他說，你們的世界雖然被毀了，但是我的世界還有被拯救的希望。上校知道，拯救平行世界對他們來說沒有任何意義。
他考慮了半天，最後還是答應了丹尼爾博士，他帶領所有人一起跟敵人進行了頑強的反抗，為丹尼爾贏得了撤退的時間。丹尼爾穿過星際之門，又返回了有鏡子的那個地方，他重新觸控了那面神奇的鏡子，返回了自己原來的世界。這裡的小夥伴們還在到處尋找突然失蹤的他。
丹尼爾博士給大家講了自己神奇的經歷，大家聽完都覺得很不可思議。他們返回地球后，拿著那個新聞地址報告了將軍，將軍卻說，星際之門專案要被取消了。
因為參議員覺得這個專案花錢太多。又沒有帶來什麼回報，丹尼爾把外星人即將進攻地球的事情告訴了參議員，但參議員並不相信他的話，還說，即使外星人來了，強大的美軍也完全有能力把他們趕回老家去，然後就命令停止星際之門的執行，不允許任何人再去使用它。
巨大的外星飛船像鍋蓋一樣罩住了整個大西洋，人類的末日來臨了。幸虧有一個善良的外星文明前來幫助我們。他穿過超級蟲洞，來到了太陽系月球基地，在巨大的外星飛船面前顯得十分渺小。人類指揮官被這突如其來的壓迫感下滑，竟然下令向友好的外星飛船開火，毫無防備的友軍就這樣直接被愚蠢的人類擊落。
而指揮官們還沾沾自喜的宣傳著偉大的勝利，就在這是真正的敵人出現了，他竟然像月球一樣大。人類在月球辛辛苦苦建造的防禦力量打在他身上就像撓癢癢一樣。而敵人的武器啟動後，輕鬆的就擊垮了人類的月球基地，然後擦著月球表面，直奔地球而來。
如果他不減速，地球將會被他撞成兩半。人類啟動了軌道上所有的防禦武器，可還沒等開火，就被外星飛船全部摧毀了地球。人這回傻了眼，辛辛苦苦準備了20年的防禦力量，就這樣被敵人輕易的突破。那麼這些外星侵略者為什麼要來到地球呢？
原來，在20年前，人類成功的抵抗過一次他們的入侵，並從外星飛船上逆向研究了很多黑科技，大大提升了地球人的科技水平，甚至已經可以擺脫引力的束縛，輕鬆的飛向太空。但是，外星飛船墜毀後，向五星傳送了求救訊號，五星立刻派出了更加強大的艦隊前往地球。飛船接近後，由於外星人都是透過心靈感應進行交流，所有之前那些被外星人傷害過的人們，全都感受到了，他就連被外星人摧殘而昏迷了二十多年的奧肯博士都醒了過來。他寫滿了一牆的外星文字，還畫下了一個奇怪的圓形符號，這個符號跟人類肌肉的外星飛船一模一樣。奧肯博士走到關押外星俘虜的地方，這些外星人都是在20年前的戰鬥中俘獲的，只見這些俘虜都變得異常興奮，好像是在歡迎他們女王的到來。
這時，前總統悄無聲息的走進了外星人的房間，他希望以自己為媒介或者情報。不出所料，外星人伸出觸手，控制了前總統。從他嘴裡，人們知道了女王的到來。以及他們想要地球消失的命。海瑟琳拿著圓形飛船的圖案衝出來，詢問他這到底是什麼。
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外星人神色緊張，十分恐懼。他不斷的扭動身體，並縮減觸手。前總統眼看就要被活活勒死，軍人們快速的拿起武器對他一頓掃射。然而，由於他有盔甲的保護，這些攻擊對他毫無作用，這是跟外星人有著豐富作戰經驗的烏布圖，偷偷繞到外星人身後，一刀砍破了他的盔甲。
然後外星人的本體暴露了出來，烏布圖馬上利落的砍下了他的腦袋。前總統還是因為驚嚇過度而暈了過去。同時，51區監測到密密麻麻的外星飛船向基地駛來。值得注意的是，這些飛船都包圍著一個巨型飛船。
這時大衛明白了，剛剛外星人說的話，原來外星人的群族就類似於蜂群，蜂后控制著一切監控器的畫面一轉，竟然看到大西洋的中心上，外星戰艦正在鑽探地球，他們竟然想要把地殼抽走地，可一旦被破壞，地球的磁場和大氣層都會消失。
所有的生命都會死去，現在阻止這些唯一的辦法就是找到封號並消滅他。於是總統果斷的下令，開始反攻。一支精英飛行小隊很快就從基地出發，他們帶著核彈衝向了外星戰艦。很快他們就發現了封侯，然而外星戰艦卻率先發動攻擊，他火力全開，鐳射四射，飛行小隊根本無法到達投彈地點，甚至還被打亂了計劃。
想要撤退，但外星戰機窮追不捨，人類和外星人展開一場殊死搏鬥。最後席勒想出了一個主意，他要攜帶核彈偷偷潛入外星戰艦的內部。結果這個危險的計劃異常的順利，大家都覺得不可思議。這時前總統突然甦醒，他告訴帕蒂，這是外星人設下的圈套。
帕蒂馬上把訊息轉告了亞當斯，然而一切都來不及了，飛機小隊的戰機瞬間全部失控，並開始追捕他們，不顧安危，想要和外星戰艦同歸於盡。然而核彈的爆炸卻被控制在了能量場，沒有對外星戰艦造成一點傷害。外星人一個衝擊波就把所有的衛星全部衝訊號全部中斷。與此同時，外星人發現了指揮室，緊接著展開了大屠殺。
很快，亞當斯就接到了訊息，總統和國防部長全部犧牲。現在他必須就地接受總統的職位，繼續指揮人類軍隊。在五十一區，奧肯博士緊張的對著圓形飛船，作者研究，他拿出終極武器，準備對飛船檢控。
很快，飛船裂開變成兩半，一顆圓滾滾的白球滾了出來，他只是靜靜的看著，並沒有做出任何反應。由於人類不小心的觸碰，竟然意外的觸發了他原來這個白球是個超級儲存器，他說自己的種族和這些外星人已經交戰了上千年。外星人抽取他們的地殼作為原料，最後摧毀了他們整個文明。
但是他們把所有的高科技資料都儲存到了白球裡，還在一個秘密的地方建立了一個新世界，那裡有可以摧毀邪惡外星人的武器。白球的到來本來是想警告人類，並將人類轉移到那個安全的新世界，沒想到他卻被人類無情的機會。
現在婚後一直在尋找那個新世界，並不惜一切代價想要摧毀他。此時婚後發現了白球發出的能量訊號，他立刻穿上了超級戰甲，然後朝著這個方向快速起來。如果白球被他抓住，那麼新世界的位置就會洩露，到時候外星人就再也沒有可行，人類更加沒有生存下去的希望。大衛集中生智。既然外星人給我們下塔，那我們也給他們下一個塔。
於是大衛他們在牽引機裡複製了白球的輻射訊號，想用這個方法吸引女王靠近，然後引爆核彈，炸死他。但核彈的威力太過強大，必須用51區的能量防護罩把爆炸限制住，這就意味著五十一區就要失去防護罩的保護。這時帝禾還有一個小時就要被抽走了，大家抓緊排兵佈陣。但是現在需要有一個人把核彈送上天，這個任務基本上有去無回。
這是前總統挺身而出，表示願意犧牲自己，給女兒拼出一個未來。大衛他們此時也趕緊帶領隊伍出動，前往豐厚的位置，這個辦法果然有用。蜂后很快就被假訊號吸引了，然後帶著部隊開往了五十一區，很快和人類展開了激烈的交戰。湯姆帶著核彈和假訊號飛離了51區蜂后也跟了過去。
而這時在巖湖上卻突然出現了一輛小車，司機正是大衛的父親，他帶著一群小孩，成功的逃到了這裡。但大衛此刻沒有時間去關心父親，他必須及時啟動防護裝置。在帕蒂的引導下，前總統看準時機，駕駛戰機進入了豐厚所在的飛船，終於完成了自己的任務。
與此同時，大衛也開啟了能量防護罩，隨即湯姆按下核彈的開關，核彈在防護罩裡爆炸，外星飛船被炸得粉碎。就在大家歡慶勝利的時候，突然發現敵人的戰鬥機還在戰鬥，這說明風后還沒有死。原來風后身上的鎧甲有獨立的護盾系統，不一會兒，風后就爬出了廢墟，他看到了巖湖上的校車，立即朝他們撲了。
眼看校車就要被吞噬，帕蒂帶著戰機及時趕豐厚的護盾系統十分強大。人類犧牲掉幾乎所有的戰績，才成功的摧毀了互動，這是豐厚，十分憤怒。追著帕蒂的戰機瘋狂的進攻，很快戰鬥機就被擊落了，帕蒂及時開啟降落傘逃過了一劫。就在婚後準備攻擊帕蒂的時候，傑克一行人死裡逃生，即使出現就嚇了他，然後對著風后一頓窮追猛打。
但這時在51區裡關押的外星人全都跑了出來。他們看到了隔離艙裡的白球，然後控制了博士的大牌，知道了他們的計劃。外星人迅速通知了婚後，婚後這才發現自己被騙了。
失去護盾的女王，控制所有的外星戰機，保護自己前往51區外星戰機，組成了一個巨大的護盾。保護蜂后已取得白球傑克他們偷來的飛船此時也失去了控制，加入了護盾的隊伍。中方浩拿到了白球，正準備離開
。傑克冒著生命危險，啟動了鉅變引擎，瘋狂的在隊伍裡開始加速風后，看到了這個奇怪的戰機，解開了對他的控制。戰機成功的從護盾裡逃了出來。然後高速俯衝而下，對著豐厚的背部不斷設計，這裡是豐厚的弱點。
沒有了護盾，保護的風口直接被打的吐血倒地，白球也從他的爪子裡滾落出來。女王一死，外星戰機全部失去了控制，紛紛墜毀，正在抽取地核的外星飛船也同時停止了工作，人類又一次獲得了勝利。
相愛的人也可以繼續相守。奧肯博士更是激動不已，原來這個白球裡面儲存著很多超級文明的知識，有了這些知識，人類很快就能進行星際旅行了。並且到了那時，我們一定會打到敵人的老家去，讓他們也嚐嚐我們的厲害。
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