這一場突擊戰，玄甲軍諸將領是有功有過，方原必須要賞罰分明。
犯了大過的，是福建總兵馮廷。他丟失了淡水城不說，還損失了近八千玄甲軍士。這種程度的敗仗，已足以導致這次出征臺灣之役的失敗，論軍法，斬了馮廷也是理所當然。
但眼下方原是用人之際，還是留了馮廷一條性命，只是降了他總兵之職，降為校尉，並罰一百軍杖。處於戰況考慮，方原令他暫代總兵之職，先打五十軍杖，餘下五十軍杖記在賬上。戰後若不能將功抵過，降職、軍杖一併處罰。
馮廷自知這次是疏忽大意，幾乎導致全線潰敗，方原的懲處不是重了，而是太輕了，只能乖乖的認罰。
納吉雖有擊退鄭軍偷襲之功，但在大會之時，集結兵力的速度太慢，若不是張英率軍前去狙擊了鄭軍一個時辰，玄甲軍的防線必然被鄭軍突破，後果不堪設想。
納吉是有功有過，功過相當，不獎不罰。
唯一立功的將領，是千戶張英，若非他當機立斷的據河而守，這一戰的勝負還殊未可知。
方原將張英直接從千戶提拔成了副總兵，將馮廷殘餘的萬餘軍士，也調了五千給他，這一次攻打鄭森的主力將領，方原已暗中有了人選，就是張英了。
淡水城，在淡水河以北，就是穿越前新北市的北部出海口。
萬禮偷襲失敗後，率鄭軍殘兵退去淡水城，一則是殘軍不敢南逃，以免被玄甲軍追擊，二則是想憑藉淡水河防線，繼續狙擊方原的玄甲軍。只要淡水城還在鄭軍的手中，方原在拔出這個釘子前，絕不敢輕易南下。
方原得到了萬禮撤退去淡水城的情報，估算一下，萬禮這支一萬三千人的鄭軍，已是鄭家最後的家當，只要能殲滅這支鄭軍，鄭森將再無兵可用。
方原親率一眾將領前去淡水河南岸觀察了地形，淡水河寬至少三十丈，河對岸就是淡水城，城牆上架設了大量的火炮。他令軍士測量了河水，至少三丈深，從淡水河渡河攻打淡水城，損失必然慘重。若是繞行的話，城牆上的火炮仍然是令人頭疼的大殺器。
他遠眺著對岸的淡水城，萬禮想憑藉淡水河設防，從排兵佈陣來說確實是沒有漏洞。但淡水河是有出海口的，換句話說，可以從海上直接將戰艦派到淡水城下，以戰艦炮轟淡水城。
方原檢視地形後，便派出俘虜的十個鄭軍軍士前去淡水城裡傳話，令主將萬禮立刻投降，否則城破之後，所有鄭軍軍士一個不留。
萬禮本就抱著必死之心，一眼就看穿了方原派降兵前來的目的。他雖決意死戰，但鄭軍軍士可能投降的卻不在少數。
萬禮根本不令這些降兵進城動搖軍心，直接在城門下就將十來個鄭軍軍士盡數射殺，也是向方原表明堅定的決心，淡水城絕不會投降，會死戰到底，要攻城儘管來攻。
方原是怒火中燒，既然萬禮與回到雞籠城，開始佈置攻陷淡水城的軍事任務。
馮廷是主將，張英是副將，攻打淡水城的主力就是一萬二千軍士。方原、納吉的八千山地特種營則留守在雞籠城，一是收編各原住民部族前來支援的戰士，一是防止鄭森，或是阿美、排灣二族前來偷襲。
施福則率水師艦隊，從淡水河直趨淡水城下，炮轟淡水城，掩護攻城的軍士。
任務分派完成，各路人馬是分隊出發，浩浩蕩蕩的殺向了淡水城。
淡水城之戰的激烈卻遠超方原之前的估計。
萬禮為了防備玄甲軍戰艦從海面來攻，直接往淡水河裡傾倒火油，火油順著水流，延綿一里的淡水河河面上全漂浮著火油。
施福的第一批三艘中型炮艦殺至淡水城下時，萬禮直接令城牆上的一百軍士拋下火把。
河面上的火油一點燃，立刻火光沖天，將三艘戰艦盡數吞噬在一條火龍之中。三艘戰艦轉眼間就被燒燬，三艘戰艦上的一百軍士也被活生生的燒死在河面，全軍覆沒。
