但人類的血肉之軀難以抵擋機器人的進攻，戰爭中人類節節敗退，輸紅眼的人類終於拿出終極武器“核彈“，但大規模的核爆沒有能對機器人方面造成實質的毀滅，核爆後的放射汙染對機器人根本無效，機器人的強大攻勢絲毫未減.
已經山窮水盡的人類這時透過了一個“遮蔽天空“的戰鬥計劃，因為機器人的能源供應是依賴太陽能的，如果切斷太陽能，機器人的能源供應就會出現短缺，轉換能源供應體系不是短時間內能辦到的至少在人類社會裡以上理論是成立的，但是對機器人....），就在這個時候，發動最後的反攻一舉撲滅所有機器人。
於是人類開始了這個瘋狂而愚蠢的計劃，沒多久地球的天空被一層黑色不透光的雲遮蔽，但是人類期待的情況並沒發生，出現能源短缺的機器人並沒有大批的癱瘓，他們就地取材得把戰場上受傷的人類戰俘當作臨時“電池“這是atrix産生的最初動機，當時只是把人類簡單的一排排得接在機器上，透過刺激人類的腦部使人類的身體發電，但連線在機器上的人類很快會死亡，死亡意味著電池沒電，為了使電池的壽命更長久，機器人才開始研究人類的腦部，並完善了食物供應體系，使人類在連上機器後能存活更長時間），機器人擊退了人類集中所有力量的最後反撲，在消滅了人類最後的政府後，人類所有有組織的抵抗宣告結束，人類的時代宣告終結。
其實機器人也因為人類遮蔽了天空能源出現的問題，雖然把人類戰俘當電池用暫時解決了危機，但是短時間內轉換能源供應體系也非易事，只有先把更多的人類當做電池來解決眼前的能源短缺，於是大批的人類被抓去當做電池，最後幾乎所有地球上人類都被當電池。
可是被當作電池的人類會很快死亡，於是已經對人類腦部有了相當瞭解的機器人開發出了可迴圈的人體電池系統，人類的腦部連線在一個電腦虛擬的空間裡，這就是最初的atrix系統，在這個系統裡，人類是生活在完美的世界上，所有慾望和需要都被滿足，機器人以為這樣的系統可以使人類長久的生存，但是對人的情感世界缺乏瞭解的機器人錯了，連線在這個完美世界裡的人類電池大量死亡......
今生篇
現在進入電影裡的atrix是模擬人類某個歷史時期，大多數人類並不知道自己生活在虛幻的世界裡，但是這個虛幻的世界並不十全十美無懈可擊，在世界的某個角落裡總是存在著一些或大或小的bug，還有人類中的某些特殊體質的個體似乎能超越系統的控制動畫版裡超越體能極限的短跑高手），更有甚者，一些程式和人類接觸中有了自我意識，他們學會了逃避系統的刪除。
這些難以估計後果的錯誤有可能導致整個系統的崩潰，對此早期的atrix是用亡羊補牢或對知情者滅口的消極方式加以應對，可是這樣的運轉模式顯然無法長久，問題是會越積越多的，修補系統錯誤帶來的可能是更多的錯誤，必須有一個方法定期對系統進行“大清洗“並重新啟動。
試想一個充滿bug的遊戲伺服器，這個伺服器從來不停機維護）這就是大家一再提到的“atrix上的無數人類生命顯然是無法重新啟動的，這時對人類情感世界已經有相當瞭解的atrix找到了一個“最經濟“的方案，那就是反過來利用錯誤來消滅錯誤，並利用錯誤創造重新啟動系統的機會，這個完美的計劃就是電影駭客帝國三部曲的全部內容。
以下是我按照電影的情節對這個計劃的推理。
這個計劃的開端是設立zion錫安）這個人類覺醒者的收容所，由於對人類覺醒者的殺戮往往導致更多人的覺醒，與其如此，不如把這些覺醒者踢出系統，並且統一監管起來，zion與其說是人類自由的是一個大監獄，為什麼這樣說，要知道zion是atrix當然是早知道的），而這些人理所當然的成為zion的領導層，所有人實際上是在atrix控制的人監管之下。由於人類是有繁殖能力的，zion的擴張也是必然的，為了防止zion因強大而失去控制，所以atrix要定期毀滅zion舉手之勞而已），而這個過程和atrix的升級計劃合二為一。
第二步是創造一個人類覺醒者所崇拜的“先知“，由於atrix對人類長期的研究發現，人類是非常迷信的人類把這個稱為信仰），對“奇跡“還是“圈套“缺乏理性的判斷力有些看電影的人還一直堅持認為先知是在幫助人類.....連看電影的人都被迷惑了....），先讓先知給那些“反抗軍“少許“甜頭“，然後就可以把這些家夥在atrix裡的行動也控制起來。
實際上電影裡無論墨菲斯還是neo尼奧）所有的行動都是那個先知提示的，他們在有所行動前已經習慣性的要到先知那裡去“批命“，這種精神控制的手法其實一點也不新鮮，人類社會的邪教組織一向都是用這樣的手法，區別是邪教一般是用一些小騙術來騙取他人的信任，而這個先知是透過高速電腦事先計算出未來事件的發生所以這些事都不是一定會發生的，是需要先知這樣的角色來引導或誘發才能達成的）來取得人類的信任。
第三步就是給這些zion的人類創造一個虛幻的希望“theone“救世主），也就是電影中的主角neo，他還有一個作用，由於那些逃避刪除的程式熟悉atrix的操作手法，他們可不會吃“先知“的那套把戲，要對付這些“危險的系統垃圾“也需要藉助這個特殊的角色，在電影裡，neo在先知的誘導下讓他去找鑰匙人）去踢了法國人的場子，消滅了他很多能力強大的手下。
為什麼不消滅法國人，因為法國人起的也是類似zion的作用，他把逃避刪除的程式收集起來當做手下，就象把垃圾掃到垃圾桶裡法國人說白了就是一掃地的），這樣才好一次倒掉由theone來負責一次倒掉），估計每次atrix升級都會有個theone聽了先知的引導，到法國人這裡來打砸一翻，所以法國人對先知的這種手法既痛恨又無奈，這也是他想要挖先知眼睛的原因。
第四步就是開始清理系統內外，這個步驟需要先知的誘導和neo的強大能力，首先是使neo獲得能力並對先知言聽計從，這段過程大概是駭客第一集 的內容，然後就是對系統內的逃逸程式進行打擊，先知以找鑰匙人為誘餌，讓neo一夥和法國人的手下火拼，結果法國人手下全滅。
法國人夫妻出於對這個“遊戲“玩法的瞭解始終沒有出過手不但沒出手還提供幫助，法國人老婆在意味不明的一吻後提供了幫助，誰知道不是他們兩夫妻事先約好的？），這個過程在電影第二集 裡有詳細描述。最後是對zion進行清理，消滅zion所有的戰鬥力量，早就知道zion位置的atrix不費吹灰之力就把zion的反抗力量消滅，這些內容在第三集裡有詳細描寫。
最後的一步比較麻煩，就把theone神話毀滅，並排除先知的所有的“嫌疑“，然後在所有在atrix裡的人類都沒有察覺的情況下重新啟動atrix我猜想可能是類似於更換一下游戲伺服器主機），其中theone這個角色在整個計劃中是即必不可少又相當危險的，對這個角色的控制不當會有非常嚴重的後果這從駭客3最後建築師和先知說的那句：“你玩的是非常危險的遊戲“可以知道）。
消滅neo是一個難題，atrix對此的對策就是史密斯，在第一集 裡史密斯只是一個性格古怪個體意識很強的“防毒程式“，他對atrix系統的不滿情緒是他被選中成為消滅neo的人選的原因，因為他最終也是要被消滅的讓錯誤和錯誤相互攻擊抵消，是這個計劃的精華之所在）。
在第一集 最後史密斯被neo消滅後，第二集他又複活並獲得了新的能力，很多人把這解釋為系統的一個失算的防毒程式升級，其實智慧那麼高的atrix控制者怎麼會犯那麼愚蠢的錯誤，這肯定是有計劃的，史密斯獲得能力後的行動也是可以預料的先知的拿手好戲，不要說先知，就連我看完第二集我就猜到史密斯在第三集裡會把全人類給複制了），其實他的作用就是把全人類給複制，然後用他從他人那裡吸收來的能力打倒neo電影裡說的明白是史密斯打倒並吸收了neo），然後系統把他和neo刪除掉，他的程式碼從所有人身上消除，所有人都同時昏厥過去，最後atrix就抓住這個機會重新了啟動。
在這個計劃裡，zion的人類傻傻得收集atrix裡覺醒的人類.法國人也很無奈得收集著逃逸程不收集的話，就要他自己和theone動手，結果就是....）.atrix輕松愉快得清理了系統內外的危險垃圾，這還只是順便的，重要的是系統得到了重新啟動的機會，系統的穩定性得到了保證。這個計劃最妙的地方就是可以反複使用，atrix就這樣一次次得重新啟動，zion就這樣一次次的被消滅又重建電影裡這次因該算被消滅了，zion的戰鬥力完全沒了，殺戮的多少一向不是atrix追求的效果），數代theone一次次得出現又隕落，atrix就這樣安全執行了數個世紀。
大家以為這裡就結束了麼？
那還往高層次帶人呢？嘿嘿！請繼續看下去。
一、《atrix》是什麼？
《atrix》是一部電影，也僅僅只是一部電影這是討論的起點，也是由此而引發的所有解釋回歸的終點。
是電影，就是講敘一個故事，而不是某種哲學理論的闡釋或形象化圖解。故事“有開始就有結束“，而故事從開端、發展、高潮到結局的過程中，創作者無論採取何種手段：暗示、比喻、象徵等等，都必須服務於一個合理且統一的劇情邏輯，起到渲染氣氛、強化懸念、煽動情緒的作用，推動情節發展起伏跌宕，扣人心絃。這，才是一部“好”電影！
以這個標準來衡量，目前市面上流行的種種“郭xx“式的解釋和說明，如果不能有助於對劇情以及劇情發展邏輯的理解，即使不算是謬誤，也不過是某種闡微發幽的學術研究，冒似深刻，實則離事實本身越來越遠。筆者無意詆毀此前種種“假說“的努力，只是《atrix現象“之間確有著本質的區別。）在此，我將以一種順敘的方式，為大家層層解開《atrix》最後的真相之迷。
二、故事的背景：《atrix》前傳
“在很久很久以後，在一個機器的國度裡……”
一場慘烈的人機大戰後，機器最終佔領和統治了地球，把人類當做能源的提供來“種植“；與此同時，為了維系人類的繁衍生息，確保能源産量的穩定，機器透過某種機器向人類提供精神生活的假像，這就是atrix矩陣）。拋開計算機原理不談，這裡面有兩層含義，一，atrix是機器的機器，用於生産能源，一如人類生産糧食所使用的工具；第二，atrix得以實現的原因是基於所謂的人類“意識論“可參考網上各種關於帕拉圖哲學的解說）。
atrix做為生産工具，唯一的衡量標淮是生産效率的提高。thearchitect架構師）設計的第一代atrix是按人類理想設計的一個完美的世界，原以為人人會安居樂業，但卻不想由於人類的劣根性，導致人類或稱“糧食“）大量壞死，於是，thearchitect只好按照人類的實際情況設計了一個與現實相符的世界。
即便如此，人類天性中獨立、自由的意識仍然不能泯滅。於是atrix之母orace先知）合作，把一種“假想“的選擇權賦予人類，讓人類以為進出atrix是自己“自由“選擇的結果，這就是zion的由來。可zion的五次重建與五次毀滅，證明瞭人類仍然被一種迴圈論所控制；
此外，機器也找到一種透過與人類生生不息的抗爭意識做鬥爭的方法，不斷改良和升級他們的“糧食“生産工具。這個過程，一如人類與土地鬥爭的歷史，直到生産工具的改進和剩餘産品的出現，人類才擺脫了土地的束縛，誕生了輝煌的文明。具有ai智慧的機器也是透過不斷改良生産工具來追求自己的機器文明的機器正重走著人類文明發展的必由之路。）
這，也算是人與機器之間一種和諧共存的良性互動關系，只是其原則由原來人類居統治地位的“人類中心論“變成了機器佔領地球後的“機器中心論“而己。在哲學意義上，這兩個命題是等值的，或者直截了當地說是同樣錯誤的即然“人類中心論“導致人類盲目狂妄自大，漠視機器的存在，最終走向自我滅亡，那麼“機器中心論“也將同樣導致機器自身的毀滅。
導演沃卓斯基兄弟的想象力從這裡開始展開：機器國度內的統治莫非也和人類社會一樣，有國王deusexachina機器大帝）；有當權的統治者thearchitect，其維護atrix秩序的統治原則就是“機器中心論“；還有意識到“機器中心論“潛藏著巨大危機的改革派orace；以及在atrix升級過程中被淘汰的、腐朽沒落的貴族階層erovingian，他們為了自身的存在而頑固抵抗，是阻礙機器社會進步的反動力量。
三、故事的開端：《atrix1》
代表機器國度“潛在“的進步力量的，還有theone救世主）。在這裡，我明確提出theone肯定是機器，其次，theone是升級程式，他是用來測度和監控人類反抗意識的，這個程式可賦予任何人，當他被喚醒，就標誌著人類對機器的抗爭已經達到了某種不能為繼的程度在《atrix中解放的人比以前的總和還要多“），此時theone就要站出來，透過thekeyatrix系統的升級。
這種升級，即是工具的進步，同時也是機器對人類控制的加強，而在思想上，則是“機器中心論“的惡性膨漲。orace並非如一般人想像是站在人類這一邊所謂的“人類解放者“），她是程式，必然要最大化地維護機器的利益，她不過是機器國度的第一批“覺醒者”，在看到了這種“機器中心論“的毀滅性危機後，她決心借atrix即將第六次升級之機，在行動上，向thearchitect的統治發起一場沖擊。這，不啻於一場暴風驟雨的社會革命。
