沒有人知道被被薩格拉斯的黑暗領域吞噬的忍者們經歷了什麼。
只知道被吞噬的這些人再也沒能回來。
包括那一百多名和薩格拉斯交戰的影級強者。
除了二代火影，四代火影，宇智波帶土等少數掌握時空忍術的忍者見狀不對帶著少數人撤離外，二十多萬忍者聯軍無一倖免。
影級戰力更是幾乎全軍覆沒，就連化身六道仙人的長門也沒能逃出。
倖存的人逃回大本營。此戰過後，魔神薩格拉斯銷聲匿跡，派出麾下十八魔將，率領燃燒軍團開始全面進攻忍界大陸。
燃燒軍團所經之處生靈塗炭，寸草不生，摧枯拉朽般摧毀人類的抵抗。
失去了高階戰力的人類節節敗退，只能開始逃難，紛紛湧向大陸西南部，遠離鬼之國所在。
這時候，雪之國站了出來，帶頭組建人類反抗軍。在各忍村精英忍者損失嚴重的情況下，依靠高科技的雪之國儼然成為了忍界第一軍事強國。面對洪水般海量魔物大軍，雪之國將所有民眾集中到風花城，啟動了雪之國的最後底牌——風花城在轟鳴中脫離了地面，變成了一座浮空城，帶著全國人民撤退到了木葉村附近。
面對生死存亡的危機，忍界剩餘的領袖們聚集在一起，經過激烈爭論透過了一項決議。為了徹底凝聚所有人類的力量，取消國別，所有國家合併在一起，組成聯邦，不再區分你我。
新生的國家名叫明之國，寓意著黎明、明天和人類的未來。忍者們不再有門戶之分，萬眾一心為了人類的存亡而戰。
新國家的體制也改成了選舉議會制，宣告者封建君主時代徹底成為歷史。
敵強我弱，人類主動收縮防禦，將民眾集中搬遷到氣候溫暖、土地肥沃的火之國。明之國以木葉村為中心，在周圍依靠險要地勢建築了三重陣線，數十個要塞，新生的國家面積只有火之國的三分之一，但藉助雪之國提供的發達的農業科技，完全可以養活整個忍界的人類。
人類將自己所有力量擰成一股繩，下定決心抵抗到最後一刻。
“歡迎收看今天的新聞聯播，最新訊息，科技部正式攻克克隆人技術難關，量産型克隆人將為人類與魔物戰爭中的重要力量。”
“農業部技術人員成功改良木遁，實現水稻、小麥等主要糧食作物每月一熟，饑荒將徹底成為歷史。”
“著名科學家，科技部部長大蛇丸及其團隊正式攻克仙人體改造難題，仙人體改造成功率高達99.9。據悉，進行仙人體改造後，普通士兵將獲得相當於上忍的戰鬥力。”
“喜報！軍事科技再獲重大突破，我國科學家根據禁忌忍術穢土轉生原理成功開發了遠端意識操控裝置，可以講使用者意識載入克隆體內，極大降低了士兵的傷亡率。”
“願巖隱村長老千代教授團隊取得研究突破，基於尾獸和傀儡術成功發明瞭尾獸強殖裝甲，據悉，該裝備已在反抗軍普及，裝備了該裝甲計程車兵將具備類似人柱力的超高機動力、防禦力和查克拉，極大增強了士兵的戰鬥力。”
隨著新國家的成立，整合了各方資源後，以原雪之國科技儲備為核心的科技爆發出巨大潛能，各種新式武器，新式技術不斷湧現，增強著人類的實力。漸漸地，人類在魔物的圍攻下站穩腳跟，新生的人類王國頑強的生存下來與魔物僵持。
出人意料的是，自從那一場大戰後薩格拉斯就再也沒有出現。
佔領了忍者大陸90的領土後，薩格拉斯麾下的十八魔將也消失隱匿了，只剩大量魔物遊蕩在野外，不時會出現魔物潮沖擊人類居住地。但是卻再也沒有組織進攻。
人類不知道這是怎麼回事，，但人類不敢鬆懈，因為他們知道只要薩格拉斯一天沒有被消滅，人類就還活在毀滅的邊緣。
這奇怪的情況讓人類高層很不安，明知道薩格拉斯也許在醞釀某種可怕的陰謀，但是他們卻無力阻止。
無計可施的人類只能默默積蓄力量，休養生息，暗中派出強者調查其中玄機。
這樣的情況持續了三年，人類逐漸適應了新的國家體制，科技化的生活和工作，此外忍者這一職業也漸漸消失，卻而代之的是名為“獵人”的職業，外出狩獵魔物、採集物資已經成了常態，漸漸地魔物似乎變成了野生動物般的存在。
人類的生活似乎恢複了某種和平，魔物不再大規模侵犯人類領地，人類生活在封閉的領地，獵人們不時出動剿滅清掃魔物。普通人甚至已經開始淡忘魔物帶來的恐懼。
人類中的精英們卻不敢鬆懈，繃著一根神經，努力提升力量。
明之國首都，日月城。
日城是原來的木葉村，月城則是漂浮在木葉村上空的原風花城，如今都已經大變樣。
只有少數人知道，人類最機密的研究所，就建立在日月城地下千米的深處。
此刻，在日月城地下研究所某個最高機密的部門。
