回到堡壘，指揮官突然一反常態，向這次進攻的所有人辦法獎章，尤其是9s，一個鑽石獎章。但是9s怎麼感覺，自己被騙了，航母在他們離開後，被上帝之杖摧毀。很多疑問都沉入深海中。
機械生命體遭到大規模攻擊，受損嚴重。因為寄葉部隊損失也很嚴重，恢複戰鬥力還需要很長時間。突然進入了和平年代。但是這一件事情，損失太大了。
而且指揮官決定趁這個時候，殺掉剩下的夏娃。因為聖徒部隊背地裡做了手腳，2b和9s已經被安裝斯巴達之子系統，戰鬥能力異常強悍。他們兩人尋找夏娃，而且夏娃位置很好找到，就在那個平臺上，他也沒有隱藏。
2b和9s殺掉了夏娃，所有機械生命體失去控制，開始散開。他們勝利了？
回到堡壘，還沒有慶祝，病毒就開始攻擊了，夏娃臨死前說你們是不會勝利的，一起下地獄吧。除了指揮官和2b9s，外所有人做人被感染，三人找到了繳獲的那些武器。使用這些武器打到了機庫，但是隻有兩架了。指揮官這個時候被病毒感染，讓剩下的兩人離開。
堡壘被炸掉，2b和9s回到地區。回到抵抗軍基地，說了這件事情，現在已經兩敗俱傷了。
然而，還沒有結束，機械生命體的塔從地面中出來，準備轟擊月球的人類基地。抵抗軍也是損失慘重，無法派出軍隊了，只能2b和9s了。隨行的還有雙子，她們為了幫助兩人，犧牲了自己。
2b和9s一路殺進了控制中心，摧毀了塔，兩人發現了很多資料。原來寄葉部隊的本質就是被毀滅，堡壘也沒有被炸毀，一切都是幻覺。未來會有更多的寄葉部隊過來處刑他們。所以也沒有什麼留戀了。
愛麗絲來到沙漠中的，找到了2b和9s屍體，找到了補給品，複活了兩人。但是愛麗絲是路西法的妹妹，對於之前的事情懷恨在心，殺掉了9s，但是又複活了9s。仇恨也就解掉了。9s不敢還手，他回想當時的事情，自己被仇恨矇蔽雙眼。
回到抵抗軍基地，他們暫時住在這裡。幫助抵抗軍基地重建。
再一次任務是，他們來到了懸崖邊，發現了英雄的墳墓。從這裡留下的一些資料看，這個英雄有很多故事，加上2b深處的記憶被喚醒，一個地點出現。決定去那裡看一看。
追隨英雄的足跡，找打了一個廢棄工廠，這裡的機械生命體擁有了自己的意識，因為伺服器的強制讓他們離線，所以成了這個樣子。
在地下，是一個生産線，不少機械生命體的屍體被切開，拿出了裡面的核心，居然就是寄葉部隊的核心。裡面還有一份資料，是英雄留下來的，她的樣貌和2b很像。資料中就是寄葉部隊製造的過程。
還有2b的資料就是用英雄的資料建立的，所以才會有英雄的記憶。
回到抵抗軍基地，他們接到任務，護送航母進入抵抗軍基地的港口。登上航母之後，才知道，航母的戰鬥配置，換成聖徒部隊，那點進攻的寄葉部隊，塞牙縫都不夠。中計了……
一批新的寄葉部隊來到抵抗軍基地，開始了任務，她們發現了2b和9s，開始追殺兩人。這個時候，愛麗絲給了他們一條活路，去海邊，有一艘聖徒部隊執行任務時留下的快艇，駕駛快艇前往一個地方。
即使快艇，在海上航行。這個時候聖徒部隊的航母出現，把三人接上來。所有人都在，包括指揮官，還有很多曾經的寄葉部隊成員。
路西法向9s和2b講解了全部的計劃，才知道，航母是假的。為的就是引出機械生命體最後掌管者。所以，計劃計劃才剛剛開始。
在希望之都一個教堂中，9s把那個鑽戒待在2b手指上，一場很普通的婚禮。
9s和2b接受訓練，成為聖徒部隊一員。
接下來的任務，他們進攻堡壘，並且佔領了那裡。跟蹤到控制訊號，就是在阿拉斯加腹地。聖徒部隊開始集結，全面進攻阿拉斯加的基地。
那裡的方舟軍隊依然是機械生命體，面對聖徒部隊沒有任何實力。
路西法看見了一個身影，就去追。隨著人影，找到了中心伺服器，命令轟炸機轟炸之一片地區，這裡已經距離基地很遠了。轟炸機投擲鑽地彈，炸毀了伺服器。路西法受傷，但是沒有死亡。
那個身影出現，原來是安妮。她說出一切的經過，原來這是世界的一切都是她親自導演的。
路西法曾經也是一個人類。
路西法選擇隱藏這個答案，和安妮回到地面，天空中大量的飛機飛過，地面還有很多的軍隊過來。他們勝利了。一些軍隊撤離這裡，剩下的軍隊清理基地。
回到航母上面，勝利了，但是路西法感覺一切都沒有結束。
最後的後續，表演結束了，導演喊卡。原來這些都是一場電視劇，大家在這裡慶祝圓滿完成。
最後的字幕演員表什麼的，還有鳴謝。
end
