自此以後，孫恩，威震華夏！
然而，僅僅又幾天後，劉牢之帶著三千北府兵前來鎮壓海賊，一個簡簡單單的突襲衝鋒，就直接沖垮了孫恩那亂糟糟的中軍，嚇得孫恩拔腿就跑，再次拋棄了自己的幾萬海賊大軍。
不過孫恩還是血賺，因為他透過這次襲擾，又培養出了三百個精銳海盜，讓這三百個精銳海盜坐船跟他一起跑路，其餘五萬多海賊則全部被劉牢之的三千北府兵剿滅。
此時，孫恩已經有海盜618人，加上他自己，孫家海盜團已經有619人，可謂是聲勢浩大，已經跟當初的星繁海盜團有的一拼了。
這一次，燕國趁亂運走人口十萬，燕侯嵐賞賜給孫恩一套具裝鐵甲，一匹上等的西涼馬，以及三百套輕甲。
大晉朝廷擊退了海盜，所以他們覺得自己贏了，世家趁亂強佔了無主民田，所以他們也覺得自己贏了，劉牢之劉裕等將領依靠剿滅海賊得以加官進爵，所以他們也覺得自己贏了，燕國獲得人口，也覺得自己贏了，孫恩實力越來越強，所以也覺得自己贏了。
真正的輸家，只有大晉的那些普通百姓。
又在鬱洲島休整幾個月後，孫恩再接再厲，於燕後一百九十一年秋401年）直接對建康發動進攻。
孫恩的618個海盜身經百戰，而且有四百人還穿著燕國的輕甲，孫恩本人還穿著具裝鐵甲，騎著披甲戰馬，帶著燕侯嵐私人贈送的鐵面具，已然是所向披靡。
聽聞孫恩六百大軍來襲，大晉朝廷京師震動，皇親國戚以及世家大族們紛紛躲入建康城內，並且頻繁下令北府兵的將領們趕緊去鎮壓孫恩海賊。
孫恩所到之處一如既往地分田分地，六百大軍在短短一個月時間裡就擴充到十萬人，對外號稱百萬大軍。
孫恩攻下廣陵郡，又兵臨京口，在京口與劉牢之的北府兵進行決戰。
劉牢之一萬北府兵猛衝猛打，將孫恩的十萬大軍擊垮，孫恩落荒而逃，帶著這次剛剛培養出來的新的四百個精銳海賊坐上了船隻逃離，加上之前的六百精銳海賊，孫恩的精銳海賊數量已經多達一千。
至於那十萬海賊，則再次被孫恩拋棄，他們被留在京口戰場，被劉裕一頓亂砍。
劉裕再一次身先士卒，僅僅帶著一百多個晉國小兵就衝進了十萬海賊的包圍圈，在海賊們的恐懼聲中化身戰神，一己之力殺得十萬鋤頭海賊紛紛跪在地上投降。
然而，常在河邊走，哪有不溼鞋，孫恩每次打完就跑回海上，等晉朝放鬆警惕就再次回到陸地劫掠。
本以為這樣就萬無一失，誰能知道，在幾個月後，又一次上岸襲擾晉朝時，劉牢之聽從劉裕的建議，示敵以弱，引誘孫恩孤軍深入到內地，讓孫恩遠離海洋，縱容孫恩在一路上肆意劫掠。
孫恩果然上當，孤軍深入，最後因為離大海太遠，來不及逃回海上，最終被劉裕斬殺。
禍害大晉四年的孫恩海賊終於被剿滅，而大晉的損失是不可估量的。
被燕國強行運走的人口總計多達二十萬，其中大部分都是年輕的勞動力，燕國根本不運輸老年人和小孩子，除非對方是技術人才，在戰亂中死去的百姓多達四十萬，被殺死的世家子弟多達百餘人，被俘虜的皇親國戚有七人，其中還包括兩個司馬皇族的帝女公主）。
東南沿海地區幾乎爛成一片，到處都是無人耕種的荒地，這些荒地又被世家們強佔，然後世家們又吸納北方的流民過來給自己當農奴種田。
劉牢之、劉裕二人，因為剿滅海賊有功，成為了大晉名將。
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