這個男人被外星人撿走，並且外星人直接讀取了他的大腦，獲取了人類的全部秘密。但外星人對人類的這種落後文明沒有一丁點興趣，他們想要得到的是人類剛剛撿到的一個大寶貝，一艘探索宇宙終極秘密的飛船命運號。
這個男人就是命運號上的首席科學家拉什博士。一天前，飛船路過了一顆星球，飛船上的人們想上去看看能不能找點有用的物資，就透過星際之門來到了這裡。這顆星球上面荒無人煙，正當他們想要返回的時候，竟然發現了一艘損壞的小飛船。
拉什博士興奮的開始研究這艘小飛船，沒想到一旁的楊上校找起了他的麻煩，因為他一直反對上校領導這個團隊，兩個人打了一架。回去的時候，楊上校沒有管他，把他一個人丟在了荒無人煙的星球上。
大家都以為他死定了，沒想到他竟然開啟了這艘破舊飛船的呼救器，引來了外星人。外星人抓走他後，直接連線了他的大腦，獲取到了命運號上的秘密，並且截圖了命運號。外星人派出了很多小飛船，想要登入命運號，命運號上的船員們奮力反抗。但還是有一艘小飛船成功登陸了，並且劫走了一個船員。
楊上校使用了飛船上一種神奇的裝置，通訊時，與外星飛船上的一個人交換了身體。他用外星人的身體救出了拉什博士。不然通訊時的連線斷開了，拉什博士徒手幹掉了這個外星人。並從外星人的大腦中獲取到了他們的資訊。
他找到了被困的船員，並偷走了一艘小船，逃回了命運。號。拉什博士還從外星人那裡知道了很多秘密，比如他們早就發現了命運號，並一直在跟蹤，只是沒有辦法突破飛船的防禦，無法登陸。他們還在命運號上放置了追蹤器，保證自己能一直跟著他。
楊上校嚇得趕緊開著穿梭機炸掉了這個附著在飛船下面的追蹤器。上校鬆了一口氣，但是拉什博士卻並沒有這麼輕鬆。他沒有告訴楊上校在這個星系裡還有更多更強大的外星種族在前方等待著他們。
天空突然噴出了巨大的火焰，緊接著一個龐然大物從裡面鑽了出來，人們被這突然出現的怪物嚇得四散逃竄。
這個不明飛行物衝破大氣層後，竟然籠罩住了整座城市，而此時的美軍指揮部也早已亂成了一團。他們在幾個小時前就探測到一個有月球四分之一大小的物體，向地球方向急速駛來。不知是敵是友，一顆高軌道軍事衛星躲避不及，撞在上面瞬間灰飛煙滅。
然後巨型飛船放出了幾十個子飛船衝入了地球大氣層。空軍派出了預警機抵近觀察，結果直接闖入了飛船與大氣層摩擦產生的火焰中，所有機組人員全部犧牲。
國防部長一臉凝重的告訴總統，這些傢伙看來是來者不善，並且有一艘飛船已經直奔白宮而來。為了保證指揮系統的存在，總統讓副總統和其他人乘坐空軍一號趕緊離開，而自己則要留下來發表電視講話，安撫民眾。
而此時此刻，全世界多個城市的天空同時出現了外星飛船。所有人都被這巨大的大傢伙震驚了，他陸陸續續的覆蓋了地球上所有的主要城市，華盛頓、紐約、東京，無疑幸運，各個國家的人們像無頭的蒼蠅一樣不知所措。
城市的交通也陷入了癱瘓，這些飛船停穩之後，卻都沒有進一步的動作。在太空總署工作的大衛發現，這些飛船在不停的同步一個訊號。經過他的研究解密發現這個訊號竟是一個倒計時。他猜測，目前這些飛船正在排兵佈陣，等到計時結束就會統一採取行動，現在還剩餘六個小時，他不知道那時會發生什麼，但肯定不會是什麼好事。
大衛勸大家趕緊離開飛船籠罩的城市，然後他找到父親，一起開著車前往白宮，打算將剛剛得到的情報告知總統，想要見到總統當然不是那麼容易。不過幸好他的前妻在總統身邊工作，在前妻的幫助下，大衛成功的見到了總統，並將自己的猜測告訴了他。
現在距離倒計時結束僅剩30分鐘了，大衛勸總統趕緊離開這裡。但總統覺得他只是胡亂猜測，並沒有聽取他的意見，這是軍方安排的一架直升機試圖和飛船進行溝通。直升機對著飛船打出了燈謎，沒想到飛船立刻就有了回應，他緩緩的開啟了一條藍色的縫隙。
就在大家緊張的等待他們回答的時候，突然間一道鐳射射出準確的命中了直升機，頃刻間擊毀人亡，外星人果然是來者不善。這下驗證了大衛的猜測，總統和他的手下立刻動身撤離白宮。此時倒計時只剩下九分鐘了，膽子小的民眾早就逃出了城市，可仍然還有一些人手舉牌子，站在摩天大樓的樓頂上，為外星人的到來舉行歡迎儀式，他們一個個充滿期待，興奮不已。
突然，飛船底部的倉門緩緩的開啟了，裡面發出了幽幽的藍色光芒。這群人被這奇異的景象驚得呆住，還在讚歎外星文明的偉大。此時，倒計時正式結束，一股巨大的能量在飛船底部迅速匯聚，瘋狂的人們頂住呼吸，期盼著更大的驚喜。
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然而，下一秒彙集的能量直接擊穿帝國大廈大廈，就像紙糊的一般，瞬間化為灰燼。巨大的衝擊波不斷的向城市四周開始擴散，所到之處皆被夷為平地，無數人頃刻間灰飛煙滅，整個城市變成了人間煉獄。總統乘坐的飛機此時也剛剛起飛，幸虧飛機跑的足夠快，才沒有被火焰吞沒。
曾經繁華的大都市，銷煙嫋嫋，一片廢墟。既然對方來者不善，那我們也不是好惹的。軍方立刻制定了反擊計劃，一場守衛人類命運的戰鬥即將打響，美軍派出了他們最精英的飛行編隊，向著外星飛船駛去。
隊長一聲令下，戰機編隊從四面八方向飛船發射了導彈。然而，讓他們吃驚的是，人類的武器竟然毫無作用，原來這些飛船竟然有能量保護著人類，這些弱小的武器根本就無法突破。此時，外星飛船派出了大量小型戰機，他們像蝗蟲一樣密密麻麻，並且這些小型外星戰機同樣擁有能量保護罩。美軍的戰機不管如何攻擊。都無法讓他們分好。
最後美軍戰機被打的落花流水，事實證明，敵我實力懸殊太大，硬碰硬顯然不可行，無奈之下只能撤退。但是外星戰機窮追不捨，非要把美軍趕盡殺絕。最後，這支精英編隊就只剩下上位一個人了，他逃到了內華達沙漠中的狹小山，憑藉出色的飛行技巧以及冷靜的判斷，躲過了一次又一次的致命攻擊。就在飛機燃油耗盡的時候，他及時開啟降落傘逃出昇天。而外星戰機因為視野被遮擋而撞上山坡墜毀，尚未爬起來，憤怒的走向外星戰機，並開啟了對方的艙門。只見一個滿身觸手的怪傢伙，正罵罵咧咧的往外爬。
史密斯尚未毫不客氣的一拳把他打暈了，然後將他放在降落傘中打包好，拖著他往基地的方向走去。在他們艱難的走了一段路口，遇到逃難的車隊，尚未攔下了一臺車一起趕往基地。與此同時，總統一行人也到達了這個隱藏在內華達州的51區基地。
