一幢大樓突然間就消失了，緊接著他竟然出現在了太空中，然後大樓就發生了劇烈的爆炸。原來整幢建築的材料都含有烈性炸藥。幸虧卡特博士用外星盟友提供的光傳送技術，將大樓轉移到了太空中，不然整座城市都會被夷為平地。而建造這座大樓的就是一直躲在地球上的外星人。
巴爾，這個狡猾的傢伙為了不被人類抓住，竟然還製造了幾十個克隆體，混淆視線，讓人類和他的敵人永遠無法找到真正的他。但聰明的卡特博士發現了他們體內都暗藏的定位裝置，於是滿宇宙的追殺。這些巴爾的克隆體，直到最後一個克隆體被抓住後，為了紀念所有邪惡的系統領主被消滅，人類和外星盟友共同舉行了一個儀式。
可沒想到，820死之前竟然一點都不緊張，他說自己還有保命的絕招，原來他讓自己的克隆體返回了。1939年，破壞了當年運送星際之門的貨船。這個重大的歷史事件被改變後，整個未來都發生了翻天覆地的變化。
他們在過去每殺死一個人，未來那些相關聯的人就會詭異的消失掉。奧尼爾將軍衝上去想問他到底幹了什麼，卻被巴爾用針頭刺入了心臟。米切爾上校直接一梭子子彈打死了巴爾，但這已經沒有什麼意義了，最後就連巴爾也消失了。
卡特博士他們趕緊衝向了星際之門，準備返回地球。這時，身後的城市在快速的消失，他們趁著自己還沒消失前，跳入了星際之門。但他們走出新門後，卻發現自己並不是在基地中，而是在一個破舊的船艙。而且這裡異常的寒冷，氣溫達到了零下五十多度。
上校找了一圈，發現沒有出去的路，於是他用炸藥炸開了個出口，沒想到猛烈的爆炸導致船體晃動，即將沉入大海。慌亂中，上校找到了幾件棉衣分給大家，然後從爆炸的缺口爬了出去。這期間丹尼爾博士的腿不小心掉入了海水中，現在已經被凍得沒有了知覺。
在北極零下五十多度的氣溫下，這可是非常可怕的事情。他現在已經無法走路了。上校和卡特博士讓他在這裡等著。然後漫無目的的去尋找救援。
可在這荒無人煙的北極，怎麼會有人救他們呢？沒想到幸運的他們真的遇到了兩名軍人。卡特博士問，軍人是怎麼來到這裡的？軍人指了一下冰面，說那裡有他的坐騎。
卡特博士順著他指的方向看過去，吃驚的發現一艘巨大的潛艇正緩緩的從冰面下升上來。原來是潛艇偵測到了他們開啟星際之門的震動，趕過來檢視情況的。
他們發現並營救了快被凍僵的丹尼爾博士，然後又派人來尋找卡特博士。他們大家登上潛艇後，發現找到他們的人竟是老熟人奧尼爾將軍。但是此時的奧尼爾將軍卻並不認識他們。大家這才意識到，地球上的歷史也已經改變了，他們幾個被空軍帶到秘密基地進行了。什麼才知道現在的世界裡並沒有發現星際之門，所以現在的卡特博士也沒有加入新聞計劃。
他如今是一位宇航員，但是他在不久前的一次太空事故中已經去世了，而米切爾上校的名字在所有檔案中都查不到。他的爺爺就是當年運輸星際之門的那個船長。
米歇爾猜測，一定是爺爺被巴爾殺死了，所以也就沒有了他的爸爸和他現在的世界中只有丹尼爾博士還好好的活著，並且一直在進行著考古研究。空軍很難相信他們說的那些離奇的故事，但幾個人卻又活生生的突然出現在了大家眼前。
最後沒辦法，只能讓他們簽了保密協議，讓幾個人各自隱姓埋名的悄悄回去生活。而此時的巴爾，因為是從未來穿越回去的，所以他總結了自己曾經失敗的教訓，早早的幹掉了老對手，不斷的壯大自己的勢力。
現在的他已經成為了銀河系的霸主，他帶領著自己的星際艦隊來到了地球，準備佔領整個人類世界。看著滿天巨大的外星飛船，整個世界陷入了慌亂，巴爾在飛船上竟然拿出了一部衛星電話打點的總統，並和總統約好在白宮見面。
就在他以為一切都按計劃順利進行的時候，他的王后卻偷偷的一箭刺穿了他的身體，並逼問他為什麼擁有地球人的通訊工具。而且為什麼每件事他都能領先第一，女，這其中到底隱藏著什麼秘密？巴爾被逼無奈，只好說出了實情。
他告訴王后，他擁有一臺時間機器，可以返回過去改變歷史。王后從巴爾口中得知了時間機器的存放地點後，毫不猶豫的殺死了他。王后一直想找機會替代巴爾同志，他的地方現在終於如願以償，他向艦隊下達了命令，轟炸地球上的城市。
只見炮火像雨點一般砸向了地球，人類毫無招架之力，死傷無數。卡特博士，他們此時想辦法見到了總統，他們告訴總統自己有辦法返回過去改變歷史，阻止這場毀滅世界的災難。總統面對這些強大的外星人毫無辦法，他只能答應了卡特博士他們的要求，並派出戰鬥機護送他們去星際之門。那半路上，他們遇到了外星飛船的追擊，好在他們正巧遇到俄國的戰機編隊迎面飛來。
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在強大外星敵人的壓力下，俄國戰機和美國空軍聯手擊退了敵人。幾個人來到星際之門的秘密存放地點後，發現老朋友ti也在這裡。但是此時的他卻是巴爾的護衛首領。他來這裡是準備去巴爾的秘密基地，想辦法給死去的主人報仇呢，卻不願歸順王后。所以他的到來吸引了很多外星人的火力轟炸。這裡整座建築很快就要扛不住了，大家來不及多說，趕緊開啟了星際之門，跑了進去。
從新聞的另一端出來後，大家發現這裡正是巴爾操控時間機器的地方。卡特博士啟動機器後，知道了巴爾是透過恆星的耀斑來實現時間的穿越，而不同恆星的耀斑可以穿越到不同的時間點。卡特博士努力搜尋著合適的橫行，這時王后也來到了這裡，他的衛兵一波波的衝進來，準備佔領這個基地。上校，他們奮力的抵抗著，但是王后的衛兵實在是太多了，他們源源不斷的傳送進來，很快大家就堅持不住。
丹尼爾博士第一個被殺死，緊接著卡特博士也被殺死了。但是他在臨死前開啟了通往1939年的星際之門。上校知道唯一能救大家的辦法就是回到過去阻止吧。於是他趕緊衝進了新門。為了防止再有人使用時間機器返回過去。
臨死前引爆了炸彈，將這座秘密基地炸燬了。現在所有的重任都落在了米切爾上校一個人身上，他提前隱蔽在了爺爺的那艘貨輪上。船員下來檢視貨物的時候，把他當成了船長，他分別船員一把槍一起等待著巴爾的到來。
很快，星際之門就啟動了。星門連線上之後湧出的浪漫在貨輪上開出了一個詭異的藍色大洞。緊接著，巴爾的衛兵從新聞中走了出來，上校他們馬上開槍，將衛兵打死了。然後巴爾也走了出來，上校毫不客氣的一槍打在了他的頭上，瞬間避免上校完成了他的任務，阻止了巴爾對未來歷史的改變。時間又來到了2008年，巴爾被移除宿主身體的日子，只見一根鈦合金針頭插入了巴爾宿主的大腦，將裡面的googe機身體系到了瓶子裡退，可宣佈最後一個系統民主判處死刑。
然後將瓶子摔碎在了地上，裡面的巴爾基身體痛苦的扭動了幾下就死亡了。所有人都不知道自己曾經回到過過去，並阻止了一場人類浩劫。
唯一能證明這一切存在過的痕跡就是上校衣櫃上的一張照片。他一直以為那是他的爺爺和爸爸，但他不知道的是，照片裡的年輕人正是穿越回過去的自己。
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