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在第四戰區開始攻佔硫磺島的時候，西太平洋的第二戰區也同時發動了對菲律賓和荷屬東印度的進攻。
在菲律賓的登陸行動，讓山下奉文第一時間選擇暫時避開鋒芒，撤離沿海地區，放棄城市，轉為菲律賓的遊擊戰術。
在登陸當天，第二戰區的三支主力部隊分別在菲律賓不同位置登陸。
第二戰區所屬的第十一陸戰師在呂宋島西部的聖安東尼奧登陸，攻佔聖馬塞利諾機場，蘇比克海軍基地以及封鎖巴丹半島，阻止日軍往巴丹半島方向的撤退路線。
另一邊是第二戰區所屬的第三空降師以及一個滑翔傘降團在呂宋島南部的納蘇格布登陸，向馬尼拉前進，邊上還有兩個步兵旅登陸，朝塔蓋山脊向北前進。
餘下這是特種部隊零星作戰，負責協助三支不同方向的部隊，快速攻佔菲律賓境內的橋梁和交通要道。
此刻的菲律賓，早已經是一片狼藉，日本人放棄了大城市，也劫掠了大量的物資撤離，在紅警兵團抵達的城市之中，都是饑餓的菲律賓人，城市當中，留下了很多都還未打掃走的屍體。
然而就在紅警兵團登陸的時候，所面對的敵人，可不單單只有日本人，還有菲律賓人組成的遊擊隊。
這些菲律賓的遊擊隊，原本是抵抗日本侵略的武裝，以前一直都是美國人在資助，然而美國被滅，他們也就在菲律賓內自生自滅。
紅警兵團的到來，他們非但沒有感激，反而主動發起攻擊，菲律賓境內也爆發了三陣營之間的戰爭。
山下奉文並沒有如同歷史上，堅持到戰爭結束，在戰鬥開始的三天之內，山下奉文的指揮部便被端掉，山下奉文的人頭高高的懸掛在馬尼拉的城市中心。
菲律賓境內的戰爭細節外界難以得知，只是知道當日本全面戰敗的時候，菲律賓境內的人口剩下不到原來的十分之一。
大屠殺的罪名被安放在日本人的頭上，歷史從來都是由勝利者來書寫的。
菲律賓戰爭之中，為了消滅遊擊隊，動用了大量的化學武器，使得菲律賓從戰爭開始到持續結束的這段時間，爆發了十分可怕的傳染病。
然而有意思的是，這種爆發出來的傳染病，只有在日本人和菲律賓幾個主要種族之內傳播。
與菲律賓相隔的荷屬東印度也是如此，在登陸菲律賓的時候，第二戰區也同時在印尼登陸。
在菲律賓逐漸淪陷的時候，荷屬東印度的情況也是如出一轍，戰爭並沒有怎麼用到槍械武器，登陸荷屬東印度的紅警兵團，主要的任務就是收屍。
利用空氣傳播的病毒，一旦人體成功感染，持續的時間內，在三個小時到三天的時間之間，便會死亡。
因為病毒的死亡的人，外表沒有任何變化，病毒直接讓患者心髒衰竭，直到停止跳動。
過程十分的迅速，患者一般都是在睡夢之中，永久醒不過來。
