在玄甲軍猛烈的炮火聲中，山陰、會稽二縣不到三日就已陷落。
一萬玄甲軍、兩千錦衣衛分別入駐二縣，在短暫的安民之後，錦衣衛開始徹查與鄭兵、倭兵勾結的官紳、富商。
兩千錦衣衛在紹興府徹查了整整兩個月，紹興知府、同知、僉事以上的官吏盡數落網，無一倖免；山陰、會稽二縣的縣令、主簿、縣丞、縣尉、書吏共三十三人，也抓了二十九人。
整個紹興府官場幾乎被方原徹底的清洗一空，空缺的官位，直接由這兩年江南大學堂畢業，正等待分配的青年才俊，還有科舉考試中了功名卻還在候補等候官位安排的進士、舉人直接進駐紹興府衙門，還有山陰、會稽二縣，接管當地政務。
至於紹興府的鄉紳、富商牽連案子裡的是不計其數，錦衣衛這次是得了方原的密令，寧可錯殺十人，不能放過一個。錦衣衛是挖地三尺的搜查，尋訪了紹興府的百姓、民夫近十萬人，只要在坊間傳聞有向鄭兵、倭寇捐錢糧的，無論真假，立刻逮捕。兩個月內，一共抓獲主犯五百三十六人，連同家眷至少上萬人。
方原當然知道這麼血腥的清洗，必然有很多冤枉的鄉紳、富商，但能被百姓血淚指控的，毫無疑問是在當地名聲不好的，既然平日裡都是對百姓敲髓吸血、為富不仁，這次的大清洗被誤傷，也算是天網恢恢疏而不漏了吧！
方原這兩個月來一直留在紹興府衙，事無鉅細，親自審實了諸人的罪行。但凡與倭寇勾結的，主犯本人拖到紹興府的母親河曹娥江邊斬首示眾，家眷無論男女老幼，全扔去了福建，自生自滅。
給鄭兵、倭寇捐了錢、糧的，無論主動、被迫，按照捐錢糧的數量，捐一罰百，不足部分由土地、房產折價補足。補足了還不夠罰的，青壯直接扔去舟山海軍基地當苦役，女人就派去給玄甲軍士配對。
兩個月來，曹娥江下游隨時都能見到被處決後，漂浮的屍體。
鄭森也曾得到紹興府官紳、富商的求救書，但鄭森麾下的鄭兵也只有兩萬，士氣低落，既要守住杭州府的三衛，還要應付駐紮在湖州府玄甲鐵騎的威懾，本就在苦苦支撐，哪裡還敢分兵去救援紹興府？只能推脫有疾在身，對求救之人是閉門不見。
紹興府的官紳、富商沒了外援，也曾想過自救，組織起了一些小規模的反抗。但玄甲軍目的相當明確，一切與民秋毫無犯，只捉拿官紳、富商。鄉間無論是自耕農，還是租種的佃戶是事不關己，面對玄甲軍的兵鋒都是避之唯恐不及，哪裡會去給官紳、富商賣命。
再兼玄甲軍火器精良，更有威力巨大的火炮，無論各鄉建的用於護衛的堡塢，還是躲去山腰險要地形的老宅，全被玄甲軍輕鬆的逐一攻克，將主犯捉拿歸案。
整個紹興城裡的百姓見錦衣衛殺氣騰騰的開始全城搜捕抓人，嚇得是三魂丟了七魄，還擔心方原會不會在紹興府搞個紹興幾日，山陰幾屠什麼的大屠殺。
再加上之前的官紳、富商大肆的妖魔化方原和玄甲軍，傳聞女人只要落進了玄甲軍手中，每夜都要遭到二十人的輪流蹂躪。
大戶人家的女眷早就送去了鄉下躲避，小戶人家的年輕女人則幾乎都躲在柴房、密室隔間裡，以灶灰抹臉，生怕被來來往往的玄甲軍、錦衣衛捉了去凌辱。
一連兩個月，偌大的紹興城，大街上是人煙罕有，之前繁榮的商業區，店鋪全都大門緊閉，不敢開門營業。只有家中沒餘糧，斷炊了的百姓，才勉強出門去官府門口領取方原派人專門發放的救濟糧。
錦衣衛在紹興府掀起的恐怖的腥風血雨，成果也是斐然。
錦衣衛一共抄沒了土地一百一十萬畝，佔了紹興府耕地總面積的近二分之一。不到一千的鄉紳、富商，就擁有紹興府近半的土地，可見紹興府土地兼併的嚴重。
抄沒了銀子三百五十七萬兩，糧食一百二十萬石，房產一千兩百間，其餘的珍貴古籍、古玩珍寶是不計其數。
方原對這些抄沒的戰利，進行了分類的分配。
一百一十萬畝土地，其中十萬畝用於玄甲軍、錦衣衛的獎勵，十萬畝歸入方原名下的私田，其餘的九十萬全部用作官府的官田，目前暫時交由新成立的內閣打理，之後方原會成立專門的官府糧庫司，進行官糧的專門管理。
抄沒的三百五十七萬兩銀子，一百二十萬石糧食，因錦衣衛在紹興府紹擾民了一，兩個月，方原決定開始對百姓進行賑濟補償。
紹興府乃是浙江的人口大省，據紹興府官府的官冊統計在案的百姓有九十萬戶，四、五百萬人口。
方原按照人丁冊每戶二兩銀子，一石米的標準，令錦衣衛開始發放安撫銀，賑濟糧。之前僥倖沒被清算的三、四個縣丞開始前去組織百姓到紹興府衙門口，按次序排隊，逐家逐戶的領銀子、領糧。
