美國人為什麼一直不敢公開外星人存在的真相？
根據他們官方激勵檔案，藍皮書計劃的記載，從上個世紀的50年代開始，他們一共調查了件uf目擊報告。這其中94的報告都被判定為自然事件，但仍有701件報告被吞入了絕密檔案。隨著這些絕密檔案的時效性到期，真相漸漸被公眾所知曉。
藍皮書計劃就是改編自這些目擊報告中發生過的真實事件。在美蘇冷戰時期，一個漆黑的夜晚，兩架空軍戰鬥機正在進行夜間訓練。
突然，一個發著詭異藍色光芒的物體，在極近的距離飛快的從戰鬥機旁掠。緊接著這個神秘發光體又折返回來，並在戰鬥機前面不停的挑逗飛行員。被激怒的飛行員立刻朝著他開火射擊。但這個神秘的發光體速度極快且又異常的靈魂。本週的老式戰鬥機根本打不到他，發光體夠了之後，突然開始垂直上升，戰鬥機竟然也不受控制的被吸了上去，嚇得飛行員使出了吃奶的力氣，想重新控制飛機，但是他失敗了。
由於戰鬥機被髮光體系向高空已經失速，當這股神秘力量放開它之後，戰鬥機只能垂直的墜向地面。不過後來神奇的是，飛行員和戰鬥機竟然都平安無事，只是飛行員的精神受到了刺激。這次事件被上報到空軍高層後，他們很快派來了兩名調查人員，分別是艾倫博士和奎恩上尉。
軍方為了掩蓋最近發生的多起不明飛行物事件，甚至投資拍了很多關於外星人的電影，用來迷惑公眾。而他們請博士過來參與調查。也是為了讓他編一個合理的解釋給新聞媒體。
至於真相到底是什麼，軍方是絕不會向公眾透露的，尚未跟飛行員瞭解了整個事情的經過。儘管飛行員極力解釋，他看到的都是真實的，但尚未卻說他肯定是產生了幻覺。
此時，博士在檢查飛機的時候也有了驚人的發現，他拉開機翼上的概念，發現機翼上有很深的撞擊痕跡，而且機身上殘留著大量的異常輻射。艾倫博士知道正常情況下，飛機在高空出現金屬傷痕，只會產生小量的放射性電荷。
而這架戰機的輻射水平卻遠遠高出正常數值。他知道這件事肯定不簡單，但尚未則堅持，認為飛行員是撞到了氣象觀測氣球，而氣球的底部剛好懸掛著一大塊金屬。他認為，機翼上的傷痕就是撞擊這塊金屬產生的。
但艾倫博士經過精確的計算後，否定了上尉的猜測，沒想到上位也是個倔脾氣，他決定帶著博士做一次情景還原。尚未駕駛著飛機載著博士飛上夜空，他們朝著一顆氣象氣球飛了過去。這場景果然跟飛行員說的很像，但是追求完美的上位，還想精確還原當時的場景。
他要撞擊氣球下面的金屬物體，得到和之前飛行員一樣的劃痕。但是這麼瘋狂的操作，讓飛機失去了控制，直接墜向了地面，嚇得艾倫博士直接昏死了過去。當他醒來時，發現飛機已經墜落了，但是自己和上位都很幸運的活了下來。
他相信了尚未給出的解釋，準備將這個結論通報給關注這件事的繼承，但事情真的這麼簡單嗎？調查結束後，飛行員還在康復中心修養。這天，突然來了幾個神秘的男人給他注射了藥物，然後將他強行帶走了。
誰能想到，美國軍方為了掩蓋外星人存在的證據，竟然投資拍攝了大量科幻電影，來混淆視聽，迷惑民眾。
他們還請來了艾倫博士，給人們編撰合理的解釋。但博士前腳剛走就來了，一夥神秘人強行帶走了不明飛行物的目擊者艾倫博士在回家的路上，突然發現自己被一輛黑色轎車跟蹤了，而且那輛車竟然直接就撞了上來。
艾倫博士被嚇得夠嗆，他回頭一看，發現這個黑衣人正是之前見到過的那個人，而這個黑衣人好像故意在引導過時，他將車開到一個廢棄的遊樂場就消失了。艾倫博士衝進去尋找黑衣人，卻發現自己來到了一個詭異的房間裡，裡面有一臺放映機，正播放著奇怪的影片，影片裡面迴圈的出現一些數字和符號。
艾倫博士回到家後，馬上拿筆寫下了影片中的數字，他盯著這些數字思考著。突然，他意識到這些數字連起來可能是某個地理座標，而這個座標好像指向了神秘的南極中。正當他要進一步研究的時候，外面傳來了敲門聲，原來是他的搭檔奎恩上尉來找他。因為剛剛又發生了一起不明飛行物事件，一顆天外隕石劃過小鎮的夜空，隨著一聲巨響，雨時狠狠的砸在了樹林裡。
附近的一些居民趕緊跑過去看熱鬧。其中一個小孩子在好奇的看著著火的森林，突然被眼前出現的怪物嚇壞了。得到訊息後，艾倫博士他們第一時間就趕到了目擊者的家裡。此時的一家人被嚇得躲進地下室，他們聲稱自己遭遇了怪物的襲擊。
博士看到孩子的臉部確實受到了奇怪的燒傷，孩子的媽媽跟兩人描述了昨晚發生的事情。原來在男孩看到怪物之後，嚇得他們趕緊往家裡跑。
此時，森林裡到處都散落著不明飛行物的殘骸，其中一些還散發著耀眼的紅色光芒。然後，孩子的媽媽帶著他們來到了墜落現場。艾倫博士摸了摸這裡的地面，他發現這裡的土質非常的鬆散，就好像被劇烈的震動過一樣。這表示附近肯定發生過能量巨大的撞擊。
然後艾倫博士又爬到了燒焦的樹上，想看看附近有沒有不明飛行物的殘骸。但他卻意外的發現了之前遇到的那個黑人，這個人好像一直在盯著他們。
艾倫博士一不留神從樹上掉了下來，爬起來後，他拿著儀器檢測了附近的輻射值。在輻射值水平最高的地方，他們竟然真的挖出了一塊發著紅光的殘骸。
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