會稽山之戰，持續了兩日兩夜，鄭軍大敗。
從金華府北上的四萬鄭軍在戰場被屠殺，倉皇潰敗自相踐踏而死的不計其數。
赤古臺率玄甲鐵騎一直追到紹興、金華府邊界，因地形不再利於騎兵衝擊，才收兵而回。這一路上百里，殺的是伏屍遍地，四處可見鄭兵的屍體。
鄭森只帶了三百騎僥倖逃脫，麾下的大將周全斌重傷，另一員虎將馮信戰死，連屍首都找不到去處。
本以為北上來一局撈回本錢的鄭森，一把豪賭後，卻將手上的籌碼輸了個乾乾淨淨。
鄭芝龍提前就撤軍回了仙霞關，在浙江境內的鄭軍已所剩無幾。鄭森、鄭芝豹根本不敢再留在金華府，只能連夜南逃。直到十日後逃進了仙霞關，這才算撿回了一條命。
浙江戰局全線潰敗，撤退到海門衛的鄭家水師大將鄭芝鳳也不敢繼續在臺州府的海門衛逗留，只能率艦隊繼續南撤至福建最大的軍港，也是鄭家水師的大本營鎮海衛。
還在溫州府和玄甲軍打游擊的松平信綱聽聞鄭軍已全被玄甲軍趕回了仙霞關，只餘下三千倭兵的松平信綱不敢再在浙江硬撐下去，也就全軍撤回了仙霞關。
景傑完成了這次南下剿倭的重任，沒有繼續攻打仙霞關，而是收兵而歸，在半個月後，進入了杭州城。
至此，方原的玄甲軍與鄭軍圍繞著浙江的歸屬，持續了近一年的大戰，終於以鄭軍慘敗，方原大獲全勝而告終。
如今不止是浙北五府全被方原收入囊中，浙南六府也敞開了大門，只要方原一伸手便能收歸己有。浙江的總面積和整個南直隸的面積差不多，等於是直接送給方原一個南直隸大小的領土。
但方原接手了這麼一塊肥肉，卻沒有一絲開心，因浙北五府還好說，浙南六府對他來說，實在與雞肋無異。
浙南六府多丘陵、山地，因不屬於大運河經濟帶，除了沿海幾個通商港口，內陸的商業極不發達，又遠離方原的核心統治區域，還有福建的鄭家在虎視眈眈。要想佔領這麼一塊地盤，不僅要派出重兵把守，還要時刻提防鄭家的北上偷襲。
所以領土並不是越大越好，而是能有效治理，能產生效益的領土越大才越好，否則就是拉長戰線、徒耗兵力，卻得不償失，久而久之必然拖垮整個財政預算。
方原叫來了浙江巡撫張秉貞，還有浙江十一府的知府，對浙江的經濟狀況，尤其是浙南六府的稅收情況進行了一次徹底的摸底。
浙江布政司統計，浙江的人口是一千萬左右，之前每年能上繳的田賦是五、六百萬石，商稅不足百萬兩銀子。而浙南六府，人口只有不到四百萬，能上繳的田賦只有一、兩百萬石，商稅不足五十萬兩銀子，還不及蘇州一府的田賦，商稅。
方原暗中估算了一下，要鎮守浙南六府，至少要派出一萬玄甲軍，每年的軍餉是六十萬兩銀子，兩萬石糧食。再加上浙南六府的衛所兵五萬人，這些衛所兵都是有軍戶田的，雖然如今不知還剩多少，但卻可以節約下支付的軍餉，只需要再支撥十萬石糧食，便能養活數萬的衛所兵。
他與景傑商議之後，認為接管浙南六府算總賬還是有盈餘的，不至於虧本，這筆買賣可以做。
既然決定了接手浙南六府，方原便在杭州府進行了一系列軍政的戰略部署。
首先第一個重要的職位是浙江巡撫。
這一職位，方原還是決定交給熟悉浙江行政事務，願意投降，還圍困甘輝，交了投名狀的原浙江巡撫張秉貞來擔任。至於浙江布政司的官員，縱然無功但也無過，官職也就一切照舊。
方原做出的唯一人事變動，就是將原寧波府知府陸自嶽調任了浙南六府的巡撫。這個愛民的知府，方原之前本想提拔他入閣，但轉念一想，還是目前剛剛經過戰火摧殘，急需安民措施的浙南六府更需要他。等平定了福建鄭氏，陸自嶽又在浙南做出了政績，再提拔他也是不遲。
其他政務方面，因浙南的特殊性，方原並未有太大變動，只是信訪制度必須進駐每個州府，他還在每府安排了一百個錦衣衛落實信訪制度。
整個浙江，設一個錦衣衛千戶，每個州府設一個錦衣衛百戶。所有千戶、百戶一律納入軍事化管理，必須每年向錦衣衛的指揮使秦展述職，而且每年還要派出錦衣衛前去當地核查。若發現有勾結當地官紳、富商，為虎作倀欺壓百姓的，一律軍法處治，家眷連坐。
