“但人類，也將隨之滅亡！”
看到這裡，一個又一個幕後的秘密被揭曉，觀眾們也是被這一個接一個高潮震撼地無以複加。
人類，被前前後後滅掉了五次？
救世主，就是為瞭解決系統的bug，然後帶著23個人類重建被毀滅的錫安，開啟第七個版本？
“臥了個槽！”
“原來錫安是機器人為了處理這些不穩定因素，故意讓救世主建立的。”
“神特麼第一代救世主解放了人類，這尼瑪就是機器人的陰謀。”
“臥槽，這幕後也太驚悚了吧？”
“我只想知道這一次的主角會怎麼選。這一次，他和前幾個救世主不一樣，他被機器人注入了新的元素，愛。結果呢，會不會不一樣？不是說愛情的力量是最偉大的嗎？”
“呀呀呀，這到底怎麼選啊。一邊是自己的愛情，一邊是人類存亡的大義！”
“之前的救世主都選擇救人類，這一次.....”
這一次....
正如架構師看穿尼奧一樣，尼奧的腦袋裡産生一系列化學反應，産生了一系列電訊號，最後生成一種可以壓倒邏輯和理性的情緒。
簡而言之，尼奧被愛情沖昏了頭腦。
所以最後，他選擇了左邊的門，選擇了通往矩陣可以尋找安妮而不是通往源頭可以拯救人類的門。
而且，在安妮即將砸落在車頂的瞬間，尼奧從天飛過，如同超人一般，將安妮救起。
最後，尼奧挽救了自己的愛情。
但是，人類呢？
他沒有回到源頭，這樣一來，系統的崩潰會殺死所有與矩陣連結的人，而現實世界，機器人大軍也會滅掉錫安。
這樣一來，人類這個物種就真的滅絕了。
而且死無葬身之地！
之後，尼奧和安妮回到現實世界。剛一回來，屁股還沒坐熱，機器人大軍就找到他們的飛船，並將其摧毀。
逃亡時，尼奧卻是無意中感受到在現實世界裡，自己也擁有著控制程式的力量。
所以，他一招手，無數機器人彷彿系統出故障一般，倒地不起。
但尼奧自己也暈厥了過去，不知道剛才那一招消耗了他太多的精神力，還是他作為系統的bug，自身出了故障。
電影的最後一幕，尼奧被趕來救援的飛船帶走，在一張病床上，尼奧閉著眼睛，昏迷不醒。
在他的旁邊，同樣躺在病床上，那個被雨果侵蝕，並來到現實世界的複制體卻是悄然動了一下手指。
至此，第二部 結束。
矩陣的奧秘被揭曉，但是人類這個物種卻是處於被滅絕的境地。
高潮，依然還未完結！
