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在虛擬的世界，主角等人的天敵是雨果這幾個監控程式。在真實的世界，眾人的敵人是機器人。
對付機器人，飛船上只有一種殺手鐧有用，那就是電磁脈沖。
這玩意兒能使射程內所有電子系統失靈，這其中，自然包括哪些八爪魚似的機器人。
但是，最可怕的往往不是外界的敵人，而是內鬼。
墨菲斯的船員中，有一個名為塞弗的白人男子。他和主角之間有過幾個鏡頭，他開玩笑說自己當初很後悔選擇了紅色藥丸。
如果有再來一次的機會，他說自己一定會選擇藍色藥丸，然後沉浸在矩陣中，不去理會人類和機器人之間的鬥爭。
當時，觀眾們還以為他只是說著玩玩的，但沒想到這家夥是真的打算背板人類，重新作為一個電池進入矩陣之中。
......
電影過半，塞弗偷偷進入矩陣，然後和特工雨果見面。並且答應雨果，拿墨菲斯來換取他重新進入矩陣的權利。
並且，他要財富，他要地位，他要名氣，他還要忘記在真實世界的一切！
看到這裡，許多觀眾都不禁心生怒意，但是憤怒之後，充斥全身的又是無可奈何。
設身處地的想想，在殘酷的真實和美好的虛擬之中，又有多少人會選擇殘酷的真實呢？
塞弗做出了一個很正常的決定，雖然這個決定放在道德的制高點上，十分地令人可恥。
忽然，有觀眾想到了韓秋在電影前問的問題。
“你們覺得是沉迷在安穩的虛假世界裡好，還是待在殘酷的現實世界好？”
當初很多人都信誓旦旦地選擇了後者，但現在看來.......
如果憑借本心說話，還有多少人會選擇後者呢？
這是一個令人糾結至極的選擇。
......
之後，墨菲斯帶著尼奧還有船員們再次進入矩陣，去見先知：一個面目慈祥的老太太。
在這裡，尼奧見到了許多有著奇異能力的小孩子，比如，讓物體懸浮，讓勺子彎曲。放在以前，觀眾們會以為這是特異功能。但現在嘛......
在矩陣中，什麼都有可能發生。
這些，也不過是一串資料而已。
那個讓勺子彎曲的小孩子告訴尼奧，“你需要認清事實，彎曲的並不是勺子，而是你自己！”
先知則告訴尼奧，“你將做出選擇，你一隻手握著墨菲斯的命，一隻手握著自己的命，你們之中有一個會死，但選擇權，在你的手裡！”
先知不愧是先知，說的話莫名其妙，至少，很多觀眾都感覺有點似是而非。
之後，眾人準備離開矩陣時，因為塞弗的背叛，眾人遭到了追殺。原本設定好連結現實的電話線都被剪斷。
這些電話線，是他們和現實之間的出入證。一開始安妮在電話亭裡消失，就是這個原因。
最後，大戰爆發。雖然戰鬥很炫酷，槍火交戰很刺激，但結果卻是悲劇的。
墨菲斯被雨果抓走，塞弗利用自己和特工是友軍的身份，在沒進入矩陣的接線員不知道他已經背叛的情況下，他成功利用接線員的信任，先一步回到了現實世界中。
然後又用武器偷襲接線員，並在之後一一拔掉進入矩陣的船員腦後的插頭，讓他們直接當場死亡！
這就是可悲之處，沒死在防毒軟體手裡，死在了自己人的手上。
就在塞弗要把拔掉尼奧的插頭時，之前他本以為已經死去的接線員卻大難不死，倖存了下來，並且成功將他反殺！
但即便這樣，船員們除了墨菲斯和男女主角外，其他進入矩陣的人，通通都死完了。
而且，這不是最主要的。僅存的幾個人面臨著一個更大的難題。
