“不對啊，總感覺這段話和電影的主題有聯系。”
.......
之後，墨菲斯和安妮找到法國人，從他手裡把尼奧帶回了現實世界。
到了現在，駭客帝國全篇故事已經進入白熱化階段了。
雨果扮演的史密斯幾乎把矩陣內所有人都複製成了自己，其中，還包括了先知。並且，史密斯還透過佔據先知的身體，獲得了她預知未來的能力。
當然，這並不是說所有人就死亡了，只不過就像給成一個程式弄一個外殼一樣，現在史密斯就是那個外殼。
現在，史密斯幾乎成為了終極大boss，在矩陣內擁有了毀天滅地的能力。
並且，一旦矩陣被他攻破，他還能借此入侵到現實世界中，到時候，整個機器人王國都將被他侵佔。
人類，也將被他摧毀地連渣渣都不剩。
這些是矩陣內，而矩陣外的真實世界中，機器人大軍履行著自己第六次摧毀錫安的職責，已經攻打到了錫安的大門口。
人類的飛船，戰鬥機甲軍隊，也都嚴陣以待。
大戰，一觸即發。
而此刻的主角卻是在飛船內遇到了麻煩.....
第二部 中史密斯留下的後手起了作用，他透過入侵覺醒者來到了現實世界，並且出其不意偷襲了主角。
雖然尼奧最後滅掉了史密斯這個分身，但自己的眼睛也瞎了。
被一根拳頭粗的電線把眼珠給燒焦了。
不過，尼奧雖然看不清具象化的事物，但是能看清楚電子資料化的事物。
在他的視野裡，一切的電子機械的脈絡都發著光芒，清晰無比地呈現著。
這時候，那些曾經猜測現實世界也只是矩陣一部分的觀眾都捏緊了拳頭。
“尼奧沒了雙眼也能看到機械的脈絡，這尼瑪？”
“難道，尼奧依然還活在夢中嗎？”
“上帝啊，太不可思議了。”
“雙眼失明，絲毫不影響我追捕敵人，因為我能聞到他們身上的臭味。尼奧這算什麼，能看到機械的脈絡？”
.......
之後，機器人大軍終於來到錫安，和人類大軍展開了戰鬥。
不過，幾十萬的哨兵啊，人類能戰鬥的戰士都沒這麼多。
所以，即便特效再好，戰鬥再激烈，觀眾們的心思也沒放在這兒。
因為這是機器人早就謀劃好的第六次毀滅啊，因為這是一場壓倒性的戰鬥，人類壓根兒就打不過啊。
觀眾們的心思，全都系在了尼奧的身上。無論好或壞，現在只有他才能拯救世界了。
鏡頭一轉，來到了尼奧的身上。
此時的他決定回到機器世界的源頭，同機器人做一個交易。
因為史密斯的崛起，不僅威脅到了矩陣，也威脅到了現實世界的機器人。但是，除了尼奧之外，沒有人能夠解決他。
到了現在，尼奧終於明白了自己的使命是什麼了.......
一番艱辛的旅途之後，飛船終於抵達了機械城。不過降落時出現了意外，一同而來的安妮付出了生命的代價。
