方原回了中軍營，令赤古臺、麻林二人將受傷的軍士安置在中軍營，該養傷的養傷，該休整的休整。還有五、六萬的生力軍，則保持必要的警戒。全軍暫時放棄攻打仙霞嶺，等山嶺的大火熄滅再說。
過了五日，施琅海戰那方的捷報傳來。
九月二十五日，在方原出兵之前，施琅已先率五十艘戰艦的火炮編隊，還有一百艘各型戰艦，從舟山群島出發南下。
十月五日，攻打福寧州沿海的福寧衛，一日破城，進福寧衛劫掠物資。五日內攻破沿海的大金、定海兩個千戶所，斬殺鄭軍軍士兩千人，劫掠物資不計其數。
十月十五日，施琅的火炮母艦編隊抵達福州府海疆，終於遭遇大將林習山所率鄭軍水師三百艘，連同尼德蘭人快艦五十艘。
因風向是東南風，有利於鄭、尼德蘭聯軍，施琅放棄了在福州府決戰的想法，也順著風向一路北上，退回福寧州的福寧衛。鄭家、尼德蘭聯軍銜尾追擊，雙方略有小規模的交鋒，卻無正面會戰。
五日之後，風向從東南變成正北，戰機終於出現了，施琅開始轉守為攻。鄭、尼德蘭的聯軍也轉攻為守，開始逐步南撤。
十日之後，施琅追擊聯軍艦隊到了福州府，尼德蘭人的艦隊南下避戰，駛往泉州府的泉州港等待戰機。
但林習山的鄭家水師若再往南退卻，福建的治所福州府沿海諸衛就是施琅水師肆意凌虐的物件。在鄭芝鳳嚴令之下，林習山退無可退，只能選擇在福州府迎戰施琅的艦隊。
雙方第一次大海戰在福州府的海疆爆發。
鄭家艦隊主將林習山不如施琅驍勇善戰，艦隊噸位不如，艦隊的火炮火力不如，連風向都是不利，這一戰的勝負毫無懸念。
雙方激戰了一日一夜，林習山的水師艦隊在損失了兩百艘戰艦後，徹底崩盤，餘下的一百艘戰艦倉皇逃亡更南方的廈門島，與鄭家水師老巢漳州的鎮海衛，南北相望。
施琅第一場海戰大勝，俘獲鄭軍戰艦三十艘，水手兩千人，便改編了這些俘虜的戰艦、水手，繼續攻打福州府。
十一月三日，施琅花了十日的時間，攻破福州府沿海福州左衛、中衛、右衛三衛的軍港，劫掠了軍港物資。因各個軍衛鄭軍駐守的軍隊兩萬，強攻必然損失慘重，施琅沒有選擇登岸，而是繼續南下福州府以南的興化府。
十一月十九日，施琅攻破興化衛，斬殺衛所鄭軍兩千人，將興化衛所有物資洗劫一空。因鄭軍主力要麼在仙霞嶺，二十八都軍鎮抵禦方原；要麼在福州府、福寧州狙擊玄甲軍登陸；要麼駐守在福州城，南方的小府興化府防守十分薄弱。
施琅令火炮母艦編隊屯駐在興化府休養生息了半個月，用劫掠來的各類物資向當地百姓換肉食、蔬菜。在補充了充足的淡水，肉食、蔬菜之後，施琅再次率軍南下福建第一商港泉州港。
泉州港自古以來就是海上貿易的樞紐，鄭家、西洋、南洋的商人都聚集在泉州港做買賣，港口常年停泊著數以百計的商船。泉州港的富庶，在整個福建都是首屈一指，若泉州港一旦有失，必然震動整個東南海疆的海洋貿易，尼德蘭人在泉州港有二十個商會，三百艘商船，貨物至少價值三百萬兩銀子。
無論鄭家，還是尼德蘭人，泉州港都是必保的港口。
十二月十日，施琅的艦隊抵達泉州港海疆，鄭家的海軍主帥鄭芝鳳再次聚集了三百艘戰艦，還有尼德蘭人普特斯曼總督的五十艘戰艦，準備在泉州港與玄甲軍水師一決雌雄！
雙方第二場大海戰，在泉州港海域爆發。
這一次因有尼德蘭人的快船加入戰鬥，這種快船航速極快，火炮威力巨大，給施琅的水師造成了不小的麻煩。
施琅迫於無奈，只能採用一種消耗性的打法，就是一次性四十門火炮齊射，以火炮數量來壓制尼德蘭人快船的航速。航速再快，能躲得過一炮，卻躲不過四十門火炮齊射。
一輪齊射，尼德蘭人的快船至少中六、七炮，直接就被打沉。而尼德蘭人的火炮還擊，砸在火炮母艦的鈦合金鋼材上，勉強能砸出一個窩，卻如同瘙癢，甚至連船身都不會顫抖一下。
在高科技，高火力的絕對碾壓之下，無論尼德蘭人怎麼靈活運用海戰戰術，火炮射術，也是徒勞無功。
尼德蘭人只能放棄炮轟火炮母艦的想法，轉而去攻擊外圍那些沒有鐵甲護衛的戰艦。施琅卻不會再給尼德蘭人機會，只死死的咬著尼德蘭人的戰艦炮轟。
鄭芝鳳也隨之改變了策略，也放棄了攻打火炮母艦的想法，轉而去攻打那些中小型的戰艦。
雙方在海疆大戰了一日一夜。
施琅的艦隊被尼德蘭人擊沉了中型福船三十五艘，一艘鉅艦也中了數十炮，搖搖欲墜，幾近沉沒。
而尼德蘭人的損失也不少，出戰的五十艘戰艦，被擊沉了三十八艘戰艦。尼德蘭人的海軍主將普特斯曼當機立斷的選擇逃離戰場，連福建沿海也不敢再停留，直接逃往了臺灣島。
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尼德蘭人一逃，鄭家的水師獨立難支，被擊沉了一百八十艘戰艦後，鄭芝鳳也選擇了撤退，拖著參與的一百餘艘戰艦逃回了鎮海衛。
泉州港海戰，施琅再次大勝，徹底擊潰了鄭家，尼德蘭人聯軍。但水師也損失慘重，所攜帶的火藥、鉛彈也幾乎消耗殆盡。
