三日後，馬士英的明軍全部撤出了採石磯，沿江北上到了鳳陽府，與黃得功的三萬明軍，朱以海的兩萬親兵匯合。
一時間，鳳陽府聚集的明軍數量達到了近八萬，已有與金聲桓、李國英一戰的實力。
雙方在鳳陽府壽州一帶對峙，僵持不下。
方原一面關注著江北戰場的戰況，一面而令舟山基地的施琅派出五十艘戰艦進駐採石磯，再從太湖基地派出五千步戰營軍士駐守採石磯，扼守通往南京城的門戶。
採石磯落入了方原掌中，南京城對外的聯絡徹底斷絕，已徹底成為方原的囊中之物，取或是不取，全在方原的一念之間而已。
方原並未派軍佔領南京城，而是將南京城的衛所軍隊編制盡數解散。精壯的一千軍士編進了玄甲軍步戰營，只留下兩千勉強能成為軍人的羸弱之兵留守在南京的衛所。
方原率軍回了蘇州城，與此同時，將南京城十萬百姓的萬言書，連同他和坤興公主控訴馬士英罪行的奏摺，一同發去了朝廷。而且還在奏摺中表明瞭態度，南京總督之位虛位以待，要求朝廷再行派駐南京城的太監守備，還有主政的南京總督。
朝廷接到方原傳來的奏摺，周皇后、太子是既驚又氣，但也是左右為難。
嚴詞申斥方原吧！方原的奏摺裡是有理有據，更附帶南京城計程車紳、富商、百姓的萬言書作為依據。這些人願意獻萬言書，無論萬言書是真是假，也是表明了一個最基本的態度，就是他們全站在了方原一方。若朝廷再行降罪方原，那就是逆南京城民心而行，除了將朝廷放在火上烤，全無用處。
何況方原之前還再次派出水師去偷襲了遼東，逼退了滿清的訛詐，策應了孫傳庭在山東的大勝，若轉眼又翻臉去斥責方原不臣之心，那也太過喜怒無常。
若是認同方原此次攻佔南京城的行徑吧！
本來朝廷派出馬士英這個主戰派替換史可法這個溫和派，就是想丟擲南京這個誘餌，令方原、左良玉兩虎競食。無論任何一方佔了南京城，都必須承受巨大的政治壓力，朝廷再從中拉偏架，加強對方原、左良玉這兩個江南大軍閥的掌控。
哪知道馬士英這個主戰派一到南京城，只堅持了不到兩個月，就丟了南京城，甚至馬士英本人還逃去了鳳陽府。這麼一個人事調任，非但沒有令方原、左良玉互咬，反而被方原抓住把柄，不僅攻佔了南京城，還戴上一個弔民伐罪的光環，簡直就是得不償失。早知道就繼續留下史可法在南京城，還能扣著忠明的大義和方原打一打嘴炮。
更可氣的是，方原得了便宜還賣乖，上奏摺來要求朝廷嚴懲馬士英，並要求再行派駐主政的南京城總督和守備太監。
南京城雖名義上還在北京朝廷的控制下，但實際已是方原的囊中之物。方原雖將應天府總督，太監守備之職虛位以待，但無論朝廷派駐誰前去南京城，也不過是落進了方原的陷阱裡，既不可能有實權，更是惹人笑柄。
方原此舉就是在打朝廷的臉！
周皇后、太子與內閣商議之後，決定暫時擱置方原的這份奏摺。既不嚴懲馬士英，也不派出主政的南京總督，就這麼繼續和方原耗著。
過了兩個月，方原另一紙奏摺突然再次送到了京城。
這次方原的奏摺裡是向朝廷申請，既然朝廷派不出主政南京城之人，方原建議冊封吳越王朱慈煥為駐守南京的親王，崇禎皇帝的親信王承恩為南京城的守備太監。與奏摺一同到的，還有厚厚的一箱子，南京城官紳、富商，還有五十萬百姓的聯名書，直言南京城乃大明的留都，不可一日無主政之人，請求朝廷立刻派人來主政南京城。
若說之前方原的奏摺還只是在打臉，掃朝廷的臉面，這一次的奏摺就是在強行逼宮。
周皇后、太子立刻召來了洪承疇，孫傳庭，要求二人拿出個對策來應對方原的逼宮之舉。孫傳庭是主管大明軍事的督師，安排孫傳庭前來，就是沒有排除武力解決的方案。
面對方原的步步緊逼，之前靠著黃道周、史可法兩人忠義之心的感化，還有崇禎皇帝對方原的知遇之恩，賜婚坤興公主的拉攏，還能勉強能壓制住方原蠢蠢欲動的野心，苦苦支撐江南的局勢。
但馬士英上臺後的一通亂搞，直接和方原撕破了臉。令方原再無所顧忌，江南的局勢劣無可劣，再無法挽回。
在場的氣氛極為尷尬，直到周皇后再次追問，洪承疇才開口說道，“如今朝廷只有兩條路，其一就是籠絡、軟化方原的野心，同意冊封吳越王為主政南京的親王，王承恩為南京城守備太監。只要方原如實納稅，勢力不過揚州府，不越過朝廷的底線，就任由方原在江南折騰。”
洪承疇這一條建議，其實就是回到了崇禎皇帝籠絡方原的老路。周皇后聽了是默然不語，她之前自認為比崇禎手段更老練，一改崇禎皇帝寵信、籠絡方原的策略，轉而實施打壓的策略。
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折騰了一圈回來，不僅沒打跨方原，甚至連南京城也丟了，結果又要回到籠絡方原的策略上來。直到此時此刻，她才發現崇禎其實比她看得更遠，見識更為高明，早就充分估計到了和方原作對的風險，在心裡輕輕的嘆了一聲，“陛下真是慧眼獨具！”
洪承疇見周皇后默然不語，又繼續說道，“還有一條路就是，立刻號召江西的左良玉，湖廣的李自成，福建的鄭芝龍，還有孫督師的精銳之師，四路共一百萬大軍齊下，與方原進行決戰！”
朱慈烺終於找到了發洩的機會，立刻贊同說，“老師這個法子好，我早就說了，應該與方原立刻決戰！”
孫傳庭沉聲反駁說，“萬萬不可！方原並未有反心，一切行徑全在大明禮法之內，怎能興無名之師？！”
周皇后淡淡的說道，“方原上奏摺逼宮，還不是反心？”
孫傳庭直言說道，“皇后娘娘，南京城歷朝歷代就有親王坐鎮的傳統，吳越王乃是陛下的親子，太子的親弟，由他來坐鎮南京城是理所應當。王承恩公公乃是陛下的親信，對陛下是忠心耿耿，更與方原交好，由他來當南京的守備太監，才能繼續與方原周旋。”
“再者，朝廷縱容其他軍閥，一再針對方原。難道方原是大明的威脅，李自成、左良玉、鄭芝龍這幫軍閥就不是威脅了？至少方原還是朝廷的駙馬，有公主從中周旋，雙方還可以坐下來談。若由那幫軍閥坐大，更是朝廷的心腹之患！皇后娘娘明鑑啊！”
孫傳庭乃是大明軍方的擎天一柱，大明三分之二的精銳都由孫傳庭掌控，餘下的三分之一則在周遇吉手中。連孫傳庭都極力反對出征方原，這仗沒打就輸了一半，還怎麼打？
洪承疇也說道，“皇后娘娘，如今南京城已完全在方原的掌控之中，朝廷無論冊封與否也改變不了這個事實。老臣有一策，久聞方原素來喜歡吳越王，而不喜歡永王。不如就依著方原的奏摺冊封，但卻不冊封吳越王朱慈煥，而冊封永王朱慈炤主政南京城。”
周皇后恍然說，“冊封永王就是給方原在江南埋下一顆釘子，隨時可能為我所用。好！洪先生果然妙計！”
孫傳庭見周皇后、洪承疇的想法還是在尋求與方原的對抗，而不是籠絡，也是頗有不滿。但他身為軍人，負責戰場之事，卻不能干預朝政。今次說了這麼多話已是犯了朝廷的忌諱，只能選擇沉默不語。
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