雖然有朱由檢的『亂』入，但朱由檢還是篤定歷史上的寧遠兵變仍然不可避免。
據史料記載，二十五日，寧遠發生兵變，譁變首先是由從四川、湖廣調來的部隊發起的，以楊正朝、張思順等為首。
他們先秘密串聯，再集中到廣武營，會盟歃血，率先兵變。接著，事態不斷擴大，影響迅速蔓延，其餘十三營起而響應。譁變的官兵湧入巡撫衙門，將遼東巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳等人，從衙門拉出來，加以捆綁，囚於譙樓。
而歷史上的寧遠兵變又是怎麼平息的呢沒錯，是袁崇煥一人平息的，其過程簡直可以拍成一部個人英雄主義電影。
第一步，袁崇煥單騎出關。袁崇煥八月初六日到達山海關，次日就馬不停蹄單騎出關，不帶隨從，馳往寧遠。這充分表現出袁督師的果斷、幹練、勇敢與俠氣。
第二步，迅馳入營。袁崇煥到寧遠後，沒有到巡撫衙門，沒有會見同僚，沒有會見朋友，也沒有了解兵變情況，而是“至寧遠未入署，即馳入營”。就是驅騎急進，直入兵營，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心為上。“宣上德意，各兵始還營伍”。袁崇煥迅速趕到兵營後，利用原來的威望與情感，安撫士兵，宣撫慰勞，使得『騷』動官兵各回營伍。
第四步，密定計劃。“崇煥與道臣郭廣秘圖”，就是袁崇煥與掌握實際情況的郭廣等秘密商量，制定計謀，採取措施。
第五步，寬宥事首。袁崇煥“召首惡楊正朝、張思順至膝前，諭以同黨能縛戎首即宥前罪之旨，令報諸逆者名，擒之贖死。二兇唯唯。”寬宥事首張正朝、張思順，先瓦解譁變官兵上層內部。
第六步，剪除“次惡”。將“次惡”田汝棟等十五人捉獲，“崇煥令郭廣當堂認識，俱當日向前首惡，即令梟示”，將他們戮於市，進行震懾。
第七步，擒叛立功。楊正朝、張思順兩位譁變的首領，因為“擒叛有功”，經奏報朝廷，將他們“發前鋒立功”。
第八步，分別處理。中軍吳國琦斬首；參將彭簪古受斥責；都司左良玉等四人被黜免；通判張世榮、推官蘇涵淳因貪虐引起譁變，受到降職斥責；總兵官朱梅解職。
第九步，獎勵祖營。都司祖大樂所率一營官兵，沒有參加譁變，受到獎勵。
第十步，奏報朝廷。袁崇煥向朝廷詳奏寧遠兵變經過、原因、處理及善後事宜，並得到崇禎皇帝的批准。
這十步走下來，袁崇煥乾淨利索、迅速漂亮地平息了這場寧遠兵變，穩定了遼東軍局勢。
而袁崇煥也是透過這一次神『操』作，充分獲得遼東軍上上下下的信賴，幾乎使得遼東軍成為袁家軍。
但是，袁崇煥這些神『操』作，大機率是和遼西將門集團聯手主導的自導自演事件，畢竟從結果來看，寧遠兵變後，袁崇煥徹底掌握遼東軍，以祖家為首的遼西將門集團，亦從朝廷獲得大量的好處，朝廷供給的遼餉，從每年五百萬飆升至八九百萬，乃至上千萬。
而代價便是整個大明都在為日益高漲的遼餉買單，朝廷財政徹底崩潰，百姓越發民不聊生，再加上西北乾旱連年，最終把偌大的大明王朝生生拖垮。
聽到朱由檢言之鑿鑿，聲稱遼東將發生兵變事件，張朝忠不由急道“陛下，關寧防線關乎京畿安危，倘若生變，建奴再趁機南下，那大明則將陷入危如累卵的境地”
朱由檢擺擺手，淡淡的道“你也無須太過擔憂，雖然近段時間以來大明各地烽火連天，但西南的奢安之『亂』已被四川巡撫朱燮元、石柱總兵秦良玉、四川總兵杜文煥、貴州巡撫王三善等人平定，不日石柱總兵秦良玉將率領一萬白桿兵前來拱衛京師。
西北方面，流賊之『亂』和秦王之『亂』亦被洪承疇、盧象升、孫傳庭、楊嗣昌等人平定，不日盧象升、孫傳庭、楊嗣昌將率領兩萬秦軍前來拱衛京師，曹變蛟和茅元儀亦將率領五千勇衛營和一萬新軍回師京城。
再加上朕帶去大同的六萬御林軍亦陸陸續續趕回京城，京城可戰精銳當有十萬以上，即使建奴打破山海關兵臨京師城下，也休想滅我大明社稷。”
不知不覺，朱由檢手裡的可戰之兵亦有十萬之眾了，這十萬大軍無疑是他掌握朝政最大的底氣。
“陛下英明神武，固然無懼建奴，可建奴當真打入京畿重地，那京畿百姓可就要遭殃了。臣願向陛下立軍令狀，此去遼東，臣一定將遼東兵變撫平，並懾服遼東軍上上下下，讓遼東軍成為對陛下忠貞不二的軍隊”張朝忠信誓旦旦的道。
朱由檢看了他一會，才搖了搖頭道“你未免太過小看遼西將門集團了，以這種心態前往遼東，朕怕你會折戟沉沙，在遼東吃一個大虧。”
“遼西將門集團”張朝忠疑『惑』的道“臣只聽說昔日遼東李氏將門起自李成梁，李成梁蓄養家丁，縱橫遼東，所向披靡，連老酋頭努爾哈赤都在李成梁門下聽用，不敢有半點違逆。
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但自李成梁故去之後，李氏一門聲勢日衰，薩爾滸之戰後，遼東李氏故舊部曲已無復存，恕臣直言，陛下口中這個所謂的遼西將門集團，臣從未聽說過。”
朱由檢回道“李氏一門固然聲勢日衰，但新進崛起的遼西將門集團卻遠比李氏危害更甚。遼西將門集團以祖氏一門為首，祖氏家主祖大壽，其父祖承訓，號雙泉，是明朝萬曆年間鎮守寧遠的援剿總兵官祖仁的次子，隨李成梁東征西伐，因抵禦蒙古騎兵作戰有功，不斷得到提拔，出任遼東副總兵。
祖大壽家學淵源，於泰昌元年為官，授職靖東營遊擊，曾被經略熊廷弼上奏表彰。天啟元年為廣寧巡撫王化貞部屬，任職中軍遊擊。
遼東軍相繼取得寧遠、寧錦兩場大捷後，祖大壽憑軍功升任遼東前軍總兵，掛徵遼前鋒將軍印，駐守錦州。
隨著祖大壽地位的迅速上升，祖氏滿門都獲封官職。祖大壽的兄弟祖大樂、祖大成、祖大弼，子侄祖澤遠、祖澤沛、祖澤盛、祖澤法、祖澤潤、祖可法等，都是上自總兵、下至副將、參將、遊擊的各級軍官，分駐寧遠、大淩河、錦州諸城。
除此之外，祖家還積極和遼西將門集團的其他將領聯姻，編織成千絲萬縷的關係，在遼東堪稱一手遮天。
如果祖家僅僅只是在遼東關起門來當土皇帝，朕還能睜一隻眼閉一隻眼，可遼西將門集團，打著遼人守遼土的名義，把那些從建奴屠刀底下逃亡而來的遼東生民，當做為自己屯田出兵的私奴。
他們畏懼建奴如虎，不敢出城與建奴野戰，但是對於那些逃亡而來的遼東生民卻從來不放在眼裡，視他們如牛羊一般，任意驅使。
這遼人守遼土本是朝廷為了鼓舞遼人，令遼人自強不息，以早日恢復遼土而推出的善政，可遼西將門集團卻倒行逆施，把朝廷的善政變為暴政。
