到了長安，都分類條上。又收集漢朝舊事，應當施用的都一一奏上。經籍得以保全，王允有很大的功勞。
當時董卓還在洛陽，朝政大小，都託王允處理，王允惟命是從，董卓也信任王允，不生絲毫疑心。
王允藉此時機，親自主持一些恢復王室和發展社會經濟的具體事務。當時天子、朝臣及內外，沒有人不依靠王允的。
蓋勳是當時朝廷的正義之土，自從董卓亂政以來，蓋勳不畏強暴，一直與他進行尖銳的鬥爭。一次，董卓問王允：“不知誰最適合擔任司隸校尉？”
允回答說：“只有蓋勳最合條件。”雖然明知董卓與蓋勳之間矛盾很深，但是，出於正義，王允毅然推舉了蓋勳。
在與董卓表面敷衍的同時，王允暗中積極組織和籌備反董卓的鬥爭。
王允首先與司隸校尉黃琬、尚書鄭泰等人共同商議誅殺董卓的計策。
為了控制一定武裝力量，王允等人極力向皇上推薦、保舉護羌校尉楊瓚行使左將軍的權力；同時還舉薦執金吾士孫瑞擔任南陽太守，並且讓他們借討伐袁術為名，帶領兵馬出道武關，實則為多路夾擊董卓做準備。
董卓心中懷疑，於是把他們留住。王允聽說後，便順從董卓的意思，引士孫瑞為僕射，楊瓚為尚書。
初平二年191年）十二月，董卓為跟隨獻帝入關的人封侯賜爵，王允被封為溫侯，食邑五千戶。
王允本來想拒絕，士孫瑞對他說：“保持謙遜儉樸，也要取決於合適的時候。天子裂土封爵，是為酬賞有功之臣。
您與董太師並位一同受封，而獨自堅守高節，這豈是韜光養晦、不露鋒芒的方法呢？在下實在認為不妥。”
王允一聽有道理，便受封二千戶。
初平三年192年）春天，天下遭受嚴重的自然災害，連續下了兩個多月的雨。王允和士孫瑞、楊瓚等人借登臺祭祀乞神降雨之機，緊急商議謀殺董卓的行動方案。
士孫瑞嚴肅地對他們說：“自從去年歲末以來，太陽陰晦不照，淫雨連綿不斷，這種暗無天日的日子應該有個盡頭。現在我們時機已基本成熟，如果不把握天機，先發制人，恐怕以後後患無窮啊！請你們認真考慮考慮。”
王允很贊同士孫瑞的意見，決定伺機儘早行動，以圖董卓。
可是，董卓爪牙密佈，戒備森嚴，而且他本人力大無比，兇殘毒辣，如果不採取萬全之策，一旦失手，恐怕後果難以設想。
王允認為，可以安插內應，裡應外合，殺他個措手不及。當時董卓的心腹呂布與王允同是幷州人，王允在之前就厚待接納呂布。
董卓曾因少許失意，直接用手戟扔向呂布；呂布又與董卓的侍婢私通，擔心事情被董卓知曉，心不自安。
於是，呂布主動去拜訪王允，陳述董卓差點殺了自己的事，王允藉機把誅殺董卓的計劃全部告訴呂布，並委他作內應。
呂布礙於自己是董卓的義子，對王允說：“奈何我與他是父子！”
王允說：“你姓呂，與他本來就沒有骨肉親情，如今你保全自己的性命還來不及，還說什麼父子！董卓向你投擲手戟的時候，他對你還有父子之情嗎？”呂布被王允說服，於是決定助他誅殺董卓。
喜歡爽帝：從高平陵事變開始逆襲請大家收藏：()爽帝：從高平陵事變開始逆襲書更新速度全網最快。
