上午9時02分54秒：美國聯合航空175次航班另一架滿載燃油的波音767飛機）以大約每小時590英里的時速撞入世界貿易中心南樓(tc2)78至84層處，並引起巨大爆炸。
上午8時46分－10時29分：至少有20名主要集中在北樓）被大火和濃煙圍困在大樓頂樓的人員從高空跳下。
大約上午9時04分：美國聯邦航空管理局faa）波士頓空中交通控制中心釋出命令，暫停其管轄區內所有飛機的起飛新英格蘭與紐約州東部）。
上午9時06分：美國聯邦航空管理局faa）禁止任何飛機進入紐約以及附近的波士頓、克利夫蘭與華盛頓領空。
上午9時08分：美國聯邦航空管理局faa）禁止全美國所有飛往或經過紐約領空的飛機起飛。
上午9時21分：紐約市全部隧道及大橋關閉。
上午9時24分：正在佛羅里達州一所小學教室參觀的美國總統喬治·布什接到第二架飛機撞擊世貿大樓的訊息。
他在該堂課結束後立即在學校的另一個教室釋出了一段簡短的講話稱，美國正遭到襲擊，美國政府將對飛機失事原因展開全面調查。另外他稱事件是“國家的悲劇”。
上午9時26分：美國聯邦航空管理局faa）宣佈禁止全國所有民航班機起飛。
五角大樓
上午9時37分：美國航空公司77次航班波音757）撞入五角大樓西翼並且引起大火。被襲擊的部分剛剛翻新過，還沒有完全投入使用，但是仍然造成五角大廈西翼百餘人喪命。
上午9時45分：美國關閉其領空，禁止任何民航班機起飛，所有在飛行的班機必須立即在距離最近的機場降落，所有飛往美國的航班即刻改飛加拿大。
之後，faa宣佈禁飛令至少會持續到2001年9月12日午後。禁飛令最終持續到2001年9月14日，此其間只有軍事及救援飛機被允許起飛。這次是美國曆史上第四次停止所有在美商業航班的運作，並且是唯一一次未經計劃的緊急措施。在此之前都因國防需要而停飛所有飛機。
上午9時45分：白宮與美國國會山關閉，周圍地段戒嚴。
上午9時50分：美聯社報導美國航空公司11次航班事實上在起飛後就被劫持。一個小時內美國航空公司11次航班與聯合航空175次航班被劫持的訊息得到確認。
上午9時57分：總統布什離開佛羅里達州。
上午9時59分04秒：世界貿易中心南樓倒塌。透過電視臺的現場直播，全球億萬觀眾目睹了大樓的坍塌。
上午10時03分：美國聯合航空公司93號航班波音757）在賓夕法尼亞州尚克斯維爾東南部地區墜毀，後來的進一步調查顯示機上無人生還。估計襲擊的地點是美國白宮後國會大廈。
上午10時10分：五角大樓部分地區坍塌。
上午10時28分31秒：世界貿易中心北樓從上到下坍塌，在撞擊點以上的樓層無人生還。北樓之所以要比南樓晚倒塌，主要有三個原因：撞擊點較高、飛機速度較慢，受影響樓層的防火系統已經被部分更新。
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9·11事件附近的萬豪酒店、美國海關、希爾頓酒店等建築也遭到破壞。
政，府反應
上午10時35分：警方接到報告，稱華盛頓美國國務院門外的一輛汽車中裝有，後被證實並未發生任何意外。
上午10時39分：美國總統布什釋出命令，在緊急情況下，空軍可以擊落任何有可能進行襲擊的飛機。
上午10時45分：n報導華盛頓與紐約市已經開始進行全面疏散工作。聯合國總部已經清空。幾分鐘後，紐約市長下令疏散曼哈頓地區。
上午10時53分：紐約市暫時取消市長選舉活動。
上午11時17分：聯合航空公司證實93次航班失蹤，並表示“非常關注”175次航班。
上午11時55分：美國與墨西哥的邊境處高度戒備狀態。
大約中午12時00分：美國總統喬治·布什抵達位於路易斯安那州的巴克斯達爾空軍基地barksdaeairforcebase）。他原本訪問佛羅里達州薩拉索市sarasota）討論有關教育政策問題，按原計劃此時應已經返回華盛頓。他發表了一個簡短的非正式宣告，稱無法容忍在美國本土的恐怖襲擊事件，又說“自由已經遭到襲擊，但它會最終得到保護”。
中午12時02分：阿富汗政權發表宣告譴責襲擊事件。
中午12時04分：洛杉磯國際機場關閉。
中午12時15分：舊金山國際機場關閉。
中午12時16分：美國48個州的機場停止所有商業與私人航班。
下午1時04分：美國總統布什在巴克斯達爾空軍基地宣佈全球美軍進入高度戒備狀態，隨後前往位於內布拉斯加州的戰略空軍指揮部strategicairand,sac）。後來有多名政治評論員批評總統看似毫無目的的漫遊。
下午1時27分：哥倫比亞特區宣佈進入緊急狀態。
下午1時44分：2艘航空母艦開進紐約港，5艘軍艦駛入東海岸。
