“這阿古茹奧特曼竟然是滅世的存在嗎？怎麼會想到消滅人類的。”
“不敢相信，這就結束了嗎？”
評論區一條條的評論，奧特曼戰士本身就是光之使者，但是阿古茹奧特曼的出現卻違背了這個理念。
然後當所有一切畫面結束的時候，螢幕上再次出現了新的場景。
但根源的破滅招來體的攻勢也逐漸加強，接踵襲來的強敵破滅魔人布里布羅茨和澤布卜，最後雖然都被擊敗，但阿古茹·奧特曼也身受重傷，地球防衛力量也受到重創。
戰鬥到了最後階段，空中基地因破滅魔人基普布和單極子生物莫奇安的襲擊而毀滅，xig的據點遷至吉歐基地，而我夢與藤宮的身份亦ig重要成員得知。“根源的破滅招來體”派出大量破滅魔蟲覆蓋地球表面，阻擋陽光，影響通訊，但故意未將報導壞訊息的新聞轉播遮蔽。
阿古茹奧特曼和蓋亞奧特曼聯手對戰魔蟲的集合體破滅魔蟲愷撒德比西，但是由於敵人數量太多而陷入苦戰。
在破滅招來體的最終兵器根源破滅天使佐格出現後，更以壓制性實力擊敗蓋亞和阿古茹，透過新聞播放轉播給全世界，以此把人類最後的希望一舉擊潰。
此時，地球怪獸卻大舉出現對付蝗蟲，我夢以地球內部的力量回復通訊，“鍊金之星”亦與xig合作，利用怪獸的能量轉化成光，使我夢與藤宮再次變回奧特曼並且得到強化，阿古茹v2聯手至高型蓋亞，殲滅了全部的破滅魔蟲，並一舉打敗根源破滅天使佐格，恢復和平。決戰之後，兩人都沒有了光的力量，我夢最後選擇回到大學繼續從事研究，而藤宮則獨自踏上了旅途。在擊敗佐格後的數年裡，不再是阿古茹的藤宮，一人四處旅行，尋找著人類和地球怪獸共存的方法。
。但由於根源破滅海神伽庫佐姆的甦醒，地球怪獸們受到影響又再次活躍。藤宮為了保護怪獸們不惜對抗軍隊，因此被遭到各國機構的通緝。
身負重傷的藤宮被神秘的金髮少女所救，傷勢也被對方的特殊能力治癒。
這個少女實際上是海底智慧生物·里納爾的化身，人類未知的存在。由於伽庫佐姆吞噬著里納爾的力量，使其種族日漸衰弱。里納爾的少女探知著藤宮對於人類和地球上其他生物共存的看法，在得知了藤宮堅定“人類會改變”的信念後，少女以自身的力量喚醒了海洋之光，讓藤宮能再次成為阿古茹奧特曼。
伽庫佐姆的黑暗遮蔽了地球，開始滅亡行動，藤宮變身為阿古茹迎戰。起初，阿古茹壓制住了破滅海神，但不久就因大量的巴伊庫赫支援海神而被打倒。
蓋亞再現後，幫助阿古茹脫離束縛，但兩人聯手也無法戰勝伽庫佐姆的強化體形態，命懸一線。危急時刻，里納爾集合全族的力量，為兩位奧特曼補充光之能源。
力量增強的阿古茹和蓋亞再度迎戰，對破滅海神展開壓制性的反攻，最終以組合技“光子方場”消滅了伽庫佐姆強化體），破滅招來體的毒手再一次被粉碎。
地球和平的若干年後，藤宮博也感受到來自其他平行宇宙的地球的呼喚，以阿古茹地球之光的力量穿越次元，來到了生命之樹所在宇宙的地球。
阿古茹剛到達，便和宇宙惡魔巴力西卜發生戰鬥，並救下了孤軍奮鬥的伽古拉。
藤宮隨後與先一步到達的我夢會合，並幫助凱和天照女王等人對付才氣博士的陰謀。對於才氣博士想要“剝奪智慧生命體的自由意志”的想法，藤宮表示理解，覺得才氣就像過去的自己，想法既是對的，也是錯的。
戰神被庫因矇蔽而被傀儡毒侵蝕，歐布也被傀儡毒折磨著。
藤宮變身為阿古茹，和蓋亞聯手迎戰庫因。在知道庫因的真正目的是徹底抹消所有生物的智慧和文明後，阿古茹奮力要幫戰神擺脫庫因的控制，但因分心而遭到暗處的巴力西卜用大招偷襲，解除了變身。
重傷的庫因和才氣融合為才庫因，面對實力更強的惡魔，飛鳥和武藏及時趕來支援，與藤宮等人會合。阿古茹、蓋亞、歐布、戴拿和高斯等五位奧特戰士聯手對戰巴力西卜軍團，形勢仍是充滿危機。
