沒想到，教祖此時卻忽然歸西。
在場的所有信徒們都以為教祖成神了，它們著了魔似的宣傳成神的方法，打算帶上2b和帕斯卡爾一起歸西。
她倆只得進行反抗，伺機逃跑。
後面還遇到了一臺由9s控制的機械兵，他會幫忙入侵工廠的系統，協助二人逃脫。
廢棄工廠裡面的地圖極大，2b和帕斯卡爾跑了好久，才到達一個倉庫中。
在這裡遇見了關卡頭目——一個巨型蜘蛛機器人。
幹掉它之後，二人搭乘電梯前往工廠出口。
路上看見了不少信徒跳入冶煉爐內——它們認為這是成神的儀式。
此時，劇情切換到另一邊：
人造人夏娃得知“他”的哥哥亞當逝世後，憤怒地要殺光地球上所有生命體。
而且，“他”的一半身體開始被感染變黑。
2b和帕斯卡爾衝出工廠後，接到阿妮摩尼的通訊：
營地突然間遭受了大量機械兵的襲擊，需要支援。
2b趕過去後，驚訝地發現，機械兵在吃人工智慧機器人。
她清理了營地中的機械兵後，和阿妮摩尼對接上，此時大地開始顫抖。
一臺巨型蜘蛛機器生命體再次出現。
這次的它比起在工廠中，要更加強大。
2b正陷入苦戰的時候，9s及時趕到，駕駛機甲擊穿了目標。
這時候，夏娃從“蜘蛛”中跳出來，而且利用“蜘蛛”的殘骸，加上其他機械兵，組成了一個球狀的怪物。
幹掉這個怪物後，地上的殘骸中卻沒發現夏娃的蹤跡。
與此同時，帕斯卡爾發來通訊，表示村莊受到了機械兵的襲擊。
2b和9s一路殺到村莊的閘門處，遇到了一條金屬殘骸組成的“巨蛇”。
解決掉“巨蛇”後，二人遇到了帕斯卡爾。
原來，所有連線在網路上的機械生命體都失控了。
一切的元兇，就是那個叫做“夏娃”的人造人。
必須要把它消滅掉才行。
他們再次找到夏娃時，對方已經全身變成黑色，徹底被感染。
在最終的決戰中，9s會嘗試黑進夏娃的系統，暫停它的行動。
2b則負責正面戰場的牽制和輸出。
在他倆的配合下，最終斬殺了夏娃。
