在原版電影中，軍方或者說軍方支援的原始碼專案是僅次於炸彈客的第二大反派。
而在最後快結尾的劇情中，甚至隱隱有暗示設計出原始碼的博士也許才是最大boss，他甚至期望會發生更多恐怖襲擊，這才能有原始碼專案更大的發揮餘地。
在原始碼專案負責人看來，男主純粹是個工具人，在執行完追蹤炸彈客的任務後，還想刪除男主的記憶，讓他在之後的任務中繼續發光發熱。
最終是男主說服了女軍官，讓她冒著上軍事法庭的風險違反上級命令，使男主角在現實世界中殘存的身體陷入死亡的安眠，男主的意識也因此能在原始碼創造的平行世界中獲得自由。
很顯然把軍方或者至少是與軍方有密切聯絡的原始碼專案設定成反派在漢化版是絕對行不通的。
所以最後那一段女軍官不惜抗命，給予男主角肉體死亡的劇情是不得不刪掉的。
其實陳景行發自內心的認為刪掉更好，素未謀面的女軍官為了男主角，不惜上軍事法庭也要違抗命令，動機太過牽強，你對別的國家發動戰爭的時候也沒見有聖母來抗命啊，這個設定太過違和。
不是不能大發善心，但原版電影鋪墊顯然是不足的。
在陳景行拍的這一版本中，共和國軍方與男主角自始至終都是站在同一立場的。
在最開始之所以女軍官對男主語焉不詳，迴避問題，不願透露真相，是怕男主意識到自己已經死亡後，影響到他的大腦機能，進而讓原始碼的執行出現問題。
而隨著男主情緒的不穩定，和在原始碼世界中逐漸接近真相後，女軍官請示上級後還是把一切真相向男主和盤托出了。
而軍方也沒有抹除男主記憶，讓其繼續當工具人的想法，畢竟男主是空軍飛行員，因一次訓練墜機身亡，已經被追贈為烈士，如果不是實在走投無路且關乎百萬民眾生命安全，軍方其實是不願意啟動原始碼讓烈士不得安息的。
毫無疑問，這樣改的話會讓電影在後期少了一些矛盾衝突。
那麼矛盾衝突就要在別的地方補回來。
陳景行在與編劇小組討論後，決定要從恐怖組織身上把矛盾衝突補回來。
這個恐怖組織叫什麼？在哪裡？通通留白。
只設定該組織最終執行這起連環恐怖襲擊的成員共有三人。
而且三人都在這輛列車上，等待著最終死亡的降臨。
這樣一來，男主角在原始碼世界中追捕真兇的過程將會分成三段戲，也會產生三倍於原版的衝突。
當男主自以為抓到在列車上放置炸彈的真兇後，這個真兇透露自己只是恐怖組織的其中一個成員，他只負責放置炸彈，但如何停止列車上炸彈的倒計時他並不知道，而且列車上還有其他的成員，他們之間有不同分工，但從來沒見過彼此。
這個訊息讓男主及背後的軍方都極為震驚，在軍方的配合下，男主又在列車上找到了第二個恐怖組織成員，在逼問下，此人說出了停止列車炸彈倒計時的密碼，但他只負責給列車炸彈設定倒計時，城市中的放射性爆炸裝置並不是他放置的，那顆炸彈的詳細資訊只有組織內在列車上的第三個人才知道。
而且這第三個人正是他的上線，也是整個恐怖事件的策劃負責人。
隨後男主在偶然的機會下突然發現到了真相，原來他意識附身的這個歷史老師就是最大boss，他自己就是恐怖組織在這輛列車上的第三個人！
原來我才是真兇！
這個反轉引發的戲劇矛盾足夠填補原版中主角與軍方之間的衝突劇情，且綽綽有餘。
但是這具身體的意識已死，剩餘的只是男主降臨在原始碼世界中的肉身而已，同時他也不知道這具身體手機的密碼，無法在手機中找出什麼蛛絲馬跡，即便下車去找維修店破解密碼，也不是八分鐘內能搞定的事情。
這讓整個事件變成了徹底的死結，軍方也陷入了絕望，男主讓軍方再給他一次機會。
