接下來的畫面是在基地中，9s前往2b的房間，協助對方恢復了各項功能。
二人相互介紹了一下，前往指揮中心領了任務後，便一起駕駛機甲飛向廢墟都市。
後面的劇情也都大致一樣：前往反抗軍的營地，領取任務後，去沙漠中調查，遇到一個逃跑的機械兵。
只不過，中途多了一段動畫，介紹機械生命體遇到火山爆發後，突然找到了活下去的意義。
然後是進入沙漠中的城市，遇到大群模仿人類的機械兵，它們組合成巢，孕育出一個銀髮的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛後，它再次復甦，引起建築物崩塌，迫使2b和9s逃離。
接下來的目的地是遊樂場，中途又多了兩段畫面。
第一段中，2b的pot042要求9s的pot153開啟許可權，傳輸戰鬥資料；
第二段則是延續了火山爆發的動畫，講述機械生命體們找到了寶物感情，並且每個人都產生了不同的感情。
然後是在遊樂園中探險和搜尋，與前面的劇情一致。
在和頭目舞姬戰鬥時，又出現了一段新內容：
當舞姬還是“矮醜”的機器人時，試圖贏得一個高大帥氣機器人青睞，結果遭到了拒絕。
它發誓自己會裝上很多飾品，讓自己變得更漂亮。
當9s消滅了舞姬後，又觸發了新的記憶：
舞姬變漂亮後，再去找那個帥機器人，乞求對方的喜歡。
“她”為了變美，付出了無數艱辛，只要有一絲可能，都會去嘗試。
“但他還是不喜歡我……”
“不管我做什麼，他都不喜歡我……”
最後，“她”意識到，自己付出的一切，都是白費的，毫無意義。
在尖嘯聲中，舞姬爆炸成一團火焰。
這時候，上官言明白了二週目使用9s的意義：
他可以黑入機械生命體的系統，自然也能感受到對方的記憶和思想。
這些東西慢慢影響了他，讓他意識到，自己的敵人並不只是冷冰冰的機械。
接下來，二人跟隨代表和平的機器人一起，前往村莊裡面。
此時又多了一段畫面：
亞當和夏娃正坐著曬太陽，夏娃很奇怪為什麼要穿褲子和吃蘋果。
亞當解釋說這是人類的行為，他們要儘量活得像人類一樣。
夏娃很聽哥哥的話，認真地執行了對方的話。
另一邊，2b和9s從村莊回去，解決了巨型機械兵器後，遇到它自爆炸出一個大坑。
