西域的戰事結束之後，便需要建設和恢複，還有分配各方的利益。
孫可望將希瓦汗國的牧場，分給了小玉茲，而小玉茲則在烏拉爾河流域，劃出大塊的牧場，讓給準格爾部修養生息，作為防禦羅剎的前哨。
伏爾加河畔遊牧的數萬土爾扈特部蒙古，則被遷到天山北麓，準格爾盆地西面的夷播海巴爾喀什湖和伊犁河）附近，阻止羅剎人從北面南下，同時也防備還沒有臣服於金國的輝特蒙古。
在利益分配之後，孫可望將安西王府，從閉塞的莎車遷至龜茲，西域都護府也設此處，並向長安上奏章，請求遷徒一千富戶到龜茲，以便於龜茲能迅速成長為一座重城。
除此之外，孫可望請設安西四鎮，設安西四將軍，並為四將討要一定的便宜之權。
因為西域不比漢地，四周都是異族，所以軍事政事，都得由鎮將說的算，並給予他們一定的特權，不能像對關中的軍隊和將領一樣限制他們。
這四鎮，孫可望也已經想好，於昆侖山北麓的于闐設一鎮，命一人為總兵官，防備烏斯藏；於河西走廊的出口哈密設一鎮，保證西域與關中的聯系；於天山北麓故唐北庭都護府舊址，重建庭州，設一鎮控制準格爾盆地，方便與蒙古貿易；於熱海之西，俱蘭城之東，重建碎葉城，設一鎮控制三部玉茲和準格爾部。
如果這四鎮能夠建立起來，那金國對於西域的控制，就不是名義上的控制，而是確確實實的建立起了一套軍事和行政體系來控制西域和中亞地區。
與此同時，對於臣服的部落和藩國，孫可望也做出了一些規定，並達成一些共識。
這其中最關鍵的一條，也是符合所有人利益的一條，就是保護絲路。
絲綢之路漫長，金國沒有實力保護，所以孫可望將絲路劃分成幾段，每個藩屬或是貿易同盟境內各一段，稅率根據道路的長短等因數來規定，收多少稅需要由安西都督府和各國商議之後，該段絲路的控制國才能收稅。
每一段絲綢之路，安西都護府只給一家徵稅的權力，但這一家徵稅之後，便有義務來維持絲綢之路的通暢，打擊沿途的盜匪。
如果不能勝任，則由安西都護府出兵幫助解決，但出兵的費用和糧草，須要從該段絲綢之路的關稅上扣去。
這樣一來，各藩屬和貿易聯盟國，為了保正能夠收取關稅，便只能盡力維護商路的通暢。
之前，金國的貨物，從關中到西域，再到中亞經過撒馬爾罕入莫臥兒北部，因為沿途部落打劫，或者是各地亂收關稅，徵重稅，讓一匹上好的棉布，中途稅錢就要兩三兩，但現在可能過路稅便只要一兩，或者更少了。
如此商路安全，加上稅制健全之後，防止亂收稅增加運送成本，那金國貨物的競爭能力，就會大大提高，能運送到更遠的地方，而商路通暢，關稅統一規定之後，商道上的商人和貨物也會增多，對於沿途各個勢力而言，收入可能不比之前少，甚至還會多一些。
當然，如果有些國家，見商人和貨物多了之後，起了貪心，硬是要多徵稅，不按金國的規矩來，那金國就只能發兵攻打，武力解決了。
這一次孫可望的內政能力，再一次體現出來，他的目標和意圖十分明顯，執行能力也很強。
設四鎮是保證金國的武力威脅，能夠震懾西域，給予軍事上的保證，讓西域有個安穩的環境，而對於絲綢之路的規劃，則是把西域各部用利益串聯起來。
他是一手大棒，一手拿糖，用利益將各部擰在一起。
在孫可望力圖在西域建設一套完整的行政和統治體系，規劃他的商路之時，明朝則迎來了又一次秋闈。
