劉澤清沒了滿清的海上支援，自知大限已到臨頭，勉強聚集僅存的八萬軍隊，反撲孫傳庭。希望能先重創孫傳庭麾下的兩萬新式明軍，然後再與朝廷談判。
雙方的最後一場決戰在萊州府爆發。
孫傳庭的新式明軍新近成軍，軍心、士氣正在頂點，武器裝備雖不如玄甲軍，但比之劉澤清的軍隊，那是猶如餓虎撲黃牛。
戰端一開，劉澤清是五戰五敗。劉軍戰死一萬，投降五萬，被徹底擊潰。
劉澤清勉強帶著三千人逃回登州府，還未入城便被屬下的軍官給捆綁了，直接送到孫傳庭所在的萊州城。
大獲全勝的孫傳庭令人將俘虜的劉澤清送到京城問罪，並抄沒劉澤清所有搜刮的銀子四百萬兩，依照承諾送給了施琅一百萬兩，作為犒軍的銀子。還允許施琅在之前劉澤清準備送給滿清，已打包好的十萬男女人丁裡，挑選了願意去江南的男女各二萬人，一同帶回了江南。
施琅帶著銀子、人丁順利班師回江南後，雷厲風行的孫傳庭立刻佔領了魯北諸府。
因魯王朱以海之前首鼠兩端的觀望，沒有第一次就出兵援助，孫傳庭的兵鋒再次南下，順道將朱以海的兗州府收歸了朝廷。甚至打得興起，將屬於南直隸的徐州、淮安府也收入了囊中，止步於方原轄內的揚州府前。
至此，朝廷的勢力已深入淮南，與方原的領地揚州府相鄰。
孫傳庭這次收復山東的戰役打得是虎虎生威，一轉之前明軍無論面對流寇還是滿清，連戰連敗的頹喪之氣。戰後還收編了劉澤清的五萬軍士，大大的充實了明軍編制。
孫傳庭雖然有揹著朝廷私下聯絡方原的行徑，但終歸是瑕不掩瑜。朝廷立刻論功行賞，剝奪了劉澤清的寧南伯伯爵，轉賜給孫傳庭，世襲罔替，並賞了濟南府良田五千畝。
周皇后更是奏請了崇禎皇帝，大大表了孫傳庭的大功。崇禎皇帝親筆手書了《大明擎天一柱》六個字，裝裱成了金制匾額，賞賜給了孫傳庭，並許傳之後世。
至於方原北上援助的大功，周皇后也下了詔書褒揚，賞賜的五千畝良田則沒方原的份兒，直接賞到了坤興公主的名下。
勾結滿清舉兵頑抗的劉澤清，押赴午門，凌遲。同時被處死的，還有劉澤清部下的千戶、百戶五十餘人。
劉澤清最喜歡的那兩隻大黑猩猩，則直接送去了皇家園林。
魯王朱以海，雖開戰之初首鼠兩端。但念在他是朱明宗室，之後也及時的派兵相助，免死，但剝奪兗州府的封國，轉封淮安府。反正朱以海與方原有舊交情，就令他去與方原相鄰，作為朝廷與方原之間的緩衝區。
朝廷徹底收歸了山東省，又下了一系列的人事變更。
忠心耿耿的南直隸兵部尚書史可法調任山東總督，主政山東軍政事務，更是作為抵禦南直隸的屏障。
鳳陽府總督馬士英則調到南京城主政，接管南京城的軍政事務。
徽州副總兵黃得功調任鳳陽府任總兵，率徽軍三萬北上抵禦左良玉的攻勢。
劉良佐則兼任池州、和州、滁州三州總兵，只要他能頂住左良玉的壓力，和州、滁州就是劉良佐的地盤。
施琅帶著銀子、人丁回了江南，方原大方的拿出了三十萬兩賞給了施琅、施福，還有水師營。四萬人丁，願參軍的有八千人，方原令景傑編進了玄甲軍，並婚配了隨行回來的八千女人。
餘下不願參軍，願意務農的則交由內閣在南直隸，浙江各府妥善安置。
