，通關時王副本，近藤勇得知騎士副本真相。
新修卡組織出現，取代了財團x，主角變身假面騎士金狐，提升開啟騎士挑戰賽，《極狐》副本開啟。
主角消滅了斯艾爾，隨後準備走向臺前，擊敗了boss，阻止騎士成為祭品，創世女神出現。
主角和美菲拉斯星人交流，隨後發現《極狐》副本與現實融合，接著身份暴露。
主角出手，和田村化身的神創世王作戰，和副本的聯絡被聯盟封鎖，隨後主角不用變身，系統也能變身，救出了隊長。
灰袍人出現，告知主角其真實身份就是神鏡的核心繫統，是一團系統資料，隨後怪獸出現，主角使用貝塔魔棒變身失敗，隨後使用王者戒指凝聚光粒子，變身奧特曼。
新生的怪獸與新生的奧特曼打破了光之星的限制，在地球交戰，接著灰袍人與怪獸融合，再次強化。
主角在眾人的希望和期盼等不同情感下，源源不斷的獲得光之力，主角終於和利匹亞留下的身體融合，戰力提升至a級。
主角秒殺了怪獸，發現整個地球成為聯盟的祭品，月球崩潰，接著主角阻止神鏡的儀式，拯救了。
主角進入《奈克瑟斯》時空，種族為無，壽命無限，附體孤門一輝。
時間線已經進入到tv中期，主角和孤門一輝進行交流，隨後一起合體變身奧特曼，擊敗了諾斯菲爾。
主角將眾人拉入自己的神之領域，接著發現卡片系統竟然有所反應，並複製了一張未完成的奈克瑟斯卡。
孤門是人間體身份被西條風發現，隨後成功變身，接著主角主動暴露身份，再次消滅異生獸。
主角再次變身，和溝呂木真變成的梅菲斯特戰鬥，將其輕鬆擊敗。
孤門面見水原沙羅，隨後得知五年前的真相，姬矢準再次變身戰鬥，並找到戰鬥的理由，主角也因此得到紅奈卡片，實力提升到a級。
石堀光彥出手阻止主角，孤門親自操控利匹亞身軀戰鬥，主角在精神世界和黑暗抗衡，石堀光彥短暫試探後選擇收手。
主角指點了一下溝呂木真，接著發現千樹憐竟然是和自己來自同一個宇宙的古朗基，隨後孤門將主角告知自己的情報轉告組織。
孤門暫時退出a隊，只對水原沙羅負責，隨後變身利匹亞，主角讓出戰鬥主導權，由孤門親自戰鬥。
溝呂木真和三澤廣之戰鬥，孤門再次變身，擊殺了三澤廣之，傳承即將進入第三階段。
主角發現黑暗卡片的異常，接著和石堀光彥隔空交手，隨後異生獸暴動，第二階段的尾聲到來。
始祖異生獸the one復活，千樹憐被打敗，孤門去記憶空間找水原沙羅，最後主角和孤門聯手，瓦解了始祖異生獸the one的復活。
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主角從完成願望的千樹憐手上獲得藍奈卡片，接下來在忘川做了手腳，光傳承到西條風手上。
西條風被石堀光彥刺激下變身，隨後因為被主角做了手腳，石堀光彥沒有變身黑暗扎基，而是控制了黑暗奈克瑟斯，和主角作戰。
主角戰敗，孤門帶回了西條風，隨後不斷呼喚主角，主角決定冒著被副本同化風險，在進行一次戰鬥。
主角和孤門融合，實力達到s級，擊敗了黑暗扎基，走向了未來。
主世界的學員和淺見弘子等人降臨奧特副本，出現在《奈克瑟斯》世界，並隨著主角的操作，自己的學員和淺見弘子再次擁有資料化面板。
主角前往多元宇宙，進入一個光之國已經消失的宇宙，這裡被黑暗嚴重侵蝕，主角融合了初代，並以初代的形象降臨。
主角發現所在時空是《迪迦》，自己是這個時空的初代，登場就擊殺了亞那加基，隨後茲乙風趕到，主角擊殺怪獸後獲得卡片。
主角被踢出《迪迦》時空，回到《奈克瑟斯》時空，附體溝呂木真，發現外星人的陰謀，四名從現實世界而來的外星人妄圖具現路西法。
主角阻止了外星人的儀式，獲得一張黑暗卡片，摧毀了忘川，隨後意識降臨黑暗宇宙，進入《迪迦》時空。
新城哲夫墜機死亡，主角意識降臨，選擇他成為人間體，又順手救了拓摩。
