首先就是徹底裁撤五軍都督府，重新成立一個大都督府，下設五監，分別是軍政監，御馬監，軍械監，軍法監，都司監。
今後大都督府統管天下各軍的調動，人事，軍法，後勤，裝備，訓練等相關事宜，和管理各個衛所都司。
大都督府設大都督一名，左右督都各一人，五監設左右都監各一人。
大都督一職由朱慈烺親自擔任，紅娘子擔任左都督，兼任中軍軍團長，大都督府右都督則暫缺。
而五軍主官的職稱，也由原先的都督改為軍團長。
紅娘子的中軍大都督也徹底廢除，就是左都督兼任中軍軍團長也是特例，今後不會再出現這種情況。
然後便是軍隊的編制改革，今後大明的軍隊將分為，御林軍，野戰軍，常備軍和預備軍四種。
御林軍自不必說，為天子親軍，負責守衛宮城皇城，下設十個營五萬人左右，其中一個為女兵營。
野戰軍暫時編為五個軍團和若干個鎮。
五個軍團，就是原前後左右中五軍，每軍下轄十個營，每營六千餘人，設營統領一人，其中兩個刀盾營，兩個短槍營，一個長槍營，一個弓弩營，騎兵營，火器營，工匠營，輜重營。
每個營下轄五個標，每個標1200餘人，設標總一名。
每個標下轄五個隊，每隊240餘人，設隊總一名。
每個隊下轄五個旗，每旗48人，設旗總一名。
每個旗下轄四個什，每什12人，設什長一名，伍長兩名。
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新的軍制由上到下分別為，軍，鎮，營，標，隊，旗，什，共七級。
每個軍團約6萬餘人，共計有刀盾兵人，短槍兵人，持一丈長槍，長槍兵6000人，持兩丈長矛，弓弩兵6000人，裝備兩千副勁弩和三千張牛角弓，騎兵6000人，火器兵6000人，工匠輔兵人，裝備大車兩千輛，騾馬六千匹。
這樣的編制，各軍團完全可以攜帶三月之糧，獨立作戰。
軍和鎮都直屬大都督府，區別就在於鎮的編制要小一些，人數少一些，但同樣可以獨立作戰。
每個鎮設總兵官一名，視情況約兩到三萬人左右，下轄四到六個營，其他編制則一樣，主要用於鎮守各地區。
山東的劉澤清部編為第一鎮，河南高傑部為第二鎮，山西劉良左部為第三鎮，宣府劉芳亮部為第四鎮，大同吳三輔部為第五鎮，唐通部為第六鎮，南陽左夢庚部為第七鎮，石柱秦良玉的白桿兵為第八鎮，南京的八萬多大軍，暫定為第九，十鎮。
共五軍十鎮，約50餘萬野戰軍。
至於常備軍和預備軍，未被編入五軍十鎮中的大明其餘再冊官兵，全部為常備軍編制職位品級不變。
包括改革和各地未被廢除的衛所，則全部暫時為預備軍，同樣不變。
以後兩軍肯定也會重新整編改革，但暫時朱慈烺也沒精力管他們。
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