主要事件
坂西門下首徒
1903年的土肥原1883年8月8日，土肥原賢二出生於岡山縣的一個武士之家。其父土肥原良永曾任日本陸軍少佐，其兄土肥原鑑是日本陸軍少將。土肥原賢二14歲開始，先後在仙台地方幼年學校、東京中央幼年學校學習。
1904年10月，他以優異成績畢業於日本陸軍士官學校第16期步兵科，在校期間曾與岡村寧次、板垣徵四郎及中國軍閥閻錫山等同學，交往甚密。畢業後於同年11月被授予日本陸軍步兵少尉軍銜，並被分配到步兵第十五聯隊，不久便參加了日俄戰爭。
1905年4月，土肥原調往第49步兵聯隊，
1907年12月晉升為中尉。
土肥原進入日本培養高階軍官的陸軍大學，1912年11月，從該校24期畢業，次年年1月調到參謀本部任職。7月，土肥原便以參謀本部部員的身份被派到中國北京，晉升為大尉，擔任日本駐中國武官坂西利八郎的副官，師從坂西這個日本駐中國第二代特務頭子達五年之久，成為這個北洋七代總統的顧問最得意的弟子，他能說一口流利的中文，諳熟中國的政治、歷史及風土人情，善於交際，因而還和中國許多軍閥和政界要人建立起了微妙的個人關係，這為他從事諜報工作提供了十分便利的條件。
1918年6月，土肥原調回參謀本部，同年11月調到齊齊哈爾，任黑龍江督軍顧問。
1919年8月晉升為少佐。
1920年調到第25步兵聯隊任大隊長。參加了出兵西伯利亞行動。
1921年5月，赴歐美考察軍事。
1922年12月重返坂西公館工作。
1923年8月晉升為中佐。
1926年3月，步兵第二聯隊副。轉第三聯隊副，
1927年7月晉升為大佐，第1師團司令部任職，日本人對陸大精英有個形象的說法，叫十年人事，即只要不犯錯誤，一般十年內就可以升到大佐，土肥原賢二因為在中國待的時間太長，用了十五年才達到這個職位。
1928年3月，土肥原應聘出任奉系軍閥張作霖的顧問。主要任務是指導奉軍以日軍為典範進行訓練，以便一旦有事為日軍所用，與關東軍及奉系軍閥所轄範圍內的帝國官宦、陸軍武官等保持密切聯絡;大力蒐集奉軍所轄範圍內的有關軍事、內政、交通、財經及資源等情報。
與張作霖的恩怨
在中國期間，土肥原賢二作為“坂西公館”的實力人物，在第二次直奉戰爭中，竭盡全力援助奉系軍閥，他想方設法擾亂直係軍閥的金融系統，使其所發行的紙幣作廢，乘馮玉祥於24年10月發動北京政變，迫使吳佩孚兵退漢口之際，使奉系軍閥張作霖成為掌握北京政府的統治者。
1925年11月，奉系將領郭松齡因待遇不滿，起兵倒戈，當時奉軍主力正在關內作戰，奉天形勢危急。為了解張作霖之急，土肥原直接向日軍參謀本部建議調遣駐朝鮮龍山的日本軍隊出兵奉天，阻擊郭松齡。結果，郭松齡兵敗被殺，土肥原本以為關東軍支援張作霖會換來奉系的俯首帖耳，完全聽命於關東軍，然而，張作霖並不甘心聽命於日本人，做一個傀儡。他明白日本人在利用他，但他也是在利用日本人。他羽翼已豐，自然不會像日本人所希望的那樣對其言聽計從了。對於日本不斷提出的各種“權益要求”，他要麼設法推脫，要麼就乾脆不辦，特別是在1927年就任“中華民國陸軍大元帥”，並組織起“安國軍政府”後，他力圖擺脫日本人控制的姿態愈發明顯。張作霖這種做法使得土肥原賢二顏面掃地，因為他曾力主關東軍大力支援張作霖，並“錯誤”地判斷張會聽命於日本。
當國民革命軍以怒濤之勢北伐的時候，土肥原判定奉軍絕非民族主義強烈的革命軍的對手，土肥原擔心的是，如果北伐聯軍迫津，戰亂很有可能會波及到“滿洲”，為此，他一面急電日本參謀本部派兵阻止聯軍北上，一面對張作霖施加壓力，逼迫其儘早返回奉天。關起門來搞獨立，可張作霖大一統野心不死，對土肥原的建議置若罔聞，就是不願離開北平。事已至此，土肥原這個原本力主支援奉系的人，終於堅定了除去張作霖的決心。土肥原開始與關東軍高階參謀河本大作密謀。
1928年6月2日，面對大勢已去的局面，張作霖才不得不宣佈“退出京師”。6月4日清晨5時23分，當專列行至奉天皇姑屯火車站京奉線與南滿線鐵路交會處時，一聲巨大的爆炸聲響起，張作霖這個當時的中國國家元首就這樣被暗殺了。
但是，東北的局勢並未因皇姑屯事件引起混亂，給關東軍出兵干預的藉口。相反，由於張作相的鼎力支援，張學良迅速站穩了腳跟，因家仇而決定了易幟。日本最高當局對土肥原、河本大作等人的擅自行動，十分不滿。河本大作被開除出軍隊，土肥原則在軍部的掩護下僥倖逃脫了懲罰，只是被解除顧問職務。
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1929年3月轉任高田第30步兵聯隊聯隊長。
建立偽滿州國
1930年4月起，蔣介石同馮玉祥、閻錫山的新軍閥混土肥原賢二戰開始，張學良藉口調停，於9月18日率奉軍7萬進關，日軍為了瓦解華北張學良的勢力，
1931年3月，正式在天津設定特務機關，並任命土肥原為天津特務機關長。土肥原穿梭於舊北洋軍閥之間，拼湊所謂“北洋派大同盟”，以對抗蔣介石與張學良的聯合。
1931年7月他策動石友三與閻錫山、韓復榘結成反蔣驅張同盟，雖然並沒有成功，但卻使張學良把關內部隊增至11萬人，使東北的防務出現空虛，8月，他調任瀋陽特務機關長，製造了所謂的中村事件，煽動戰爭狂熱。土肥原在日本內閣會議上聲稱“奉天政府即便是承認這個事實，但如不表示誠意，或者玩弄拖延談判手段時，我們準備採取最大限度的報復手段。”
10天之後，日本關東軍在板垣徵四郎和石原莞爾等侵華分子的策動下，挑起了震驚中外的九一八事變。事變發生3天后，土肥原即從東京緊急返回，根據板垣徵四郎的建議，出任瀋陽市長。立即開始著手“整頓”奉天城的社會治安，建立“奉天地方自治維持會”等組織，派出約4000多名巡警上崗巡邏，加強警戒等。奉天城暫時恢復平靜後，土肥原辭去奉天市長的職務，新市長由留學日本的華人趙欣伯擔任。
對於在東北採取什麼形式的殖民統治，日本國內和關東軍內均有爭論，板垣徵四郎主張以此為契機，直接佔領東北，作為日本的領地進行統治，一舉徹底解決南北“滿洲”問題。石原莞爾認為，不宜採取此種極端做法，應充分考慮到中國的民心以及國內外形勢等，雙方意見相持不下。
1931年9月22日，關東軍參謀長三宅光治專門為此召開了一次會議。在會上，土肥原賢二提出了一個折中方案，即成立一個由日本控制、脫離中國本土的“滿蒙五族共和國”，獲得一致透過。關於這個國家的首腦，他提出利用廢居天津前清宣統帝溥儀，因為當年馮玉祥發動北京政變，趕溥儀出宮的時候，溥儀走投無路，是他親自把溥儀接到天津日本使館保護起來的，他這一舉動深得溥儀好感;同時，土肥原賢二還考慮到，讓溥儀來統治清朝的發祥地“滿洲”，更有名正言順之意。
10月25日，關東軍司令官本莊繁召見土肥原，正式授與他迎接溥儀的任務。兩天之後，土肥原親自前往天津，與蟄居於靜園的溥儀會了面，在會面中，土肥原充滿“真摯感情”地說道，“滿洲”三千萬人民民不聊生，日本人的權益和生命財產也得不到任何保障，這樣，日本才不得已而出兵。關東軍對“滿洲”絕無領土野心，只是誠心誠意地幫助“滿洲”人民建立自己的新國家，並且保證這個新國家的主權、領土將受到日本的保護。作為這個國家的元首，溥儀可以獨立自主地行使權力。最後，他抓住溥儀一心想復辟的心理，力勸溥儀不要錯過這個機會，回到祖先的發祥地，光復帝業。
11月8日，漢奸李際春等人糾集流氓、兵痞組成的便衣隊1000餘人在駐津日軍的配合支援下，不斷向中國軍警發動武裝挑釁。駐津日軍司令部立即下令斷絕日租界和外界的交通，並將溥儀駐地“靜園”封鎖起來。乘天津發生騷亂之機，溥儀於11月10日化裝秘密離開天津。趕在營口港封凍以前回到東北。接著，他於1932年1月調任哈爾濱特務機關長，為日軍佔領北滿做準備，誘降了當時最有名的抗日英雄，黑龍江省主席馬占山，使其參加了偽滿四巨頭會議，雖然馬占山不久以後又重現反正，但已經不被抗日軍民信任，黑龍江抗日軍隊各自為政，終於被少數的日軍各個擊破，被迫退入蘇聯境內。
1932年2月16、17日，所謂“建國會議”在奉天大和旅館召開，28日正式公佈“建國宣言”。同年3月，溥儀開始在新京“執政”。由土肥原一手策劃的偽滿洲國政權終於成立了。
4月，晉升為陸軍少將，調任駐廣島的第五師團步兵第九旅團旅團長。
