朝廷裡一片騷動，立即採取了鎮壓措施。
為了保證洛陽的安全，皇帝在洛陽外圍的八個關卡都設了都尉。
這時，皇甫嵩升為左中郎將，與朱儁一同率領四萬精兵共同鎮壓潁川。
朱儁與黃巾軍相持，大破之。王甫退守長社，黃巾軍窮追不捨，率兵圍攻，高下立見。
軍中不乏惶恐之聲，皇甫嵩沉著沉著，提出了建議：“賊人鄰草建營，易因風起火。
若夜裡趁黑放火，他們定然慌忙散亂，此時若是出兵突圍，必能大勝。”
那天晚上，果然颳起了大風，皇甫嵩乘機命令士兵點燃火炬，站在城牆上，又派精銳潛伏到黃巾軍的隊伍裡，高呼“失火”，與之呼應，風吹火星，果然軍營裡發生了大火。
作為臨時起義軍的黃巾軍，沒有豐富的作戰經驗，很快就被大火嚇得手足無措。
這時，皇甫嵩和朱儁突圍而出，與奉命趕來的騎都尉曹操一同夜襲，黃巾軍負隅頑抗，最後，皇甫嵩等人殺掉了數萬人。
第一次戰役勝利後，皇甫嵩升一等，攜數萬精兵，乘勝追擊，在陳國等地，黃巾軍大多被殺，餘人奔逃流亡。
從此，皇甫嵩威名遠揚，連連得勝，平定三郡。
同一年8月，黃巾軍又一大支部隊被皇甫嵩打敗，首領卜已被俘，剩下七千多人被殺。
此時此刻，張角的黃巾軍擊敗了董卓，佔領了河北等地。
漢靈帝不得不派皇甫嵩前去鎮壓，在此關鍵時刻，張角病逝，由他的弟弟張梁代替弟弟率領黃巾軍。
王甫嵩第一次迎戰張梁，以失敗告終，於是休整部隊，以靜制動。
當張梁果然被迷惑了，放鬆了警覺的時候，皇甫嵩乘其不備，雞鳴時分便率軍進攻黃巾。
後金大敗廣宗，張梁戰死沙場，黃巾軍戰死三萬餘人，俘虜六萬餘人。
然後，皇甫嵩將張角屍首剖開棺材，戮屍洩憤。這次起義中，黃巾軍被鎮壓了，皇甫嵩下令將這次屠殺中多達十萬具屍體堆成山，並用泥土加固，以此來炫耀他的軍事功績。
與此同時，他也因此而聞名天下，不僅如此，由於他在鎮壓起義中的辛勤勞動，皇帝還封他為車騎將軍，賞賜無數。
建造京觀的行為雖然非常的殘暴血腥，但是歷史上還是存在很久，這是一種勝利者對失敗者的一種羞辱方式。但是也有很多不喜歡建造京觀，覺得畢竟有損仁德。
全琮卻是擺手道：“他們都是英雄，既然人都死了就不必再如此了，還是將他們都好好安葬吧。”
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