義和拳活動主要集中在中國華北的山東和河北，正是教案頻繁的地區。由於帝國主義政治、經濟壓迫和西方傳教士的文化侵略、情報刺探、對中國人民文化歧視以及當時中國守舊勢力利用致使民眾與教會間矛盾日益激化，義和團四處燒教會、殺教士;抵制所有外國事物和之前失敗的“洋務運動“。在義和團的積極排外下，外國人被稱為“大毛子“，一律殺無赦。中國人如信奉天主教、基督教，通被稱為“二毛子“;其他通洋學、懂洋語、以至用洋貨者，被稱“三毛子“以至“十毛子“等，。時人記載“若紙菸，若小眼鏡，甚至洋傘、洋襪，用者輒置極刑。曾有學生六人倉皇避亂，因身邊隨帶鉛筆一支，洋紙一張，途遇團匪搜出，亂刀並下，皆死非命。羅稷臣星使之弟熙祿，自河南赴津，有洋書兩箱，不忍割愛，途次被匪繫於樹下，過者輒斫，匪刀極鈍，宛轉不死，仰天大號，顧以為樂;一僕自言相從多年，主人並非二毛，亦為所殺，獨一馬伕倖免。其痛恨洋物如此。“甚至有“一家有一枚火柴，而八口同戮者“。
1897年，山東冠縣梨園屯村民與教堂因歷史上的土地糾紛引起衝突。威縣梅花拳師趙三多應村民閻書勤等的邀請，前往援助。後趙三多將梅花拳改名為義和拳。1898年6月，山東巡撫張汝梅上奏朝廷，認為義和拳本屬鄉團，建議“改拳勇為民團“。並明確說義和拳就是“義和團“，在清朝官員中首次提出了“義和團“的概念。同年10月趙三多等人在冠縣蔣家莊(今屬河北省威縣)豎起“扶清滅洋“的旗幟“起義“，遭清軍鎮壓而失敗。次年(1899年)，山東平原縣知縣蔣楷鎮壓義和團，當地義和拳首領李長水請求荏平、高唐等地的義和拳首領朱紅燈支援，朱紅燈在槓子李莊整齊隊伍正式豎起了“天下義和拳興清滅洋“旗幟。10月11日，蔣楷率領勇役數十人前來鎮壓，被義和拳打敗。這次事件後來被稱為“平原起義“。後來清廷加派袁世敦等人前來鎮壓，在森羅殿戰鬥中擊敗義和拳。其後清軍遊擊馬金敘活捉義和拳首領朱紅燈、心誠和尚等人。當時的山東巡撫是毓賢，他仇視外國侵略者，對民眾反洋教鬥爭比較同情。他罷免了蔣楷、袁世敦等，對義和拳採取剿撫兼施，以撫為主的措施，有說法指出正是毓賢改拳為團，還向朝廷上奏將民教矛盾的責任歸結於教會一方。其態度遭到外國敵視，在列強交涉下毓賢被革去職務。但毓賢對義和拳也進行了鎮壓，在其離職前下令將朱紅燈、心誠和尚、於清水等義和團首領殺害。1899年12月，袁世凱代替毓賢署理山東巡撫。
1899年，袁世凱在濟南就任山東巡撫後，對義和團始終持敵對態度，在其任山東巡撫後嚴格限制義和團的活動，並從1900年6月開始鎮壓復起的義和團。在山東遭遇不利情況後，義和團開始向直隸等地轉移。清政府嚴禁義和團，先後派出多批軍隊參與鎮壓。1900年5月12日，淶水縣高洛村發生教案，練軍分統楊福同前往彈壓。5月22日，數千義和團在石亭設伏擊斃楊福同，被稱為“淶水大捷“。這次戕官事件使清廷大為震驚。隨後的1900年5月27日，直隸中部蘆保鐵路沿線約3萬義和團佔據了涿州城，知州龔蔭培無計可施，便絕食坐以待斃，這是義和團佔據和控制的第一個州城。在此之後，清政府又派出聶士成等參與鎮壓，與義和團多次交戰。但此時直隸地區的義和團運動已呈現出“誅不勝誅“的局面。
1899年冬，山東肥城發生英國聖公會傳教士卜克斯被殺案件，在西方各國連續抗議後，毓賢被清廷免職。新任巡撫袁世凱帶領北洋新軍在山東大力鎮壓義和團。毓賢離職後到北京覲見慈禧太后，向她提出招安義和團;之後獲得調任山西巡撫(他在後來的任期內先後親自下令誘殺、捕殺了超過150名傳教士和他們的家眷，參見中華書局1983年版《中國近代史》)。戊戌政變後完全控制朝廷的慈禧，對西方反對她廢黜光緒感到十分不滿。
1900年1月，慈禧不顧西方外交人員的抗議，釋出維護義和團的詔令。直隸總督裕祿於是由本來剿滅義和團，轉變成扶助義和團。除了向團民發放餉銀外，裕祿還邀請義和團的首領大師兄到天津開壇聚眾。於是山東的拳民湧入直隸。由天津至涿州、保定都有拳民起壇請神、燒教堂、殺洋人、殺清軍、併到處毀壞鐵路及電線杆等洋物。涿州知府更被三萬名拳民佔據。慈禧派軍機大臣協辦大學士剛毅和順天府尹趙舒翹到涿州調查。結果剛毅回京後，向慈禧報告“拳民忠貞，神術可用“。朝中莊親王載勳、端郡王載漪、輔國公載瀾亦主撫義和團，向洋人開戰。
1900年5月28日，英國全權公使竇納樂(caude axe acdonad 有感使館區有危險，要求泊在大沽附近的17艘外國戰船增援。337名外國水手及陸戰隊員在1900年5月31日登岸，乘火車於當晚抵京，防衛使館區另外89名德國及奧國陸戰隊員在1900年6月3日抵京。
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1900年6月9日，慈禧調董福祥的武衛後軍進城，駐紮在天壇和先農壇附近。董軍中不少士兵參加了義和團。
1900年6月10日，端郡王載漪出任總理各國事務衙門大臣。義和團拳民於同時開始大舉入京。最多時北京的拳民超過十萬。是日起，北京外國使館對外通訊斷絕。
1900年6月11日，日本駐華使館書記杉山彬被剛調入京的清兵甘軍所殺，被開腹剖心。駐天津的各國領使組織二千人的聯軍，由英國的海軍司令西摩爾(edard seyour)帶領，乘火車增援北京十一國公使館。因為鐵路被拳民破壞，西摩爾受阻於天津城外的楊村、廊坊一帶，與清兵及義和團展開戰鬥不利，退回城中，致使第一次試圖解除清兵和義和拳民對公使館的圍困失敗。該戰事是一次抗擊外敵的重大勝利，並被命名為“廊坊大捷“。
1900年6月13日，義和團進入內城，當天燒燬孝順衚衕亞斯立堂、雙旗竿(今外交部街西口外)倫敦會、八面槽(王府井)天主教東堂、燈市口公理會、東四五條西口的美國福音堂、交道口二條長老會、鼓樓西鴉兒衚衕長老會、西直門內天主教西堂、西四羊肉衚衕基督教堂、石駙馬橋安立甘會、宣武門內天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入(有42名法兵佔據)天主教北堂，2000多名基督教徒逃入東交民巷的使館區。拳民在北京放火燒掉教堂和一切與西洋有關的事物。
1900年6月15日，軍機處曾一度傳旨，令在任兩廣總督的李鴻章，及山東巡撫袁世凱速入京。
1900年6月16日，前門一帶約千家(一說四千家)商鋪因老德記西藥房大火而被燒成廢墟，正陽門樓、北京24家鑄銀廠也遭燒燬。拳民同時四處破壞教堂攻擊教民，莊王府前大院被當成集體大屠殺的刑場。除了屠殺教民外，義和團更濫殺無辜，誣指許多市民(包括許多婦女小童)為白蓮教而燒死戮死，如據當時目擊者記載“鄉民適趨市集，七十餘人悉縶以來;偽飾優伶冠服兒童戲物，指為白蓮教;下刑部一夕，未訊供，駢斬西市。有婦人寧家，亦陷其中，雜誅之，兒猶在抱也“;也有被公報私仇而殺者，如扶持義和團的莊親王載勳、端郡王載漪的好友副都統神機營翼長慶恆一家大小十三口因被尋仇於七月初被全部殺害。而義和團民的不同派別也互相武鬥殘殺。義和團、京師禁軍和甘軍也肆意姦殺婦女，不計其數。除了屠殺姦淫外，義和團及清軍也擄掠洗劫商戶平民，並將贓物公開拍賣。當時的權貴之家也不能倖免，如吏部尚書孫家鼐、大學士徐桐的家都被搶掠，徐桐(時年八十)更被義和團民拖出批鬥。是日慈禧召開御前會議後，一度發出勒令解散拳民的上諭。
1900年6月17日，聯軍攻佔大沽口炮臺。慈禧收到此訊息的同時，得到虛假情報，以為外國的要求她歸政於光緒。慈禧態度作出一百八十度轉變，轉為支援義和團及向洋人開戰。命剛毅、載漪、載勳、載濂、載瀾統領義和團，載勳任步軍統領九門提督。
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