在混沌大軍入侵後，大路上各個勢力展開了自救活動，然而，就他們的行為來看，也有不少的區別，
許多吸血鬼、亡靈統帥蒐集了納加許的遺物，捉了精靈公主、帝國大主教沃克馬等人來當祭品，以讓納加許重生。雖然巴託、高精等聯軍，甚至野獸人也來了，但都沒能阻斷儀式，納加許成功復活。不過由於精靈公主血內的“凱尼恩詛咒”，導致納加許無法升神，死亡之風只能繫結在西爾凡尼亞，讓那裡成為無比黑暗的亡靈之地。
亡靈入侵了巴託，吸血鬼化在貴族裡蔓延，引發巴託內戰。最後湖女神和青騎士紛紛現身，原來是精靈命運女神莉莉絲和巴託開國者吉利斯。吸血鬼被擊敗後，巴託的整編騎士前往帝國給予援助。
帝國內的法師領袖兼鍊金術法師格特過一番心理鬥爭，贊同了吸血鬼的提議，被迫使用了亡靈術將帝國的死人復活用來對抗混沌，而其間又有奸奇手下的惡魔作亂，讓帝國高層出現了暫時混亂。
而納加許率大軍南下，將大帝塞特拉擊敗後，收編古墓王的軍隊，在升起了魔法要塞黑色金字塔後。納加許至此成為了亡靈最高領主，北上而去。
同時，混沌領主、永世神選艾查恩決定先削弱一下帝國，便讓幾個瘟疫部落出擊。在疫軍和瘟疫的共同打擊下，巴託、帝國和小部分吸血鬼等聯軍儘管浴血奮戰，仍然損失慘重，連塔拉貝因這樣的要地都紛紛淪陷。
最後混沌攻進帝國首都奧特道夫，皇帝卡爾法蘭茲戰死的一瞬間，西格瑪響應了皇帝的召喚。他降臨了，附體於皇帝的身體，瞬間將疫軍全數消滅。同時數個神也合力驅逐了帝國境內的納垢瘟疫。
接著北方有訊息傳來，規模超出人們想象的惡魔軍團向艾查恩效忠而不是向邪神或大魔），艾查恩已率領大軍南下而來。
此時另一端的烏蘇安，馬雷基斯將家園納加羅斯拋棄給了混沌部隊，率領幾乎所有黑暗精靈進行最後一次南下——去奪回馬雷基斯的精靈王位。原來馬雷基斯才是真正的鳳凰王，他數千年前由於自己的激進和試煉時的失誤導致自己未能透過阿蘇焉的測試，才讓精靈陷入分裂。後來所有鳳凰王身上的凱尼恩的詛咒其實不存在，全是阿蘇焉的懲罰。
高精領袖泰瑞昂的兄弟——大法師泰格里斯很早就接到莉莉絲神諭，他計劃讓魔法八風繫結到數個勢力的英雄上，製造出八個化身以對抗混沌。為了繫結死亡之風，他默許了納加許的復活，導致精靈公主被抓。
馬雷基斯生母、初代鳳凰王安納瑞昂之妻莫拉斯拋棄了馬雷基斯，轉而投向了與丈夫更為相似的泰瑞昂。因為她深愛著安納瑞昂，所以想讓他的靈魂在泰瑞昂身上重生。
兄弟反叛，權力喪失，女兒慘死，一系列打擊外加上莫拉斯的教唆，泰瑞昂為了擊敗馬雷基斯拔出了凱尼恩之劍，並逐漸被凱尼恩的力量所腐蝕，性情大變。泰格里斯已經離開了泰瑞昂，許多英雄也走了，緊接著永恆女王艾納瑞麗也如出一轍，她帶著前來援助的木精靈們，投靠了透過試煉的真正鳳凰王馬雷基斯。
高精、暗精和木精們分成兩派進行決戰。眾多精靈英雄認可了馬雷基斯，在他們的協助下，馬雷基斯擊敗了凱尼恩的化身泰瑞昂，戰神凱尼恩隨著泰瑞昂肉體的死亡而就此隕落。
經過馬雷基斯的艱難同意，泰格里斯解放了大漩渦，同時也釋放了魔法八風以創造化身。代價是烏蘇安諸島——精靈們的家園永遠沉入海地。三支精靈派系至此合一，團結在了新鳳凰王旗下，之後他們乘船前往木精靈家園愛瑟羅恩，肅清了那裡氾濫的野獸人，準備迎接與混沌的終極決戰。
大角鼠降臨了，經過一番內鬥，鼠人十三議會此回終於團結一致。整個赤道附近的國度都被鼠人的狂潮淹沒，他們摧毀了帝國的工業重鎮努爾，而提利亞、艾斯塔利亞、阿拉比和蜥蜴人家園露斯奇亞紛紛淪陷。
衰落，並且一直過著像木精靈一樣離群索居的矮人們再次迎來了大戰，鼠人、哥布林以及其他勢力湧向矮人。在最後，各方矮人前來合力擊潰了鼠人，但也損失慘重，收復他們過去的家園八峰山永遠不可能實現了。矮人王們分道揚鑣，有一些離開了要塞，為尋求最光榮的戰死而前往帝國。
至高王索格瑞姆覺得自己為矮人族群已經盡心盡力，問心無愧。他坦然接受了命運，任由前來報復的鼠人刺客暗殺。
鼠人實施了一個超級瘋狂的計劃！他們的法師將邪月引向星球，然後用他們的大殺器把邪月炸碎形成隕石雨落下，這樣他們就能近乎無限地開採上面的次元石了！但是他們當然不明白自己根本無法完全掌控這個局勢。
鼠人們得以大舉入侵露絲奇亞，便是由於邪月的靠近，其魔法力量干擾了史蘭們的預言能力，讓蜥蜴人無從準備；另一方面，露絲奇亞的許多魔法防線是針對惡魔的，對鼠人完全無效。在叢林裡，蜥蜴人和鼠人展開血腥而野蠻的搏殺。
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史蘭們拼盡全力，建立了一個巨型魔法防護罩，紛紛力竭而亡。他們阻止了邪月撞擊星球上的大部分割槽域，拯救了萬物生靈，但是已無力保護自己的露絲奇亞迎接撞擊了。英勇的蜥蜴人一遍又一遍打退鼠人，但是隕石已至，他們無處可逃。
在最後關頭，蜥蜴人升起了古聖留給他們的遺蹟建築，逃向太空。來得及進入建築的蜥蜴人，可能也就成為了僅剩的蜥蜴人。
製造完這一切浩劫的鼠人們，繼續打著自己的小算盤。經過分析，納加許的力量令鼠人們十分恐懼，如果納加許擊敗了混沌邪神，自己也難逃一劫。於是鼠人們使用大殺器炸掉了納加許的黑色金字塔，這極大削弱了納加許的實力，逼迫他低頭與其他秩序勢力合作。之後鼠人們加入了艾查恩的部隊，準備瓜分世界。
