就在元一和林皇羽在巫師紀元搞三搞四的時候，洪荒當中的局勢也開始產生了變化，神農透過觀察，還是決定將人皇之位傳給軒轅，畢竟軒轅為人比較符合他的胃口。
但是他也覺得這次的人皇之位必須靠武力來爭奪，所以他也想出了一個辦法。軒轅繼承人皇之位，但是如果有四分之三的族人同意讓另一個人接替人皇之位，那麼誰就是真正的人皇。
神農來到了曾經伏羲禪讓人皇之位的那個巨大的祭壇，這裡在已經站滿了人。
神農拉著軒轅一同走上這個祭壇，等候著什麼，已經經歷過一次禪讓大典的人族自然也知道兩人在等候著什麼。
不出意料，天地當中，無數金花落下，一朵朵金蓮漂浮在虛空當中，響徹洪荒的仙樂齊齊奏響，浩瀚三萬裡的紫氣從東方而來。一聲清脆至極的鳳鳴如期而至，一道曼妙至極的人影籠罩在濃霧之下，背後一輪巨大的功德金輪在閃爍，雖然看不起樣貌，但是誰都知道這是人族聖母——女媧，底下的人連忙參拜，口呼聖人。
女媧的出現如連鎖反應一般，瞬間天空被無數的紫氣瀰漫，宛若整個蒼穹都是紫色的一般，金蓮鋪滿了半個天空，一聲聲佛唱響起，金色盪漾，從西方而至的無量金光，西方二聖到來，二聖看著神農，若是不出意料，這神農將會成為像伏羲一般踏入混元的人皇。
一把通天利劍出現，劍氣縱橫，天地都被劈開了一般，通天腳踏青萍劍，太上的身影突然出現在空中，無波無動，宛若本來就存在在那裡一般，最後到來的元始天尊倒是欣慰地看著軒轅，自己等人的算計也算是成功了第一步，萬事開頭難，他們不相信以他們諸聖不足以保下軒轅的人皇之位。
鎮元子有些激動地看著神農，他相信，這次過後，自己的老友就會迴歸，甚至更上一層，鎮元子對於如此沒有絲毫的嫉妒，只是由衷地欣喜，自己的老友經歷瞭如此的磨難，終成正果。
既然人已經來了，那麼禪讓大典也將正式開始，神農走到高臺邊上，大聲道：“吾乃神農氏，種五穀，嘗百草，在位期間，照伏羲天皇的旨意，守護人族，自問不求有功，但求無過。如今功德圓滿，已經不再適合擔當人族共主之位，今天吾正式在此將人族共主之位禪讓於人族大賢，有熊部落族長軒轅氏，從今天開始，軒轅將正式成為人族共主，帶領人族繼續前進。但，若軒轅之才不足以承擔如此位置，當有人族大賢取而代之！”
高臺之下的人族，在神農氏說完後，頓時開始齊聲高呼神農氏和軒轅的名字，雖然神農的最後一句話有些意外，但是很多人都清楚現在人族的局勢，雖然現在軒轅佔據大義，但是要整個人族承認他的人皇之位，還需要多加努力啊。
就在眾人歡呼的時候，天邊冒出無量金光，無數的功德凝聚呈功德金運漂浮於上空，遲遲不肯落下，鎮元子站出來，大吼一聲，“道友！還不快快歸來！”鎮元子手中出現一個赤紅色的葫蘆，神農看著鎮元子手中的葫蘆，腦中靈光一閃，似乎一切都沒有變化，也似乎一切都改變了一般。
昔日的記憶一一浮現在腦海當中，曾經的把酒言歡，一同上紫霄宮聽道，由於鴻蒙紫氣導致殺身之禍……諸多經歷一一在目。
“怎麼回事，難道神農大賢也是大能轉世？”
“可能是，不過希望不是別的種族……”
“可能鎮元大仙認識神農人皇的前世……”
……
諸多人族看見如此，開始小聲議論，伏羲是曾經是妖族的事情人族都已經知曉，如果神農又是別的種族轉世，這就很尷尬了，為什麼人族的人皇就沒有一個純正的人族呢？
“吾，前世為紅雲，為天地第一朵雲彩得道，曾為紫霄三千紅塵客，由於道途艱辛，不慎隕落，幸得老友挽救，天尊看重，得以真靈儲存，輪迴於世，今終悟前世！但，吾為人族，以後便為人族，諸多往事，煙消雲散！”神農也就是曾經的紅雲，拿起自己的葫蘆，感受到裡面的印記。
神農大喊道，一把宛若實質的道刀向著自己的真靈斬去，將曾經自己紅雲的印記都斬得絲毫不剩，九九散魄葫蘆裡面的印記也消散一空，它為紅雲之寶，並非神農之寶。
“老友，再見！”
神農粗糙的手指摸了摸葫蘆光滑的表面，大手一扔，九九散魄葫蘆飛向天空，不知去何處……或許以後會有人手持這個葫蘆在洪荒當中闖下赫赫威名。
天空當中的功德金運終於落下，二成落到了孔宣的手中被孔宣收了起來，剩下的全都落入了神農的體內，神農的氣息開始膨脹，境界開始不斷提高，瞬間到達了準聖巔峰，卻始終卡在那一步，不上不下。
人族的氣運金龍飛出，“還請諸位助我一臂之力！”神農大吼道，透過氣運金龍，只要是人族都聽到了神農的呼喊。
“人皇有命！豈敢不從！”
“吾！人族永昌！”
“人族永昌，人道永昌！”
……
一聲聲發自內心的呼喊，氣運金龍打量了一下神農，滔天的氣運不斷灌入神農的體內，神農腦海當中的鴻蒙皇氣閃爍著濛濛黃光，散發著氤氳之氣。
瞬間無數的感悟出現在神農的腦海當中，體內藥力，毒力開始交融，結合，一顆明晃晃的道果出現在神農的腦海當中，“吾神農！為一代藥祖，成就人皇！”神農低吟一聲。
那一步終於踏出，神農的氣息宛若大地一般，默默無聞，卻被無數人銘記。洪荒當中，無數的皇氣飛梭，人族的景象在虛空當中浮現，神農所創造的《百草經》的經文不斷吟誦，瀰漫整個洪荒的藥香滋潤天地，問到藥香的生靈都覺得自己四肢俱通，體內的暗疾都被這藥香治癒一般。
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