在奏疏中，他無認罪覺悟，為與滿洲議和一事辯解。
首先陳述兩年來國家內外交困的種種情形，直言是奉旨派馬紹愉出關議和，雖然出發點是為了祖宗江山，但恐朝臣大肆張揚，崇禎命他秘密進行，原打算事成之後，再舉朝宣佈。如今既已經事洩，不妨就此說明原委：今日救國之計，不議和不能對外，也不能安內，舍此別無良策。
崇禎大怒，破口大罵：“該殺！”
其實他也知道陳新甲說的沒錯，但是奏疏中的奉旨議和四字，是他的大忌，於是又下一道手諭，責備陳新甲違旨議和，還試圖讓陳新甲領悟，引罪自責。
陳新甲卻是更加相信崇禎要殺他，索性橫下一條心，又上一封奏疏，不惟不引罪，還具體地指出了崇禎密喻的時間和內容，將崇禎給他的各次密詔披露無遺，他認為這封奏疏將使崇禎無言自解，為自己洗脫罪名。
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崇禎也不是吃素的，意識到自己下的手詔，陳新甲在看過後分明沒有遵旨燒燬，應該仍藏在陳新甲家中，他一方面下詔，將陳新甲逮捕下獄，交刑部從嚴議罪。
另一方面，命吳孟明率領錦衣衛將陳家包圍，嚴密搜查，宮中的手諭，一概抄出，馬上密封，倘有片紙留傳在外，或有人膽敢偷看，從嚴治罪！
吳孟明害怕查抄不全，被崇禎疑心，惹禍上身，又擔心曹化淳嫉妒，於是懇求崇禎命曹化淳一同前去，崇禎也有點不放心，同意了吳孟明的要求。
當夜二更，曹化淳和吳孟明帶領人馬闖入陳宅，將陳新甲的妻妾、兒子和重要奴僕全數拘捕，逼他們道出收藏重要文書的地方，果然，在一口雕花樟木箱子裡找到了全部密詔。
二人嚴密封好，連夜送往宮中。
崇禎支開二人和宮女太監，一封封撿看，心裡悔恨交加，這的確是他的手跡，沒想到陳新甲竟然還留了一手，簡直是用心險惡！
接下來的一段日子，以首輔周延儒為首的諸多朝臣，上疏救陳新甲，畢竟局勢已經爛到了極點，不僅對滿洲無任何良策，中原又快速淪限，值此國難之際，中樞易人，已經很為失計，倘再殺掉陳新甲，會使知兵的大臣從此寒心，視兵部為危途。
而且明眼人都能看出，對滿洲和議是出自上意，陳新甲只是秉旨辦事，隨著局勢的全面惡化，很多人認清了國家將亡的現實，連國都要沒了，還談何氣節，已經不再認為和議是喪權辱國，倘若崇禎對陳新甲從輕發落，雖然仍會有言官上疏爭論，卻也左右不了大局。
只是崇禎痛恨陳新甲在疏奏中的奉旨行事，雖然奏疏被留中，可以銷燬，可是讓陳新甲活下去，就形同於預設了陳新甲確是遵照密旨行事，同時陳新甲還有可能道出事件的曲折經過，所以在朝議時，多數要救陳新甲時，崇禎反而決心殺陳新甲，此人留不得。
雖然刑部已經三次將定讞呈給崇禎，都沒有定為死罪，按照《大明律》，不管如何加重處罪，陳新甲都沒有可死之款，崇禎急了，將首輔周延儒、刑部尚書和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召進乾清宮，地上跪了一片。
崇禎厲聲問道：“朕原叫刑部議陳新甲之罪，因見議罪過輕，才叫三法司會審，不料你們仍舊量刑過輕，顯然是互為朋比，共謀包庇陳新甲，置祖宗大法於不顧，三法司大臣如此姑息養奸，難道以為朕不能治爾等之罪？”
刑部尚書戰慄說：“請陛下息怒，臣等謹按《大明律》，本兵親自丟失重要城寨者可斬，而陳新甲無此罪，故臣等無法為陳新甲擬罪。”
崇禎大怒道：“胡說！陳新甲他罪姑且不論，他連失洛陽、襄陽，福王生死不明，襄王等親藩六王被賊人殺害，難道不更甚於失陷城寨麼？為何斬不得？”
左都御史辯說：“雖然宗室諸多連遭不測，但非本兵直接過錯，還望皇上乞憐……”
崇禎沒耐心聽下去，將御案一拍，哼道：“不許爾等再為陳新甲乞饒，速下去按兩次失陷藩封議罪，下去！”
首輔周延儒跪下道：“請陛下息怒，按律，敵兵不薄城，不至斬本兵……”
崇禎打斷道：“連陷七親藩，不甚於敵兵薄城？先生勿言！”
三法司大臣叩頭退出，重新商議，雖然他們知崇禎決心要殺陳新甲，卻仍希望有回心轉意時侯，於是把陳新甲定為斬監”，呈報崇禎欽批，崇禎提起硃筆，批了立決二字。
京師臣民聞知此事，輿論譁然，但沒有人敢將真正的輿論傳進宮中，於次日午日三刻，陳新甲於西市就斬，三日後，陳新甲被斬的訊息傳到了臨清。
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