待孫伯綸回到了歸化城，籌謀已久的大清洗隨著巴達西的亂咬便立即展開，從下水海附近駐紮的宮帳軍主力到剛剛遷徙到青海大草灘的土謝圖人和土默特人，無數的腦袋滾滾而落，那些林丹汗的舊部，冥頑不化的頭人和那些無法接受孫伯綸的臺吉，統統成為了刀下亡魂，最好的結果便是誅殺所有男丁，妻女為奴，而絕大部分遭到了族誅，這些名單上有著各種各樣的名字，但他們大部分的人姓氏則是和成吉思汗是一樣的。
而大清洗惹來了各部首領的反撲，但在熾熱的鉛子和冰冷的長矛下，這些藏於黑暗之下的人也被收割掉了生命，成為了這次大清洗的意外之喜。
大清洗之後便是大變革，孫伯綸在完全掌握了軍權之後，便以大汗阿布鼐的名義對漠南的政治局面和社會制度進行改革，以往的以鄂托克和艾馬克為主的部落制名存實亡，取而代之的便是後世清朝對遊牧民族統治的有效實踐——盟旗制度。
中國的歷史上，北方遊牧民族與中原王朝的鬥爭一直是主流，而歷朝歷代能夠實現對北方長時間有效統治的只有漢朝和清朝，而徹底解決北方遊牧民族威脅的便只有清朝。
從地域上來講，想要統治北方，便要佔據遊牧民族最核心的三個區域：科爾沁、呼倫貝爾草原，河套以及西域。
而大部分的遊牧民族都因為科爾沁、呼倫貝爾興起，在奪取了河套之後便擁有入主中原的資本，而當不是中原王朝或其他民族對手的時候，便可以前往西域，那個以綠洲為地域生態的地方，有許許多多的小勢力，他們的軍隊強不過萬人，少則幾千人，西逃之後，便可以擊敗他們養傷，好捲土重來。
所以在中國歷史上，能佔據這三個區域的王朝都是是強大的，但是從根本上解決遊牧民族威脅的只有清朝，而能做到這一點，減丁政策、興黃教和盟旗制度便是其中最重要的。
而已經佔據漠南，獲得統治地位的孫伯綸，便借鑑盟旗制度，深入進行了改革。
在消滅了內部不穩定因素和大部分舊有的貴族、既得利益者之後，孫伯綸把所有的部落打散，分成一個個的扎薩克，每個扎薩克多不過三千帳，少的只有一千帳，扎薩克的首領由原本部落的臺吉、孫伯綸麾下的將軍和效忠的頭人擔任，但扎薩克裡的牧民並不是他們的私人奴隸，牧民只對扎薩克的頭領有交稅和從徵的義務。
扎薩克首領同樣不能對內部事務一言而決，內部事務由一個三方機構共同決斷，分別是扎薩克首領、喇嘛和斷事官。
在分配牧地上，孫伯綸把原來屬於一個部落的扎薩克遠遠的分開，其牧地不得相連，不同部落的扎薩克混雜在一起，五到十個組成一個盟，由孫伯綸專門成立的理番司和幕府負責。
扎薩克制度一開始遭到了許多人的反對，但在鐵血政策下，反對的聲音被壓制，當這個制度推廣之後，更多人的選擇支援，因為他們發現，五十多個扎薩克中，只有不到一半擁有首領，而剩下那一半的首領是空缺的，這意味著，未來在孫伯綸的大旗下立下軍功的人，都有可能獲得自己的扎薩克，而孫伯綸向來注重能力而非血脈。
而扎薩克制度帶來的好處就是高動員效率，孫伯綸麾下已經有近百萬人口，在以往與後金的戰鬥中，經常傾巢出動，能做到這一點是因為每次作戰區域都距離套內這個大本營很近，但日後戰場會轉移到左翼蒙古甚至遼東，顯然無法支援這種作戰樣式。
為此，孫伯綸一方面保留了一支規模在三萬人左右的常備軍，這些常備軍除了步營和鐵甲軍中的漢人，其餘都是各部落精挑細選的勇士，而當大規模戰爭時候，便由各扎薩克的臺吉徵召士兵參戰，孫伯綸只需提供部分兵甲器械即可。
然而孫伯綸並不是一味地踐行自己的意志，在許多問題上也進行了一定程度的妥協，例如徐麻子、餘彥這類漢人是否可以擔當扎薩克首領的問題上，孫伯綸便進行了適當的變通。
大部分的扎薩克都是由某個部落的人組成，比如封給烏魯思的扎薩克便全部是察哈爾人，而額吉爾家族的三個扎薩克，都是土默特人，額吉爾也擔任了土默特盟的盟主，而由漢人擔任的扎薩克之中，便不是如此，那些牧民或者是投奔來的小部落，或者是願意從原來部落剝離的牧民，甚至是已經成為漢將家丁親衛的親屬，乃至於一些習慣了草原放牧生活的板升漢人。
而餘彥等漢人將軍想要成為扎薩克首領，還需要娶一名蒙古妻子，並把這位妻子生下的帶有蒙古血裔的子嗣立為扎薩克的繼承人。
而為了保證各扎薩克的忠誠和未來發展，孫伯綸規定，繼承扎薩克的後裔必須得到理番司的任命，並有在軍中服役的經歷，而與此政策一道實施的便是以孫伯綸親衛隊擴編來的質子軍。
質子軍一直是蒙古人的傳統，取諸侯將校之子弟充軍，曰禿魯華，成吉思汗西征的時候便存在了，孫伯綸這般作為，倒也有跡可循。
在完成了對蒙古人的改革之後，孫伯綸從中原大舉移民，而出了軍戶和匠戶之外，暫緩分發土地，大興農莊，而以農莊為基礎制定的食邑制度，惠及的便是孫伯綸麾下所有有功之臣，不分民族和文武。
孫伯綸在漠南進行大刀闊斧的改革，皇太極也在想方設法的集中權力，早在崇禎五年，廢除了與三大貝勒、南面俱坐，改為自己南面獨坐，突出了汗位獨尊，隨後，三大貝勒的勢力幾乎被連根拔起，隨即而來的便是仿照明制，設立六部，並由大汗獨主政務，在這些面子工程之下，內裡的鬥爭更加削弱八旗旗主的旗權，在同一年，皇太極讓人丈量了土地，把各處餘地歸到公中，而旗主則不能再立莊田，徹底堵死了八旗私自擴充實力的道路。
然而，皇太極權力集中的程序卻因為孫伯綸的強勢崛起而打斷，按照皇太極原本的計劃，在大淩河之役打敗明國，滅東江鎮，威服朝鮮，消滅察哈爾之後，便是改元稱帝，但在最後一步這個進城就被迫折斷，從崇禎五年西征停在黃河沿岸開始，皇太極面對孫伯綸的崛起一度有些無所適從，他原本以為只是延緩，卻沒想到孫伯綸已經尾大不掉。
兩次西征，三易主帥，八旗輪番上陣，孫伯綸非但沒被消滅，反而一次次的壯大。
崇禎五年便從儒生和漢官嘴中經常發出的‘早正尊號’的聲音已經銷聲匿跡的，皇太極心裡清楚，不解決漠南，那麼稱帝的必要條件——遠人歸服，國勢日隆便不成立。
阿濟格從歸化城敗退已經讓皇太極意識到了一點，面對孫伯綸強盛的軍力和黃河天險，遠攻不成，而面對那詭異強大的火炮又退守不得，而戰勝孫伯綸的唯一辦法便是來一次真真正正的遠征，用強大的勢力壓服。
皇太極認準了金國八旗有這個實力，卻被各旗主王爺掣肘，無論是半隱退的代善還是日益驕橫的多爾袞，亦或者陽奉陰違的濟爾哈朗，都是分散了金國的實力，而環視周邊，除了在遼西那狹窄的走廊裡死磕，大金已經沒有擴充實力的辦法了。
