而且鯊魚身處海洋生物鏈頂層，生平吃了很多其他魚類，體內積聚不少水銀和重金屬，故魚翅含水銀，不宜多吃。消費者消費魚翅的心理動機主要是“為了顯示個人的品位或身份”、“高檔次的魚翅能給個人的事業或健康帶來幫助”。
漁民在捕撈上一條鯊魚後不論大小，都會在甲板上用電鋸活生生地把鯊魚的背鰭、兩個胸鰭和一部分尾鰭割掉，然後將全身血流不止的鯊魚扔回海中，因為船艙沒那麼大的地方裝鯊魚肉。
這些鯊魚身體被直接拋回海洋，沉入深海中，無法遊動、無法覓食，痛、餓、血流不止，最後在深海死去。在中國的餐飲業內，魚翅的地位仍是難以撼動，很多酒樓都把最大的魚翅，展示在大堂最醒目的地方，以作標榜。
中國目前是世界第一大魚翅進口國，隨著中國民眾生活水平的提高，魚翅已不再是少數人特享，並且，根據上海，《第一財經日報》今天引用的一份調查報告，魚翅被水銀汙染的程度高達百分之七十，而且食用魚翅正使全球鯊魚種群遭遇絕滅之災。鯊魚總數大幅減少——50年來下降了80
因為魚翅的價格甚高，近年吸引各地漁民爭相在海中捕殺鯊魚，引致海中生態出現不平衡，導致部分鯊魚瀕危。由於鯊肉價值很低，因此魚翅漁業者在撲鯊後，僅割下鯊魚的鰭部分，便將鯊魚拋回海中以保持更多的空間存放價值更高的魚翅。這些鯊魚並不會立刻死亡，但會因失去遊弋能力窒息而死，或者被其他鯊魚捕食。也正由於牽涉龐大的利益，該行業倍受有黑社會活動介入的指控。
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7成左右的魚翅被汞汙染，如果大量食用可能會對健康産生威脅。魚翅也並無特別的營養價值。事實上，近幾年來，因為工業廢水不斷地排入海洋，每年進入海洋環境的石油高達兩百萬噸以上，使得海水中重金屬含量較高，而鯊魚處于海洋食物鏈的頂端，吞食了其他魚類後，食物中的重金屬也隨之進入鯊魚體內，積累下來，因此鯊魚體內的重金屬的含量會越來越多。
三丁基錫是用於船體防汙塗料中的一種化合物，在義大利沿岸海域捕獲到的鯊魚的腎髒內已發現這種化合物。在東地中海的幾種鯊魚物種組織樣本中也已經發現鎘、鉛、砷等金屬元素。而2001年，曼谷唐人街市場的魚翅抽查表明，10個魚翅中有7個含有高含量的水銀，最高含量為允許量的42倍。2008年，香港市場的抽查表明，10個魚翅中有8個含有高含量水銀，最高含量為允許量的4倍。
2011年3月11日，因為日本福島核洩漏，造成食物鏈高階的鯊魚體內積累大量放射型物質。日本文部科學省3月16日至19日取樣檢測。結果顯示，鯊魚體內中鍶－89的放射性活度為最高每千克260貝克勒爾，鍶－90則為最高每千克32貝克勒爾。鍶－90的放射性活度為最高每千克5．9貝克勒爾。放射性鍶是鈾－235的裂變産物，鍶－89的半衰期約為50天，鍶－90的半衰期約29年。長期接觸可能會得白血病。
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根據聯合國附屬機構瀕危野生動植物種國際貿易公約大會cites），過去評核約370多種鯊魚中，只有大白鯊、鯨鯊及姥鯊屬於受瀕危絕種威脅的品種，其中鯨鯊及大白鯊魚鰭並沒有翅針，不會被用作魚翅；姥鯊魚鰭，亦即價錢極其昂貴的天九翅，近年在香港的入口量佔整體遠低於1。現時魚翅主要來自並未瀕危的藍鯊及青鯊。
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一個環境調查組的研究表明，在鯊魚魚翅湯內含有高濃度的毒性物質──水銀，而水銀對人高階神經系統有害。在對曼谷銷售的鯊魚魚翅進行的兩項隨機檢測毒性試驗表明，魚翅這種美味高檔的營養品被水銀汙染的程度高達70，含有可被人體吸收的水銀比率已超出正常允許含量42倍。而水銀的來源是未被處理過的廢水。澳大利亞和紐西蘭最近也向國人提出警告，特別提醒那些懷孕的婦女盡量不要食用鯊魚肉。因為攝入過量的水銀會對孕婦和她們的孩子産生非常大的危害，尤其會影響孩子大腦和神經細胞的生成。魚翅中的水銀成分大都來自汙染的海水，而鯊魚在食物鏈中處於最高的位置，因此它們體內的水銀成分總是能夠越積越多。
當今人們視魚翅為美味佳餚、滋補佳品，出現了吃“魚翅熱”。據統計，這次由市科協、國際野生動物協會和廣州海洋館聯合舉辦的科普掛圖展示活動，目的是為了讓市民重新瞭解鯊魚、不吃魚翅。
廣州市海洋館研究發現，魚翅含有水銀或其他重金屬的分量均比其他魚類高很多。這是因為人類把工業生産過程中的廢水不斷地排入海洋，使得海水中水銀和其他重金屬含量較高，海洋生物也隨之受到影響。鯊魚處于海洋食物鏈的頂端，體內往往會積累大量的汙染毒素。而水銀除了可能造成男性不育外，若人體內含量過高還會損害人的中樞神經系統及腎髒。因此，多吃鯊魚肉、魚翅可能會對人體有害。
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據美國《赫芬頓郵報》今晨報道，一項美國最新研究顯示，製作魚翅不僅讓大量鯊魚瀕臨絕種，而且還因為含有高濃度神經毒素，可能會導致老年痴呆症。
報道稱，該研究發表在最新一期的《海洋藥物》雜志上，美國邁阿密大學科學家經過分析佛羅裡達州海域的鯊魚鰭後發現，鯊魚含有高濃度的β甲氨基丙氨酸baa），這是一種與腦退化症和葛雷克氏症有關的神經毒素。專家認為，食用鯊魚肉與鯊魚軟骨，都可能會危害食用者健康。
