後來到了後幾代皇帝的時候，內閣閣員也只有私下給皇帝出主意，代皇帝批閱奏章而已。直到明英宗時期，他準許太監王振建立司禮監代皇帝“批紅”，他把批閱和審核奏章的權力交給了內閣閣員。也就是說當時文人組成的內閣閣員和太監組成的司禮監成為了皇帝的左右人，一個管出主意，一個管批準不批準。除了一些大事情要上報之外，一般的軍國大事就由內閣和司禮監處理了。從此內閣漸漸走上政治舞臺，漸漸代替六部成為了中央政府最核心的衙門。自此內閣閣員成為了沒有名義的宰相，成為了不是宰相的宰相。
到了嘉靖皇帝中後期，內閣的權利到達了頂峰。嘉靖皇帝號稱二十年不上朝，除了偶爾個別會見幾個內閣閣員之外，一般的大臣幾乎不認識嘉靖皇帝本人。所有的國家大事都交給內閣閣員和司禮監負責不說，其實權力掌握在內閣首輔嚴嵩和司禮監掌印太監呂芳兩個人手裡。所以大家管嚴嵩這個內閣首輔稱之為外相，呂芳這個司禮監掌印太監為內相。文武百官以嚴嵩馬首是瞻，錦衣衛、東廠和司禮監等部門只聽呂芳一個人的話。百官稱嚴嵩為“嚴相”，大半的官員都是嚴嵩的弟子或者弟子的弟子，在嚴嵩面前行弟子禮。錦衣衛和東廠的人，跟著太監們一起稱呼呂芳為“老祖宗”，真的把呂芳當做自己的祖宗一樣供著敬著。
但是嘉靖皇帝不是傻子，他也防備著嚴嵩和呂芳。嚴嵩雖然控制著朝局，但是不是所有的人都願意屈從於嚴嵩。嘉靖皇帝就把徐階等幾個和嚴嵩不對路的人保護起來。有意無意地壯大徐階的力量，最後把徐階安排進了內閣，讓徐階和嚴嵩內鬥不止。只有這些人內部不團結，皇帝的位置才會太平。對於呂芳這個奴才更加簡單了，呂芳再怎麼樣也只不過是一個太監，太監的一切都是主子給的。皇帝作為太監的主子，他可以給奴才一切，也可以收回一切。嘉靖皇帝利用陳洪牽制呂芳，必要的時候直接把呂芳換了，導師胡呂芳就什麼也沒有了。
按照內閣的傳統，內閣有正式成員三到四名，統稱為內閣閣員。但是因為分工和排名有先後，所以等級和權利也有區別。第一名為內閣首輔，是真正的“一把手”，是真正的宰相，百官之首。負責全面管理軍國大事，分管吏部，負責官員的調動和升遷。排名第二的是內閣次輔，分管軍隊和兵部，有時候也分管刑部或者工部。第三名是內閣三輔，一般分管戶部和全國稅收，管國家的財務問題。最後一名為內閣四輔，分管禮部和後勤。相
嚴嵩主政的時候他什麼事情都一把抓，不但兼管吏部、戶部、兵部，而且連不應該插手的都察院他也管了。除了沒有油水的禮部，麻煩事情多多的刑部之外，就連工部也不放過。工部尚書也就是工部一把手是嚴嵩的兒子嚴世藩，嚴世藩為了自己的利益什麼錢也都敢拿。不但在幾個大工程中間中飽私囊，偷工減料不說，而且連一些嘉靖皇帝的私人工程也敢動手腳，差一點真的害死嘉靖皇帝本人。為了控制出仕人員，為了讓自己的人上臺，嚴嵩霸道地從徐階分管的禮部分走最有油水的科考權。也就是說將來各地的科考，不再屬於禮部的範圍，直接掌握在嚴嵩手裡。徐階對於這個決定是敢怒不敢言，只好任由嚴嵩一個人控制大局。
嚴嵩之所以霸著內閣首輔的位子不下臺，第一是因為不願意放權，第二是為了他的兒子嚴世藩。嚴世藩是一個連嚴嵩都覺得不錯的接班人，嘉靖皇帝更是曾經默許過讓嚴世藩接班，成為父子兩代內閣首輔的美名。可是想要父子兩代人同在內閣已經不容易了，想要兒子直接接老子的班更是不容易。這麼多人盯著，這麼多人看著，嚴嵩不能直接不管不顧地把位子留給自己的日子嚴世藩。所以嚴嵩只好堅持著，堅持到嚴世藩有資歷有能力接管內閣後，嚴嵩才決定離開內閣。嚴嵩一面霸著位子不放手，一邊努力培養兒子嚴世藩。大家都知道這個事情，所以不管是自己人還是外人，都喜歡稱呼嚴嵩為“嚴相”或者“嚴閣老”，嚴世藩為“小閣老”。
嚴嵩不是一個傻子，也知道嚴世藩進入內閣不容易，想要直接接手內閣首輔更加不可能。所以嚴嵩開始打自己的小算盤，想法子把權力過渡給自己的兒子嚴世藩。為此嚴嵩曾經私下找過徐階，為了兒子嚴世藩的前途，嚴嵩也曾經想過讓步。嚴嵩承諾把內閣首輔的位置讓給已經是內閣次輔的徐階，條件是徐階贊同把已經是“內閣行走”的嚴世藩提拔為內閣閣員。只要徐階讓嚴世藩成為內閣閣員，並暗中照顧一二的話，嚴嵩馬上向嘉靖皇帝請辭同時推薦徐階擔任下一任內閣首輔。嚴嵩給一個徐階夢寐以求的內閣首輔地位，換來兒子嚴世藩正式成為內閣閣員。不用幾年的時間嚴世藩就可以利用老子嚴嵩留下的資源一步一步高升，最後擠走徐階成為內閣首輔。這是嚴嵩的小聰明，徐階也是知道的，但是徐階真的有點心動。徐階相當內閣首輔已經好久了，要不是嚴嵩霸著不讓位的話，徐階已經當上了內閣首輔。雖然徐階知道他就算當上了內閣首輔大家也不會聽自己的話，但是徐階拼的是嚴世藩不可能馬上取代自己。只要給徐階時間，徐階就有辦法拉攏一些中間派，到時候是嚴世藩擠走自己，還是自己擠走嚴世藩誰也說不定。嚴世藩雖然善於搞小動作，但是他畢竟不是嚴嵩。無論是威望和經驗上都不如嚴嵩，徐階鬥不過嚴嵩，不代表徐階也不是嚴世藩的對手。還有一個是徐階的私心，徐階真的想平安的接手內閣首輔，至少在平穩的狀態下從嚴嵩手裡接過內閣首輔的地位。所以徐階最後還是答應了，嚴嵩終於覺得可以松一口氣了。
就在這時候嘉靖皇帝卻出手了，他不準備給嚴嵩和徐階一個聯手的機會。無論他們兩個內閣閣員想做什麼，嘉靖皇帝都不願意讓他們稱心如意。就在嚴嵩準備請辭同時推薦徐階接任內閣首輔的時候，嘉靖皇帝終於找到了一個機會。他利用剛剛查獲的工部偷工減料的事情，好好打擊一下嚴嵩父子。嚴世藩在給嘉靖皇帝做宮殿的時候，偷工減料差一點壓死嘉靖皇帝。嘉靖皇帝一半真生氣一半裝出來的批評工部的人，最後怪罪到了嚴世藩頭上，畢竟嚴世藩是工部的尚書，也是主要負責宮殿營造的人。為此嘉靖皇帝免去了嚴世藩“內閣行走”的職務，等於取消了嚴世藩進入內閣閣員的資格。徐階第一時間告訴嚴嵩，嚴世藩不是“內閣行走”了，就不能直接進入內閣當正式的內閣閣員。除非嘉靖皇帝特別允許，不然徐階也不敢擅自決定這一切。為此嚴嵩當然不願意白白送徐階一個內閣首輔，所以嚴嵩只好不死不活地吊著，等嚴世藩進了內閣再說。
就在嚴世藩再一次準備進內閣，嚴嵩決定放權給徐階的時候，秦泰把嚴世藩的所作所為公之於眾。嚴世藩不但當不成內閣閣員，而且被朝廷的人抓了起來。由於嚴世藩罪行重大證據確鑿，大量官員和老百姓要求嘉靖皇帝嚴肅處理嚴世藩。嘉靖皇帝只好把嚴世藩這個人殺了，從此斷了嚴嵩和嘉靖皇帝最後的一點交情。徐階起初不贊同殺了嚴世藩的，覺得秦泰壞了他的大事。到後來徐階發現嘉靖皇帝殺了嚴世藩後，大批官員開始投靠自己，徐階這才覺得自己不用等嚴嵩讓位了，嚴嵩的內閣首輔位置自己當定了。由於嚴嵩這個內閣首輔既不讓位又不能每天來能夠值班，所以徐階這個內閣次輔代為主持大局，成為不是內閣首輔的內閣“一把手”。這就給徐階創造了一個熟悉和鍛煉的機會，為徐階後來的順利接手提供的保障。
當嚴嵩正式請辭，讓徐階接手內閣首輔位子的時候，大家都以為徐階會有一段時間手忙腳亂。沒想到徐階一點也不緊張，馬上就適應了內閣首輔的新職務。第一是因為徐階已經準備了十幾年，早就學會了怎麼當一個內閣首輔。第二這些日子徐階代為處理內閣日常事務，實際上就是在履行內閣首輔的職責，所以接手後並沒有太多的不便。第三徐階年紀到了，已經過了大驚小怪的年紀。做起事情來沉穩不說，而且絕對的紮實。徐階接手內閣後，內閣成員恢複為四名，第一名就是內閣首輔徐階，第二名是內閣次輔陳以勉，第三名是內閣三輔高拱，第四名是新進內閣的李春芳。
