此後，夏禹還在彌勒和真武的幫助下，又掃蕩了一番各地水域作亂的殘餘小妖。至此，參與作亂的妖怪幾乎滅絕，夏禹開始正式的治水。
夏禹視察河道，檢討鯀失敗的原因，吸取了父親治水失敗的教訓，決定改革治水方法，變堵截為疏導，對黃河之水順其自然，以疏導為主。親自翻山越嶺，淌河過川，拿著工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標杆，規劃水道。他帶領治水的民工，走遍各地，根據標杆，逢山開山，遇窪築堤，以疏通水道，引洪水入海。
彌勒真武等人竭盡全力，輔助大禹治水，從西走到東，遇到高山，用開山斧劈，斧頭利芒飛出，淡淡金，山崩地裂，山峰被從中一分為二，裂開一峽谷，水流滾滾，傾瀉而出。
遇到大河攔路，大禹祭拜寶劍，青光繚繞，分開水波，正是“避水劍”。大禹掏出一段鐵棒，兩頭是兩個金箍，中間乃一段烏鐵，緊挨箍有鐫成的一行字，喚做“定海神針”重一萬三千五百斤，一拋，插入河底，測量深淺。
夏禹為了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息。他與塗山氏女名女嬌新婚不久，就離開妻子，重又踏上治水的道路。後來，他路過家門口，聽到妻子生產，兒子呱呱墜地的聲音，都咬著牙沒有進家門。
三次經過的時候，他的兒子啟正抱在母親懷裡，他已經懂得叫爸爸，揮動小招呼，禹只是向妻兒揮了揮手，表示自己看到他們了，還是沒有停下來。禹三過家門不入，正是他勞心勞力治水的最好證明。
夏禹亦關心百姓的疾苦，有一次，看見一個人窮得把孩子賣了，禹就把孩子贖了回來。見有的百姓沒有吃的，他就讓后稷把僅有的糧食分給百姓。
夏禹穿著破爛的衣服，吃粗劣的食物，住簡陋的席篷，每天親自手持耒鍤，帶頭幹最苦最髒的活。幾年下來，他的腿上和胳膊上的汗毛都脫光了，手掌和腳掌結了厚厚的老繭，軀體乾枯，臉龐黧黑。
如此，夏禹先是用了六年時間將海、淮、濟三河疏通河道，後又用了七年時間來疏通黃河河道，眼看治水就要功成，卻是發現黃河河道被龍門山擋住了去路。那龍門山綿延幾千裡，黃河改道自是不成，而其又是九天息壤所化，眾人如何鑿得開？
夏禹一眾人正無奈處，天光大開，一尊神將身材威武，黑衣玄冠金甲，手持金斧，威風凜凜，踏著祥雲落下天際。
“奉天帝之命，幫爾等治水，前來劈開此龍門山！”
這尊天神真個生得好象，但見他：
幌幌霞光生頂上，威威殺氣迸胸前。
眼突銅鈴欺太歲，嘴上髭鬚如插箭。
頭頂金盔晃日光，身披鎧甲明霞亮。
腰間懸掛虎頭牌，手持金斧若摩天。
夏禹大喜，謝道：“多謝天帝陛下，請問是哪位神將！”
“本座乃是翊聖真君黑煞大將軍！”
“多謝天帝，多謝大將軍！”
翊聖真君捻個訣，念個咒語，把腰躬一躬，叫“長！”化身百丈，腳踏虛空，橫貫天地，煞氣沖天，把金斧幌一幌，教“變！”就變了有百十丈長短的斧柄，咆哮一聲，提起昊天上帝所賜的開山巨斧，神華沖霄，使大法力，開山闢嶺，往龍門劈下，嘩啦一聲驚天動地，龍門大開，從此黃河之水便從此流向大海。
有詩讚這金斧：
西方妙法道源深，造化鼎中久鍊金。
結就金斧稱至寶，開山破嶺逞奇功。
眾人一陣歡呼，翊聖真君收了開山神斧，化為一道黑光，直上九霄雲外去了。
經過夏禹的治理，形成兩大水系，以黃河、長江為河流源頭主幹，其它江河溝渠大多與此相連有關。水患期間，人族雖受災極重，民生生產均受到了極大的影響，很多民眾不得已背井離鄉；但在治水過程中，受災各部族不分彼此，協同合作，卻也在一定程度上重新分配了生產資料，進一步加強了各部族的交流融合。
在治水的過程中，夏禹走遍天下，對各地的地形、習俗、物產，都瞭如指掌。
由於事先規劃得當，並不單單是平息水患，禹藉此機會整合了大半人族的勞動力，統一排程、集中勞力開闢了密佈的水網溝渠。以雖尚有一些不盡人意之處，但這次行動極有歷史意義的，在整個種族的傳承受到威脅的情況下，人族暴發出了難以想象的力量，這是人族歷史上第一次大規模的集體協作工程。
在這一過程中，人族的人口基數雖然銳減，但總體生產力卻得到了極大提升，為以後發展農耕畜牧打下堅實的基礎。得益於密佈的水網工程，相信經過一段時間的修養生息，人族很快便會恢復活力，將迎來一次人口的大暴發，也許僅在百年之後，甚至是幾十年，人族對整個洪荒的影響力就會超過以往的任何一個時期。
禹作為治水最大的功臣，於十三年中開山無數，通河無數，修堤無數，使天下河川均流向大海。又引水築渠，建壩畜水；加之禹在治水過程中走遍天下，對各地作物氣候均有了解，於執撐間推廣各種作物，讓其在更適合的地方生長，無形中提升了人族的糧食產量。
待治水成功，天地有感，降下功德時，那功德之大直叫天下修士側目。
彌勒協助大禹，推山挖溝，疏遍河道，為治水作出了貢獻，分去一層；真武等天將亦出力不少，分去一層；治水眾人一共分去一層；開山斧與定海剩下七層被禹和其父鯀所得。
那大禹獨得六層自水功德，定海神針亦為治水之器，自然從中分了半層，加之大禹對此寶甚喜，便將自身功德分了些許，與瞭如意金箍棒，叫這如意金箍棒成為一件後天功德聖器。
彌勒寶相莊嚴，梵光籠罩，梵音相隨，笑道：“大禹將此寶立於東海，以鎮壓東海氣運，我佛門遣四海龍王保護人族風調雨順如何？”
大禹大喜，龍族自天地初開便屹立於洪荒，稱雄四海，堪稱水中至尊，至今已有無窮歲月，其底蘊自是無比深厚，那會差後天功德聖器？這不過是龍族與人族結盟的一個訊號罷了。
龍族乃是上古洪荒霸主，雖已衰落，但是瘦死的駱駝比馬大，現在統轄四海，連昊天上帝也不敢給與輕視。這一件寶物能將龍族這個龐然大物綁在人族的戰車上，大禹哪有不答應的道理？
由於禹治水成功，帝舜在隆重的祭祀儀式上，將一塊黑色的玉圭賜給禹，以表彰他的功績，並向天地萬民宣告成功和天下大治。
帝舜在位三十三年時，南巡而亡，三年治喪結束，禹避居陽城，將帝位讓給舜的兒子商均。但天下的諸侯都離開商均去朝見禹。往諸侯的擁戴下，禹正式即天子位，以安邑今山西夏縣為都城，國號夏。
禹重新將天下規劃為九州，並制定了各州的貢物品種。禹還規定：天子帝畿以外五百里的地區叫甸服，再外五百里叫侯服，再外五百里叫綏服，再外五百里叫要服，最外五百里叫荒服。甸、侯、綏三服，進納不同的物品或負擔不同的勞務。要服，不納物服役，只要求接受管教、遵守法制政令。荒服，則根據其習俗進行管理，不強制推行中朝政教。
真武等天庭一干天將在大禹治水立下赫赫功勞，天庭在人類的威望大為增高，人族開始正式開始在正月初九祭天。由於保佑聖真君真武和翊聖真君黑煞大將軍在治水中立下大功，人族也把兩位真君作為玉帝和王母的從祭立在廟裡香火供奉。
